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第一节 土地承包合同管理
  1982—1985年，南安县推行家庭联产承包经营责任制，开展第一轮农村土地承包合同签订工作。1985年，全县384个行政村、5721个村民小组的24.95万个农户，分别签订各类农村土地承包合同。承包方式有2种，一种是按人口平均分配口粮田承包到户；另一种是实行双田制，口粮田按人口承包，集体机动田招标承包，承包期均为15年。
  1997年，第一轮农村土地承包合同到期。
  1998—1999年，按照中央提出的“稳定土地承包关系，无条件延长承包期30年不变”的精神，南安市实行“五不准”（不准随意缩短承包期、不准实行双田制、不准多留机动田、不准随意打破土地权属关系、不准提高土地承包费），开展农村土地承包延长承包期合同签订工作。1999年，全市发放农村土地承包经营权证书28.1万份。
  2005年3月起，南安市贯彻执行农业部发布的《农村土地承包经营权流转管理办法》，按照“平等协商、依法、自愿、有偿”的原则，建立土地流转机制，实现土地所有权、承包权、使用权分离，推动土地向种植大户、种养能手流转，发展适度规模经营。
  2008年末，全市共签订耕地家庭承包经营合同并颁发土地承包经营权证282273份、总面积308365亩。农户家庭承包耕地之后，依照国家政策规定实行土地经营权流转并签订合同的有7015份、面积3511亩。流转形式中，转包2169亩、转让140亩、互换536亩、出租666亩。
  第二节 农村集体财产管理和减轻农民负担
  一、农村集体财产管理
  1989年，乡镇财政继续试行“统一领导、分级管理”的体制，采取“核定基数、定收定支、超收分成、节余留用、一年一定”的办法，逐步过渡到“分级包干”。村级财务执行国家统一的农村集体经济会计制度，做好记账、算账、报账等日常工作。
  1991年，结合开展农村社会主义教育活动，22个乡（镇）380个村建立经济联合社。经济联合社实行双层经营体制，规范集体土地、山林、茶果的承包经营合同管理，加强财务管理，清理回收被拖欠挪用的集体资金和财产。
  1996年，全面执行财政部颁发的《村合作经济组织会计制度（试行）》，加强集体财产管理。
  2000年，市政府出台《关于实施村务公开监督制度的若干规定》，各行政村成立村务公开领导小组、监督小组和民主理财小组，实行村民代表会议民主听证理财制度，村务按照《规定》对村务公开10个方面（组织、内容、时间、阵地、形式、制度、程序、监督、簿册、档案）的规范要求进行公开，接受村民的民主管理和民主监督。
  2001年起，贯彻执行《福建省村集体财务管理条例》，规范村级财务管理制度，推行“六个统一”，即统一使用省财政厅印制的账簿及凭证，统一审核账证，统一会计科目，统一记账方法，统一记账时间，统一上墙公布。
  2008年，全市416个村（社区）的集体财务，均依照财政部发布的《村集体经济组织会计制度》规定，实行“村财镇管”，即委托乡（镇）农业经营管理站设立的村级财务集中核算中心代理记账，并实行网络监管。 二、减轻农民负担
  1992年，在县农村工作委员会建立全县农民负担监管工作机构——南安县减轻农民负担办公室，贯彻落实中央制订的涉农收费公示制、农村义务教育阶段一费制、报刊征订限额制、违反减轻农民负担政策责任追究制等四项制度，全面减轻农民负担。
  1993年，市政府有关部门按照上级的要求和规定，取消94项涉农收费项目，一年为农民减轻负担2650万元，人均21元。
  1994年，贯彻执行国务院《农民负担费用和劳务管理条例》和省政府《福建省农民承担费用和劳务管理规定》，把农村的“三提五统”（三项村级提留款和五项乡镇统筹款）控制在上年农民人均纯收入的5％以内。农民负担的义务工、劳动积累工限定为10个工作日以内，在农闲季节实施，不搞以资金代替劳务。市政府确定在山区、平原、沿海地区分别设立18个农民负担监测点，每个监测点设6个观察户，详细记录农民各项负担情况。
  1999年，推行农民负担预决算、专项审计和农民负担登记卡制度。全年减轻农民负担2741.6万元，其中整顿农村电价而减负2516万元，精简乡镇编外人员和村组干部补贴人数而减少人员工资补贴支出225.6万元。
  2002年，市减轻农民负担办公室针对群众反映强烈的中小学收费问题，对中小学的学费、杂费、借读费等项目进行清理审查，允许收取的项目资金实行收支两条线和专户管理。农村电网改造后，实行城乡电网同网同价，一年为农民减负2700万元。严格控制村级组织报刊征订数量，执行村级零招待费制度。推行涉农收费公示制度，取消需由农民出钱出工的达标升级活动。
