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第一节 机构
  1980年4月，恢复南安县编制委员会办公室，仍与县人事局合署办公；1993年，南安撤县设市，南安县编制委员会办公室更名为南安市编制委员会办公室。1996年，市编制委员会办公室更名为市机构编制委员会办公室（简称市编委办）；1997年，经市政府批准，确定市编委办职能配置和人员配置方案：市编委办为市机构编制委员会的常设办事机构，与市人事局合署办公，是市委、市政府负责全市行政管理体制和机构改革以及机构编制工作的综合、协调、监督、管理的职能部门。核定行政编制6名，工勤事业编制1名。
  1998年7月，经市委、市政府批准，南安市机构编制委员会改为中共南安市委机构编制委员会（简称市委编委），下设办公室，为常设的办事机构，同时加挂市政府机构编制管理办公室牌子，机构规格为正科级。市委机构编制委员会办公室（简称市委编委办）在市委编委领导下，负责全市行政管理体制以及机构编制的日常管理工作，既是市委的工作机构，又是市政府的工作机构，核定行政编制5名，工勤事业编制1名。
  2002年3月，根据《中共泉州市委、泉州市人民政府关于南安市党政机构改革方案的通知》精神，保留中共南安市委机构编制委员会办公室，加挂“南安市人民政府机构编制办公室”“南安市事业单位登记管理局”牌子，列入市委机构序列。规格为正科级，内设综合科和编制科，核定行政编制6名，工勤事业编制1名。
  至2008年，市委编办机构规格与人员编制没变。
  第二节 机构改革
  一、县级党政机关机构改革
  1996年3月，省委、省政府同意南安市作为中等城市，开展机构改革工作；6月，泉州市委、市政府批复《南安市党政机关机构改革方案》。1996年下半年起至1997年4月，南安市党政机关机构改革基本完成。此次改革主要是做好“三定”（定机构、定职能、定编制）工作，理顺党政机构之间的关系，精简机构和人员编制，提高办事效率。市级党政工作机构共设37个，其中党委工作机构6个、政府工作机
  构31个，比原来58个减少21个，精简36.21％。另设部、委、办管理机构5个，合署机构4个，议事协调机构2个，加挂牌子机构10个。
  市委设6个工作机构：市委办公室（台湾工作办公室与其合署，加挂市政府台湾事务办公室和市委政策研究室牌子）、组织部、宣传部、统一战线工作部（加挂市政府宗教事务局牌子）、政法委员会（市社会治安综合治理委员会办公室与市委政法委员会机关合署）、直属机关工作委员会。另设3个部、办管理机构：市委老干部局（由市委组织部管理）；市委精神文明建设办公室（由市委宣传部管理）；市委机要局（由市委办公室管理）。还有1个议事协调机构：撤销市委农村工作部（市农业委员会），设立市委农村工作领导小组办公室（加挂市政府农业办公室牌子）。
  市政府设31个工作机构：市政府办公室（加挂国家保密局、经济体制改革办公室牌子）、计划与经济贸易委员会、教育委员会、科学技术委员会、公安局、国家安全局、监察局、民政局、司法局、财政局（加挂国有资产管理局牌子）、地方税务局、人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、劳动局、建设委员会（加挂城乡规划局牌子）、交通局、农业局（加挂水产局牌子）、水利水电局、林业局、粮食局、对外经济贸易委员会、文化体育局、卫生局、计划生育委员会、审计局、统计局、工商行政管理局、土地管理局、环境保护局、技术监督局、乡镇企业局、侨务办公室（加挂外事办公室牌子）。另设2个委、办管理机构：市信访局（市委信访局），由市政府办公室管理；市物价局，由市计划与经济贸易委员会管理。机构规格均为副科级。还有1个议事协调机构：市打击走私办公室。
