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1988年，晋江县财政局内设7个股室，包括人秘股、预算股、农财股、企业股、商业股、外经股、会计股。1992年5月，改称晋江市财政局。1996年6月，加挂晋江市国有资产管理局牌子。内设13个科室，包括办公室、人事教育监察科、预算科、综合科、行政事业财务科、公交科、商粮科、农业税征收管理科、农业财务科、对外经济财务管理科、会计事务管理科、基本建设财务科、国有资产管理科。
  2003年1月，经市委机构编制委员会批准，成立晋江市市级单位会计核算中心，为副科级事业单位，由市财政局管理，负责办理纳入核算的行政事业单位财务管理和会计核算。
  2004年机构改革，根据晋江市市级党政机关“三定”规定，保留晋江市财政局为市政府工作部门，机构规格为正科级，将原晋江市采购办、原市委农办农业综合开发管理职能划入，增加国库统一支付、会计委派及集中核算管理职能，取消财政周转金制度和每年一次税收财务物价大检查。将国有企业财务管理职能改为监管，减少对具体事务审批，将会计师事务所、资产评估机构等中介机构与财政局脱钩。内设12个科室，均为正股级，包括办公室、预算科、国库科、监督检查科、行政事业科、社会保障科、经济建设科、农业科、农税科、国资科、会计管理科、采购办。是年，成立票据管理中心，负责全市行政事业性收费、罚没票据管理工作挂靠行政事业科。是年，成立国库支付中心，负责国库直接支付工作。
  2005年7月，市政府组建晋江市国有资产投资经营有限责任公司，委托财政局管理，组织形式为国有独资有限公司，实行独立核算、自主经营、自负盈亏、照章纳税，负责管理、运行行政事业单位不动产，从事国有资产的投资、控股、参股等资本营运活动，办理市政府或市公有资产监督管理委员会委托的投融资及其他事项。
  2005年9月，成立下属单位契税直征所，负责契税直接征收管理工作。
  2007年5月，经市委机构编制委员会批准，成立晋江市政府财政投资项目评审中心，为市政府直属正股级事业单位，由市财政局管理，负责全市财政性资金投融资项目工程概算、预算、竣工决算（结算）的评估审查。
  2007年，晋江市财政局内设13个职能科室，为正股级，包括办公室、监察室、预算科、国库科（加挂国库支付中心牌子）、监督检查科、行政事业科（加挂票据管理中心牌子）、社会保障科、经济建设科、农业科（加挂农业综合开发办公室牌子）、农税科（加挂农村教育事业费附加征收办公室牌子）、国资科、会计管理科、采购办（加挂市政府控制社会集团购买力办公室牌子）；下属单位2个，包括晋江市市级单位会计核算中心和晋江市政府财政投资项目评审中心。