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一、行政单位
  中共南安市委农村工作领导小组办公室
  1991年3月，中共南安县委农村工作部成立，与南安县农业委员会合署办公，为正科级行政单位，内设机构：人秘股、农村经济政策股、生产股。6月，内设机构调整为人秘科、农村经济研究科、生产科、综合科。
  1996年8月，更名为中共南安市委农村工作领导小组办公室，加挂南安市人民政府农业办公室牌子，内设机构：人秘综合科、农村经济科、扶贫小康工作科。
  2002年6月，内设机构调整为人秘综合科、农村经济科、扶贫小康工作科，机关行政编制7名，事业编制工勤人员1名。
  2004年9月，加挂南安市人民政府农村工作办公室，内设机构和编制不变。 2008年，机构、编制不变。
  南安市农业与海洋局
  1989年南安县农业局为正科级单位，行政编制13名。
  1996年8月，南安市农业局、南安市经济作物局、南安市水产局合并组成新的南安市农业局，内设机构调整为人秘科、财务科、经济科、政策法规科、渔政管理科。行政编制27名，工勤事业编制3名。
  2002年6月，南安市农业局改建为南安市农业与海洋局，内设办公室、政策法规科、产业发展科、科技教育与技术监督科、海洋管理科，行政编制14名，工勤事业编制2名。
  2008年5月，加挂南安市畜牧兽医局牌子，不增加人员编制和领导职数。
  南安市畜牧兽医局
  2008年5月，在南安市农业与海洋局挂靠设立“南安市畜牧兽医局”。
  南安市林业局
  1989年南安县林业局为正科级单位，编制7名。
  1997年3月，南安市林业局内设机构：办公室（加挂市绿化委员会办公室牌子）、综合科（加挂南安市人民政府调处山林权纠纷工作领导小组办公室牌子），行政编制7名，事业编制1名。
  2002年6月，市林业局内设机构调整为：办公室、林政资源管理科（加挂“市政府调查处理山林纠纷工作小组办公室”牌子）、造林科（加挂“市政府绿化委员会办公室和花卉管理办公室”牌子），行政编制7名，工勤事业编制1名。2008年机构编制不变。
  南安市水利局
  1989年，南安县水利电力局，为正科级单位，内设人秘股、工程股、工管股、电力股，人员编制10人。
  1997年，政府机构改革，改建为南安市水利水电局，内设办公室、水政水资源管理科、水利电力科，南安市人民政府防汛抗旱指挥部办公室挂靠市水利水电局。行政编制8人，事业编制1人。
  2002年，改组为南安市水利局，内设办公室、水政水资源科、水利水电建设管理科，南安市水土保持委员会办公室、南安市人民政府防汛抗旱指挥部办公室挂靠市水利局。行政编制7名，事业编制1名。2008年机构、编制不变。
  南安市经济作物局
  1989年南安县经济作物局为正科级单位，行政编制9名。1996年8月撤销并入南安市农业局。
  南安市水产局
  1989年南安县水产局为正科级单位，行政编制9名。1996年8月撤销并入南安市农业局。 二、事业单位
  南安市农业科学研究所
  1989年，南安县农业科学研究所为副科级单位，事业编制11名。2008年机构编制不变。
  南安市农业机械管理站
  1989年南安县农业机械管理站为副科级单位，事业编制19名。2008年，市农业机械管理站内设机构：南安市农业机械研究所，南安市农业机械培训站，南安市农业机械监理所，事业编制18名。
  南安市农业资源区划委员会办公室
  1989年南安县农业资源区划委员会办公室为副科级单位，事业编制3名。2008年机构编制不变。
  南安市农业与海洋行政执法大队
  2007年2月整合设立南安市农业与海洋行政执法大队，副科级单位，事业编制12名。加挂“中华人民共和国南安市渔港监督”“福建省渔业船舶检验局南安市检验站”“中国渔政南安市大队”“中国海监南安市大队”牌子。