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一、深沪港区
  历史上深沪港区是晋江的主要渔港，位于深沪湾南面，地理位置座标北纬24°38'30＂，东经118°40'49＂，北与石狮市永宁港隔海相望，东濒临台湾海峡，距澎湖88海里，西与陆地相连，水域宽敞，海底泥沙质，坡底平缓，常年不淤积，航道宽阔，低潮水深13.5米，港内低潮水深8—10米，可满足万吨级船舶全天候进出港。
  （一）深沪码头
  1988年，晋江县政府凭借深沪港的优越地理条件，开始筹建货运码头。1989年，福建省计划委员会批准同意在深沪港建设5000吨级散杂货码头泊位1个，设计年吞吐能力为33万吨，工程预算投资2966万元。1991年9月，动工兴建，1992年，扩建为集装箱码头及配套相应设备，计划总投资5700万元，码头结构采用重力沉箱式，引堤长1397米，防浪墙长800米、高7.5米，泊位长145米，货场面积3432平方米，仓库建筑面积2600平方米，生产辅助设施总面积435.7平方米。码头配套装卸机械设备：10吨门机，35吨多功能门机，16吨红光吊机各1台，8吨和6吨叉车各2辆，2吨拖头车1辆，4吨平板车4辆。1995年6月，工程建设竣工，历时3年零9个月，7月投入运营。投产后，开通韩国、日本等国家和青岛、龙口、烟台、连云港、天津、上海、莱州、营口、香港等国内港口。主要进出口货物有钢材、透灰石、水泥、石板材、磁砖等散杂货，为外商“万代红集团”与“三益钢铁公司”的货物进出口码头，成为晋江对外贸易的主要港口，对晋江市国民经济增长和社会效益发生深远影响。
  随着晋江市外向型经济的迅猛发展，进出口货物大幅度增长，市政府决定向建设大中型港口目标冲刺，与泉州港务管理局联合筹建深沪二期万吨级多用途码头，建设规模为重力式沉箱结构的万吨级多用途泊位1个，以及相应配套设施，总平面布置与一期5000吨级码头相连，向北延伸238.85米，纵深与一期等宽100米，护坡长350.85米，泊位长度230.85米，形成陆域面积24655平方米，工程预算投资1.47亿元，工期2年。1997年7月，该工程通过工程可行性会审，获得福建省计划委员会批准立项，确定工程由交通部第四航务工程局负责施工。1998年9月，工程正式开工建设。2000年11月，工程竣工，码头投入运营。是年，深沪港获国家交通部批准为临时对外开放口岸，迎来首艘外国籍货轮靠泊码头装卸货物，开创深沪港接靠外轮的先例。同年12月，投资3000万元，在原一期5000吨级码头的南端进行局部改造，设置两阶平台及与之相连的斜坡道，增建一个可满足5000吨级滚装船靠泊作业的码头，次年3月，竣工并投入使用。
  “十五”期间，随着港区基础设施、装卸机械设备和疏港公路的日臻完善，港口货物吞吐量持续增长。2003年，深沪码头经国务院批准同意对外籍船舶开放，晋升为一类口岸。同年，接卸金门籍“锦龙6号”货轮，揭开深沪港区接卸民间对台贸易物的序幕。接卸1艘船长177.02米、宽27.87米，载重量3.52万吨，负载吃水深11.2米的巴拿马籍“富利号”货轮由越南装载无烟煤3.45万吨，刷新靠泊晋江港口最大吨位船舶的历史纪录。
  至2007年。深沪码头拥有5000吨级、万吨级和5000吨级滚装作业泊位各1个，泊位总长450米，可同时靠泊万吨级船舶2艘、5000吨级船舶1艘。前方货物堆场面积2.5万平方米、仓库建筑面积0.25万平方米、后方货物堆场20万平方米（正在建设中，完成工程量47%）、液体化工原料罐区可容纳2万吨。码头装卸机械设备齐全，配有门座式起重机（最大起重量为40吨）5台，以及流动吊机、叉车、装载机等各类平面运输机械。港区设有口岸检验机构，水电、通信设施完善，口岸服务网络完整，实行全面计算机管理，为船东、货主提供配套一条龙服务，成为泉州地区大宗外贸件杂货的集散地。
  （二）后山陆岛交通码头
  该码头位于深沪半岛东南突出部，东濒台湾海峡，距台湾鹿港130海里，与金门一水之隔，仅距20海里，南距厦门港42海里。水域宽阔，航道水深，无碍航礁石，底质多为沙泥，坡度平缓，具有船舶停泊的天然条件。历史上是海防军事重地，又是周边岛屿交通集散地，也是国务院批准的台湾船舶停靠点。
  20世纪80年代，随着海峡两岸关系缓和，对台民间小额贸易日趋繁荣，每天来后山补给和贸易的台轮不少于20艘（以小型机动船为多）。为促进对台贸易和解决周边海域诸岛交通难的问题，县政府规划在后山建设1000吨级1个泊位的客货码头1座。