  2002年6月，市委常委会研究确定市直党政机关各部门“三定”方案，原则同意《南安市关于党政部门重要职能调整意见》。市委、市政府先后制定下发《南安市乡镇机构改革实施意见》和《关于市直党政机关内设机构和人员编制调整的若干意见》，再次进行党政机构改革。
  此次改革，市委设9个工作机构：市委纪律检查委员会机关（监察局与其合署）、市委办公室（加挂市委政策研究室、市委机要局、市委保密委员会办公室、国家保密局牌子）、组织部、宣传部、统一战线工作部、政法委员会（市社会治安综合治理委员会办公室与其合署）、台湾工作办公室（加挂市政府台湾事务办公室牌子）、机构编制委员会办公室（加挂市政府机构编制办公室、市事业单位登记管理局牌子）、直属机关工作委员会。3个部门管理机构：市委老干部局（由市委组织部管理），市委精神文明建设指导委员会办公室（由市委宣传部管理），均为正科级；市委信访局（市人民政府信访局），以市委办公室为主管理，为副科级单位。1个议事协调办事机构：市委农村工作领导小组办公室。
  市政府设28个工作机构：市政府办公室（加挂打击走私综合治理领导小组办公室牌子）、发展计划局（国防动员委员会经济动员办公室设在发展计划局）、经济贸易局（加挂乡镇企业局牌子）、公安局、司法局、财政局、人事局、劳动和社会保障局、规划建设局、市政公用事业管理局、交通局（国防动员委员会交通战备办公室设在交通局）、民政局（国防动员委员会支援前线办公室、老龄工作委员会办公室设在民政局）、农业与海洋局、林业局、水利局、粮食局、对外经济贸易合作局、教育局、科学技术局、文化体育局、卫生局、计划生育局、审计局、统计局、国土资源局、环境保护局、外事侨务办公室、民族与宗教事务局、监察局（监察局列入政府工作部门，与纪委机关合署办公，不计入政府机构数）。1个部门管理机构：市物价局（由发展计划局管理），为副科级机构。2个议事协调办事机构：市安全生产管理委员会办公室（加挂安全生产监督管理局牌子）、国防动员委员会人民防空办公室。
  2005年，市政府机构改革保持总格局和人员编制相对稳定，不作精简，少数机构略作调整：市政府授权市财政局代表市政府履行国有资产出资人职责，承担国有资产监督管理职能。市发展计划局改称市发展和改革局，仍为市政府工作机构。市计划生育局改称为市人口和计划生育局，仍为市政府工作部门。在市城建监察大队的基础上组建市行政执法局（加挂市行政执法大队牌子），为市政府工作机构，并在水头、官桥、霞美、梅山等镇挂牌成立行政执法派出中队。市人民政府办公室对外加挂市人民政府法制办公室
  牌子。行政审批制度改革职能划归市委机构编制委员会办公室（市政府机构编制办公室）承担。将市卫生局承担的保健品审批职能划归新成立的市食品药品监督管理局。
  此次改革，市政府设置工作部门29个（监察局与纪委机关合署，列入政府工作部门序列，不计入政府机构数），部门管理机构1个，议事协调办事机构2个。二、乡（镇）、街道党政机构改革
  1996年6月，乡（镇）党政机构改革，重点是改进乡（镇）党政机构管理方式，规范机构设置，建立配套的农业社会化服务体系，促进乡村经济和社会事业健康发展。根据中央编办及省、泉州市有关规定精神，对全市22个乡（镇）进行分类管理。一类乡（镇）：溪美镇、美林镇、仑苍镇、东田镇、英都镇、金淘镇、诗山镇、码头镇、罗东镇、梅山镇、洪濑镇、洪梅镇、康美镇、丰州镇、官桥镇、水头镇、石井镇、向阳乡；二类乡（镇）：翔云镇、九都镇、蓬华镇、眉山乡。一类乡（镇）的工作机构设党政办公室、财经办公室、社会事务办公室、社会治安综合治理办公室、村镇建设办公室、计划生育办公室；二类乡（镇）党政工作机构比一类乡（镇）较为精简。
  1999年1月，溪美、柳城、美林街道各设置6个党政机构：党政办公室、财经办公室、社会事务办公室、政法办公室、社区管理办公室、计划生育办公室。
