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一、财政体制改革
  （一）市级财政体制
  1988年，实行“划分收支，核定基数，定额缴补，增收多留，分类包干，自求平衡”的新体制。体制核定收入基数6172万元，支出基数3597万元，定额上解2575万元，扣除耕地占用税、城建税、工商罚没收入等专项结算收入后，县留70%，上缴市30%。县财政为使收入上新台阶，给予乡镇和税务部门一定比例的增收分成，有效提高收入积极性，1989年财政收入首次破亿元，1992年破双亿元。
  1993年，实行“增收分成，定额递增，一定三年”体制。
  1994年，开始实行分税制财政体制，消费税100%、集体金融企业所得税100%、增值税75%上划中央；省对县级市实行“一三三”财政体制，即增值税10%、营业税30%、所得税30%、资源税15%、耕地占用税20%、土地使用税20%、土地增值税40%的分成办法，罚没收入省固定分成20%。核定晋江市收入基数14169万元，支出基数24649万元，定额补助10480万元。泉州对晋江市实行以收入基数增收分成12.5%的办法，即（当年地方本级收入－上缴省级部分－罚没款等专项收入－1993年核定收入基数14226万元）×12.5%。
  1996年，实行“划分收支、核定基数、增（超）收分成、短收扣支、自求平衡”的财政体制。晋江市财政局加挂晋江市国有资产管理局牌子。出台《晋江市预算外资金管理暂行规定》，建立“基本建设债务偿还调节基金”。
  2000年，出台《晋江市行政事业性收费票款分离暂行规定》和实施办法，市镇两级全面推行行政事业性收费“单位开票、银行收款、财政统管”的票款分离制度。全面推行党政群机关和全额事业单位的工资统发。
  2001年，开通晋江市政府采购网。
  2002年，国务院实施所得税分税改革，所得税分享比例为中央和地方各50%；晋江市市级单位会计核算中心成立，为副科级事业单位，由市财政局管理，负责办理纳入核算的行政事业单位财务管理和会计核算。全市386个市直党政群机关事业单位及所属基层所站纳入会计集中核算，实行账户管理、资金结算、会计核算、档案管理“四个统一”。
  2003年，对年终预算外资金收入结余分配办法进行改革，取消按收入计提15%政府偿债基金的办法，将收入结余分配为政府性基金、政府偿债基金。是年，分享比例改为中央60%，地方40%。省财政对市县体制相应调整，市县企业所得税划转基数按其2000年地方企业所得税收入和2001年1—9月增长率计算核定；其他划转收入基数按2001年实际数计算；按照2001年标准人均财力不足1.03万元差额部分调增体制补助。重新核对财政收入基数64605万元，财政支出基数65433万元，定额补助828万元。
  泉州对晋江实行固定基数、增量分成上解和一定比例超收返还的财政体制。固定基数以2001年上交泉州的财政超收分成为基数，核定数额5385万元；增量分成为（晋江市地方本级收入—专项收入—固定扣除基数61464万）×12.5%；泉州返还增量分成的80%，但固定扣除基数以每年12%比例增长，即超收返还为（晋江地方本级收入－专项收入－61464万×1.12n）×12.5%×80%,n＝年份－2001。
  2004年，保留晋江市财政局为市政府工作部门，机构规格为正科级。成立票据管理中心、国库支付中心。实行“划分收支、核定基数、增量分享、分类考核、一定三年”的市对镇财政体制。参照省分税制财政体制，将地方财政收入按类款项目、税种划分为市级收入、镇（街道）级收入、市镇（街道）共享收入。
  2005年，市政府组建晋江市国有资产投资经营有限责任公司，委托财政局管理，组织形式为国有独资有限公司。成立契税直征所，负责契税直接征收管理工作。
  2006年，全面推进电子化票据改革，100家单位建立电子化票据管理系统，“收支两条线”管理进一步深化；出台《晋江市政府采购资金财务管理暂行办法》，严格政府采购审核和资金拨付、清算程序。
  2007年，经市委机构编制委员会批准，成立晋江市政府财政投资项目评审中心，为市政府直属正股级事业单位，由市财政局管理，负责全市财政性资金投融资项目工程概算、预算、竣工决算（结算）的评估审查。出台《晋江市人民政府关于进一步推进企业改制上市工作的意见》，财政拨出1000万元设立“晋江市企业上市发展专项资金”。
  （二）市（县）对镇财政体制
  1991年，晋江县对镇实行“定收定支，增（超）收分成，短收扣支，超支不补，节余留用，一定二年”财政体制，两年来乡镇共得工商税收增收分成1001万元，城建税分成286.9万元，调动乡镇一级组织财政收入的积极性。
  1993年，晋江市对乡镇实行“划分收支、核定基数、增（超）收分成、短收扣支、超支不补、节余留用”财政体制，扩大支出包干范围和超收分成比例，乡镇共得工商税收增收分成1900多万元，城建税分成330万元。
  1994年，为贯彻分税制财政体制改革，市对乡镇财政体制作一定修改，增大特产税、工商各税增（超）收分成比例，进一步完善乡镇财政体制，当年乡镇增收2089万元。