  2003年，实行农村税费改革，取消乡统筹，改革村提留。全市取消“三提五统”收费11765万元，农民人均减负105元。乡村兴办公共项目和公益事业，实行“一事一议”筹资筹劳管理办法解决。村级组织运转补助资金、村干部工资补贴、农村“七大员”补贴、农村义务教育补助资金、种粮直补、低保户补贴等，均通过市财政专项资金转移支付解决。
  2005年，贯彻国务院决定，全面取消农业税，全市共免除农民当年税负800多万元。
  2006—2008年，继续在农村“一事一议”筹资筹劳、农村经营服务性收费、涉农行政事业性收费、乡镇政府和基层所站对村集体或农民的变相摊派等5个方面，开展监督管理，切实减轻农民负担。
  第三节 农民专业合作社
  2007年7月，开始实施《中华人民共和国农民专业合作社法》，依据乡村资源条件、产业特色和农民实际需求，引导同类农产品的生产经营者建立“自愿结合、民主管理、共同受益”的专业合作社。至2008年底，全市建立溪南甲鱼、曾岭食用菌、康牧山养猪、益众淡水鱼、昌盛紫菜、山宝黑杨梅、津美脐橙等7个农民专业合作社。
  第四节 农业管理机构
  一、行政单位
  中共南安市委农村工作领导小组办公室
  1991年3月，中共南安县委农村工作部成立，与南安县农业委员会合署办公，为正科级行政单位，内设机构：人秘股、农村经济政策股、生产股。6月，内设机构调整为人秘科、农村经济研究科、生产科、综合科。
  1996年8月，更名为中共南安市委农村工作领导小组办公室，加挂南安市人民政府农业办公室牌子，内设机构：人秘综合科、农村经济科、扶贫小康工作科。
  2002年6月，内设机构调整为人秘综合科、农村经济科、扶贫小康工作科，机关行政编制7名，事业编制工勤人员1名。
  2004年9月，加挂南安市人民政府农村工作办公室，内设机构和编制不变。 2008年，机构、编制不变。
  南安市农业与海洋局
  1989年南安县农业局为正科级单位，行政编制13名。
  1996年8月，南安市农业局、南安市经济作物局、南安市水产局合并组成新的南安市农业局，内设机构调整为人秘科、财务科、经济科、政策法规科、渔政管理科。行政编制27名，工勤事业编制3名。
  2002年6月，南安市农业局改建为南安市农业与海洋局，内设办公室、政策法规科、产业发展科、科技教育与技术监督科、海洋管理科，行政编制14名，工勤事业编制2名。
  2008年5月，加挂南安市畜牧兽医局牌子，不增加人员编制和领导职数。
  南安市畜牧兽医局
  2008年5月，在南安市农业与海洋局挂靠设立“南安市畜牧兽医局”。
  南安市林业局
  1989年南安县林业局为正科级单位，编制7名。
  1997年3月，南安市林业局内设机构：办公室（加挂市绿化委员会办公室牌子）、综合科（加挂南安市人民政府调处山林权纠纷工作领导小组办公室牌子），行政编制7名，事业编制1名。
  2002年6月，市林业局内设机构调整为：办公室、林政资源管理科（加挂“市政府调查处理山林纠纷工作小组办公室”牌子）、造林科（加挂“市政府绿化委员会办公室和花卉管理办公室”牌子），行政编制7名，工勤事业编制1名。2008年机构编制不变。
  南安市水利局
  1989年，南安县水利电力局，为正科级单位，内设人秘股、工程股、工管股、电力股，人员编制10人。
  1997年，政府机构改革，改建为南安市水利水电局，内设办公室、水政水资源管理科、水利电力科，南安市人民政府防汛抗旱指挥部办公室挂靠市水利水电局。行政编制8人，事业编制1人。
  2002年，改组为南安市水利局，内设办公室、水政水资源科、水利水电建设管理科，南安市水土保持委员会办公室、南安市人民政府防汛抗旱指挥部办公室挂靠市水利局。行政编制7名，事业编制1名。2008年机构、编制不变。
  南安市经济作物局
  1989年南安县经济作物局为正科级单位，行政编制9名。1996年8月撤销并入南安市农业局。
  南安市水产局
  1989年南安县水产局为正科级单位，行政编制9名。1996年8月撤销并入南安市农业局。 二、事业单位
  南安市农业科学研究所
  1989年，南安县农业科学研究所为副科级单位，事业编制11名。2008年机构编制不变。
  南安市农业机械管理站
  1989年南安县农业机械管理站为副科级单位，事业编制19名。2008年，市农业机械管理站内设机构：南安市农业机械研究所，南安市农业机械培训站，南安市农业机械监理所，事业编制18名。
  南安市农业资源区划委员会办公室
  1989年南安县农业资源区划委员会办公室为副科级单位，事业编制3名。2008年机构编制不变。
  南安市农业与海洋行政执法大队
  2007年2月整合设立南安市农业与海洋行政执法大队，副科级单位，事业编制12名。加挂“中华人民共和国南安市渔港监督”“福建省渔业船舶检验局南安市检验站”“中国渔政南安市大队”“中国海监南安市大队”牌子。