  1997年8月25日，福建省计划委员会批准同意建设晋江市后山陆岛交通码头。1997年9月，码头工程开工兴建，次年底竣工。工程建设规模为1000吨级1个泊位码头1座，码头长125米，宽19米，高程7.6米，结构采用重力式小沉箱方案，并配备相应设施。引堤长61.8米，宽9米，高程7.6米，外侧为斜坡式结构，东北侧设有防浪墙，高9.5米。货物堆场面积1607平方米，仓库建筑面积1080平方米，陆域面积8486平方米，年设计货物吞吐能力10万吨、客8万人次，工期为1年，工程总投资2300万元。工程由交通部第三航务工程局第六工程处第四工程队负责施工。1999年5月，再投资2500万元，动工扩建，增加1000吨级泊位1个。2000年6月29日，福建省港航管理局主持码头工程建设竣工验收，产权移交给深沪镇人民政府管辖。
  二、围头港区
  围头港区位于围头湾口的围头角，东临台湾海峡，距台湾省高雄市约200海里，南与金门一水之隔，仅距5.6海里，北靠半岛屏障，西连省道308线的起点，航道宽、水位深、流速快、不淤积，港内低潮水深10—12米，船舶全天候进出港不受潮水限制，是天然避风良港，也是闽台贸易商货海运的最佳集散口岸。
  20世纪90年代初，晋江市（县）政府为改变晋江港口设施落后状况，增强经济发展后劲，为对台“三通”做好准备，规划在围头湾口建造万吨级码头，作为晋江与台湾直接通航的专用码头。1994年，福建省计划委员会批准同意在金井镇围头兴建万吨级对台贸易码头。该工程由码头、引堤、陆域3部分组成，建设规模为万吨级多用途泊位和3000吨级工作船泊位各1个及相应配套设施，年设计港口吐吞能力为杂货24万吨、集装箱2.4万标准箱。泊位总长248米（其中工作船泊位42米），宽50米，码头高程8米，引堤长593米、高程7.5米、宽14米，生产、生活辅助建筑面积8386平方米，陆域总面积37885平方米。鉴于围头海域的海况和波浪条件较为复杂，码头设计以选择最多作业天数和最优泊稳条件的施工方案，采用重力沉箱式结构，上部胸墙设置适当消浪设施，护岸及引堤采用斜坡式。工程根据福建省地震区划图，按地震烈度八度抗震设防，建设工期为2年，工程总概算14403万元。工程通过公开招标形式，确定由交通部第四航务工程局负责施工。1995年5月1日，工程奠基。1996年1月6日，正式开工。1997年9月28日，码头主体工程竣工，具备船舶靠泊条件。港区建有货物仓库建筑面积2184平方米，集装箱堆场1.8万平方米，码头装卸作业机械设备有起重负荷40吨的龙门式吊机1台、5—40吨叉车4辆，以及其他装卸设备和供水、供电、通信等设施，具备港口作业能力。
  1998年3月，围头港区获省政府批准为国轮外贸运输装卸点。同年4月9日，全国首创大型运水胶囊在围头万吨级对台贸易多用途码头试航成功，填补中国用柔性胶囊运水的空白。12月29日，围头港区开通国际集装箱航班，首航由厦门中远国际货运有限公司的“星祥”号国际集装箱货轮运载货物44标准箱开往香港，转道美国、日本、欧洲、澳大利亚等国，拉开围头港区开通国际集装箱航班的序幕。
  该港区以集装箱产业为港口发展目标，发展集装箱班轮航线和中转业务，加大资金投入，完善港口基础设施和各种配套设备，港口集装箱作业能力不断提高，货物吞吐量保持年年快速增长态势。2006年8月，围头港区获得国务院批准为对外开放口岸，给晋江及周边地区对外贸易货物通往世界各地提供新的便捷通道。
  2006年初，为开发围头港区深水岸线资源，进一步提高港口集装箱吞吐能力开始扩建二期10万吨级泊位，至2007年底完成扩建工程总造价的66%，工程仍在继续施工中。2007年，围头港区拥有万吨级集装箱泊位和3000吨级泊位各1个，泊位总长248米，码头前沿低潮水深9.5米，集装箱堆场11万平方米，内、外贸拆箱仓库各1座，码头装卸机械设备有2000型集装箱装卸桥吊2台、橡胶轮胎门式起重机3台、正面吊机3台、堆高吊机1台及其他各类装卸搬运机械近百台，港区开通内贸集装箱班轮航线14条，货物直达国内沿海、长江沿岸主要港口，以及经厦门、香港中转的国际集装箱班轮航线至世界各地。
  三、东石港区
  东石港区位于晋江市东南沿海，地理座标：北纬24°40＇，东经118°27＇，三面环山，港内水域总面积339.3万平方米，海岸线长5.1千米，主航道水深3—7米，宽200—1000米，500吨级以下的船舶可以自由进出港，2000—3000吨级的船舶可乘涨潮进出港，是得天独厚的避风良港。
  （一）东石港务码头