  1996年，实行“划分收支、核定基数、增（超）收分成、短收扣支、自求平衡”的财政体制，划分收支包干范围（镇卫生院、支农专款采取专项拨款形式，不列入包干范围），核定收支基数：收入基数中，农业税、特产税以每年下达任务数为基数，其他收入按上年实际入库数为基数，工商税收以核定的1995年本级实际入库数作为计算增（超）收分成基数；支出基数以上年度各镇在册人员实际工资额并考虑增资因素核定。收入基数核定后，地方级工商税收当年实际入库数比上年增收部分按10%比例分成给各镇，比年初市下达给乡镇任务数超收部分按30%比例分成给各镇；特产税在当年市下达任务以内部分30%分成给镇，超任务部分全额回拨给镇级；农业税、特产税当年完不成收入任务的，按短收数扣减下年度支出包干指标。
  2004年，实行“划分收支、核定基数、增量分享、分类考核、一定三年”的市对镇财政体制。参照省分税制财政体制，将地方财政收入按类款项目、税种划分为市级收入、镇（街道）级收入、市镇（街道）共享收入。市级财政主要承担市级政权机关运转、国民经济结构调整和宏观调控，以及市级直接管理负责的社会事业发展支出；镇级财政承担维护机关正常运转和促进经济社会事业发展各项支出。以各镇（街道）2003年地方级收入为基础，每年适度递增作为当年镇级收入基数，超基数部分实行市对镇（街道）分类分档分成。建立增收激励机制，在保证完成当年收入基数和实现收支平衡前提下，各镇（街道）可从增量分成中按规定提取一定比例建立奖励基金；规范转移支付，明确市对镇（街道）专项转移补助、市对村（居、社区）转移支付补助和教育专项转移补助标准。
  2007年，实行“划分收支、核定基数、分档分成、分类考核、一定五年”的新一轮市对镇（街道）财政体制。财政收入划分为市级收入、镇级收入和市镇共享收入，考虑到五年内发展变数复杂，采取环比计算办法，以市镇共享收入每年实际入库数增长10%作为下一年度收入基数，实行基数内分类分档固定分成，超基数分类分档增量分成，把新增财力大头留给基层；对经济开发区、出口加工区等功能区内的企业税收采取单列管理，实行市、功能区和被征地镇（街道）按比例分成；为平衡区域财力差异，市财政从增量分成资金中提取10%建立财政预算内稳定调节基金。
  新一轮财政体制强化激励约束机制，在保证完成当年收入基数和实现收支平衡的前提下，各镇（街道）可按规定从分成资金中提取一定比例奖励基金作为相关经费补充；对积极化解镇级债务的，市财政给予适当奖励。制订较为规范的转移支付办法，市财政为主承担全社会基本需求，强化民生保障，对镇（街道）、村（社区）实行组织运转、计生、教育、社会保障、城建等专项补助。
  二、税收制度改革
  1988—2007年，晋江市（县）遵照执行国家关于税收制度改革的政策措施。
  从1983年国家实行第一步“利改税”开始，到1991年期间的9年间，国家对税制进行以“利改税”为中心的全面改革，建成一套适应社会主义有计划商品经济要求的，内外有别的，以流转税、所得税类税收为主体，其他税种相配合的税制改革。1993年，中共中央、国务院根据经济发展的需要，做出实施税制改革的决策，并实行分税制，于1994年1月1日起在全国全面推行。税制改革的指导思想是：统一税法，公平税负，简化税制，合理分权，理顺分配关系，保障财政收入，建立符合社会主义市场经济要求的税制改革。经过1994年的税制改革，新税制初步建立。税制改革后，国家的税收制度共设有25种税，按照其性质和作用大致可以分为6个类别：
  流转税类 包括增值税、消费税、营业税和关税4种税。这些税种通常是在生产、流通或者服务领域中，按照纳税人取得的销售收入、营业收入或者进出口货物的价格（数量）征收的。
  所得税类 包括企业所得税、外商投资企业和外国企业所得税、个人所得税3种税。这些税种是按照生产、经营者取得的利润或者个人取得的收入征收的。
  资源税类 包括资源税和城镇土地使用税2种税。这些税种是对从事资源开发或者使用城镇土地者征收的，可以体现国有资源的有偿使用，并对纳税人取得的资源级差收入进行调节。
  特定目的税种类 包括城市维护建设税、耕地占用税、固定资产投资方向调节税和土地增值税4种税。这些税种是为达到特定的目的，对特定对象进行调节而设置的。
  财产税类 包括房产税、城市房地产税和遗产税（尚未立法开征）3种税。
  行为税类 包括车船使用税、车船使用牌照税、印花税、契税、屠宰税（该税种于2003年停征）和筵席税7种税。这些税种是对特定的行为征收的。
  除了税收之外，国家规定由税务部门征收的非税财政收入项目有教育费附加和文化事业建设费。省级人民政府还可以规定由税务机关征收社会保险费。
  此外，还对税收征管制度进行改革，其主要内容是：普遍建立纳税申报制度；积极推行税务代理制度；加速推进税收征管计算机化的进程；建立严格的税务稽查制度；适应实行分税制的需要，组建中央、地方两套税务机构，建立适应社会主义市场经济需要的税收基本规范，加强税收法治建设。