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国有企业管理包括产权登记、年报审核、日常经营的增值保值考核、收益管理等基础性工作和国有企业改革、清产核资等工作。
  （一）产权登记
  1992年起，首次对国有企业进行国有资产产权登记。1993年，国有资产登记在全市全面展开，实施国有资产年审制度，初步建立国有资产产权登记变更及注销管理体系。2007年，全市企业国有资产产权登记年检72家。
  （二）国有企业改制资产处置
  1991年，围绕“转变机制、深化改革、增强活力、提高效益”，全县52家国营企业中43家签订承包合同，占82.7％。1999年始，实施国有企业产权制度改革，出台《晋江市国有资产处置暂行规定》。2002年，自来水厂实行股份制改革，首次引入民营资本；外贸公司和进出口公司按有限责任公司制进行改造；聋哑色织布厂、建材厂、内坑糖厂实行停产关闭；安海粮油加工厂、青阳粮油加工厂、晋江粮油印刷厂和市粮油贸易公司分别合并到其他粮食企业。2003年，晋江糖厂房地产租赁外商经营，晋江市聋哑厂和市印刷厂、建材厂分别进行拍卖，由市土地储备中心收储；殡仪馆和内坑糖厂产权拟分别转让给慈善总会和内坑镇政府。2004年，新华书店改制进入省新华集团，经评估后确认投资额3981万元，由市财政局持股管理；物资公司和商业集团所属公司部分人员及加排盐场职工计113人实施分流安置；对二轻、供销等安海集体企业实行停产安置的摸底和协调工作；终止市工程机械厂、市丰艺彩印厂租赁经营和合资承包，并按程序办理国有股的退出工作；停产企业职工安置后遗留工作归并到青阳糖厂办事处统一管理。
  2005年，组建晋江市国有资产投资经营有限责任公司，在政府授权下进行投融资和担保工作。累计至2007年底，按管13家参股控股企业国家股本110398.69万元；接管14家国有改制企业资产7760.45万元，其中处置8宗闲置资产增值1113.74万元；市政府授权投资5个重点项目29357万元，授权为两区提供贷款担保42000万元；收到参股企业分红63.91万元；上缴税款2633.78万元。同年对盐场土地及办公楼进行资产评估，按评估价分别协议转让给锦兴（福建）化纤纺织实业有限公司和福建合德轻工公司；燃料公司代管的安海糖烟酒综合市场商住楼国有资产按评估价协议转让给福建晋兴集团公司。2007年，港口投资公司改制工作基本完成，市机砖厂、纺织厂完成改制前的调查摸底、资产评估和初步方案的拟定。
  （三）清产核资
  1994—1995年，为全面摸清国有企业资产，根据全国第五次清产核资工作的要求，开展国有企业清产核资、摸清家底工作。经过户数清理、资产清查、产权界定、固定资产价值重估、土地估价、资金核实和报表数据汇总等各阶段工作，于1995年年底基本完成清产核资工作，摸清全市123家国有企业家底。
  1997—1998年，开展城镇集体企业清产核资及挂靠企业甄别工作。
  1997年，完成集体企业清产核资扩大试点工作。1998年，在行政事业单位和国有企业清产核资基础上，完成136户城镇集体企业清产核资和产权界定。2000年，开展企业国有资产检查核实工作，核实全市76个国有企业国有资产总额19.82亿元，2003年，核实全市国有资产总值36亿元，其中行政事业单位19亿元，国有投资（控股）企业17亿元，完成7家改制企事业单位及青阳、罗山镇改街道办事处清产核资。
  2007年，电力公司股改，于4月18日正式挂牌。清产核资后，盘盈固定资产6.99亿元，同时对公司及关联企业进行股权重组和资产、资金剥离，经剥离后净资产120017.41万元，其中划出98000万元无偿划转市国投公司增加国家资本金，余存22017.41万元，由市政府收回上缴财政，以维护本级政府利益。