  原名东石码头，始建于20世纪20年代初，几经多次扩建改造。至1985年，晋江县政府为发展港口经济，投资兴建300吨级2泊位码头1座，建设规模为钢筋混疑土高桩栈桥式结构，长度93米，陆域总面积2.7万平方米，堆场面积4521平方米，仓库11座、建筑总面积1630平方米，生产、生活辅助设施建筑面积870平方米，以及码头配套装卸机械设备。该港区经国务院批准为福建省21个对外贸易港口起点之一，开通货运直达香港航线。码头原由晋江县东石搬运公司经营，1988年，该公司并入泉州东石港务公司，改集体所有制为国有制的“泉州东石港务公司”，归泉州港务管理局管理。
  20世纪90年代中期，随着周边深水港口的发展和海运船舶吨位的扩大，加上东石港航道的淤浅，大吨位船舶进出困难等因素，1999年，该港区投资600万元，动工扩建码头基础设施及装卸机械设备，码头由原来长度93米扩建到219米、宽18米，建成2000吨级、1000吨级泊位各1个，500吨级泊位2个的泊位群，新建1条长0.25千米、宽20米的混凝土港口通道和建筑面积2300平方米的封闭式仓库及面积6000平方米的堆场，新增负荷30—40吨的起重机6台、叉车4辆、拖车3辆等装卸作业设备，适应中小型货轮靠泊装卸作业。
  2000年，该码头实行经济体制改革，吸纳社会投资，合股经营，改国有制为股份制，进一步健全现代企业服务管理体系，完善码头基础设施建设和配套设备。2007年，拥有2500吨级3泊位、500吨级2泊位码头各1个，开通大连、营口、天津、丹东、上海、南通、南京、武汉、宁波、温州、广州、汕头、海口、三亚、青岛、香港及长江中下游沿岸主要港口航线。
  （二）永盛码头
  该码头位于东石港区北侧，系由私人合股投资经泉州港务管理局批准兴建，码头工程分两期建设。1998年10月，动工兴建第一期工程，建设规模为钢筋混凝土高桩栈桥式结构的500吨级2泊位散杂货码头1座。1999年5月，第一期工程竣工，投入运营。2000年初，续建第二期2000吨级2泊位，总投资640万元。2001年初，第二期工程竣工，投入运营，主要经营国内中小型货轮靠泊装卸货物业务。2004年，为提高港口吞吐能力，把原有泊位扩建为2000吨4泊位，并配备相应生产、生活设施。
  （三）桂林码头
  该码头位于东石港区北端，与安海港区交界处。1995年初，由私人合股投资200多万元开工兴建，建设规模为石砌泊岸平台式结构500吨级2泊位码头1座和相应配套设施。1996年初，竣工投产，一度缓解东石港区船舶滞留港内等待装卸货物的压力，为加速运力周转起到一定作用。2004年，由于航道和港池淤积，船舶进出港困难，该码头停止运营。
  （四）隆兴码头
  该码头位于东石港东北沿岸。2004年初，由私人合资开工建设，2006年建成投入运营，建设规模为钢筋混凝土高桩栈桥式1000—2000吨级3泊位码头1座，经营国内中小型货轮的散杂货装卸业务。
  四、安海港区
  该港区位于晋江市海岸西南端的围头湾内，背山面水，是天然避风良港，曾为晋江对外交通的主要港口。20世纪80年代后，由于航道和港池日渐淤浅，通航能力大幅度下降，远远不能适应经济发展需要。为改善港区通航能力，发挥古港作用，促进侨乡经济发展，安海镇人民政府决定迁建码头，兴建环镇公路，筑跨海鸿江大桥，拦截旧港道。1987年5月，经省政府批准在龙舌尾建设200吨级2泊位码头1座。后因晋江与南安地界权属争议而停建。1991年5月，泉州安平开发区项目确立后，由于开发区的配套建设和区域经济发展需要，在总体规划中，设计1个规模1000吨级码头配套项目，并于1992年初委托交通部第二航务工程勘察设计院进行海域勘测和可行性论证。同年9月，码头建设地点初定在龙舌尾西侧。由于疏浚航道牵涉邻镇周边滩涂养殖问题，无法协调处理，码头再次停建。至1996年8月，经泉州港务管理局和晋江市计划与经济贸易委员会批准，实施安海港古老码头外移迁建工程，同意在泉州安平开发区19＃区东侧建设500吨级3泊位杂货码头1座，年设计吞吐能力为20万吨。1997年元月，由安海镇房地产开发公司、泉州安平开发建设有限公司和香港封域发展有限公司等3家联合组成晋江市安平码头发展有限公司，投资美元140万元开工兴建。1998年10月，竣工投入运营。建设规模为钢筋混凝土高桩栈桥式500吨级3泊码头，长度180米。码头配套设备：堆场面积1万平方米，仓库1座、建筑面积2000平方米，办公楼与宿舍楼各1座、建筑面积共1090平方米。码头装卸作业设备有：负荷50吨吊机1台、8吨吊机2台、16吨电动轮胎吊机4台、6吨叉车1辆和长臂挖泥机1台、挖泥驳船1艘（作为港池清淤）。是年11月15日，实施拦截旧航道，开工建设跨海鸿江大桥，原安海码头从此停止使用，安海港进出口货物均从新建的安平码头装卸。从此，曾为晋江对外交通主要港口的安海古港结束船舶靠泊装卸功能。