  2002年5月，启动新一轮乡（镇）、街道党政机构改革，重点是贯彻《福建省乡镇工作纲要（试行）》，进一步发展与完善农业和社会化服务体系，为乡镇企业的发展创造条件；加强农村社会主义民主政治和法制建设，依法行政，规范管理。水头、石井两镇作为福建省小城镇机构改革试点镇，设置7个党政机构：党政办公室、经济发展办公室、社会事务办公室、计划生育办公室、规划建设办公室、社会治安综合治理办公室、财政办公室；其余21个乡（镇）为一类乡（镇），设置5个党政机构：党政办公室、财政经济办公室、社会事务办公室（加挂社会治安综合治理办公室牌子）、计划生育办公室、村镇建设办公室；溪美、柳城、美林3个街道党政机构设置参照二类乡镇执行，统一设置4个党政机构：党政办公室、财政经济办公室、社会事务办公室（挂社会治安综合治理办公室牌子）、计划生育办公室。乡（镇）、街道的人大、纪委、人武部、工青妇等组织机构按有关规定设置。
  三、事业单位机构改革
  （一）市直事业单位机构改革
  1996年党政机构改革，市第二轻工业局改为市第二轻工业总会，为正科级事业单位；市广播电视局改为广播电视事业局，为正科级事业单位；市档案局与市档案馆合并，保留市档案局牌子，改为市委直属正科级事业单位。6月，市供销社列入事业编制管理，核定事业编制36名，内设6个科室。1997年，成立南安市旅游局，为正科级事业单位。
  2002年，结合新一轮机构改革开展事业单位改革的前期准备工作，对聘用干部、乡（镇、街道）计生服务所人员情况进行调查摸底。按照市委、市政府的部署，就原南安宾馆、中旅社、康龙农场的改制，提出人员处理意见并组织实施。在部分自收自支单位（如建筑设计院、海都医院）推行人事代理和工资分配制度改革。
  2003年，在市教育局进行机构撤并试点，教育局直属8个事业单位整合归并为7个，编制由67名精简为60名。2004年，撤销市卫生局所属设置分散、职能单一的市卫生防疫站、皮肤病防治院和健康教育所，组建市疾病预防控制中心，设立市卫生监督大队。
  2005—2006年，全市152个事业单位实现内部分配改革，365个单位18369人完成人员聘用合同签订工作，占全市事业单位总人数98.7％。
  2008年，在市畜牧兽医站的基础上，调整设置市动物卫生监督所和市畜牧站，在各乡（镇、街道）设立畜牧兽医站（为市农海局派驻事业机构）；推进水管单位体制改革，撤销东山电灌站、观音亭水库、紫溪水库和泉州桃源渠道南安渠道站；理顺广播电视系统管理体制，实行局台分离管理。
  截至2008年12月，全市共有36个科级事业机构，其中12个正科级事业机构：供销合作社、党校、党史研究室、档案局、教师进修学校、地震办公室、城镇集体工业联合社、广播电视事业局、地方志编纂委员会、旅游事业局、雪峰华侨农场、国家统计局南安调查队；24个副科级事业机构：农业机械管理站、农业科学研究所、农业区划委员会办公室、市场服务中心、人才交流服务中心、南安技术学校、机关事业单位社会保险管理中心、运输管理所、水土保持委员会办公室、文溪水库管理处、笋塔水库管理处、后桥水库管理处、坂头水库管理处、地产开发公司、疾病预防控制中心、妇幼保健院、市医院、卫生监督大队、中医院、红十字会、事业单位登记管理中心、农业与海洋行政执法大队、会计核算中心、水电站库区移民开发局。
  （二）乡（镇、街道）事业单位机构改革
  2002年、2003年，对乡（镇、街道）事业单位进行调整：归并农业技术推广站、农业合作经济经营管理站、畜牧兽医站、水产技术推广站、农业机械管理站、茶果站、水利水电工作站、水土保持管理站，组建农业服务中心；乡（镇、街道）文化体育站更名为文化体育服务中心；组建乡（镇）综合行政执法队；撤并乡（镇）、街道企业管理站、劳动就业服务站、组建乡（镇、街道）企业服务中心；撤销流动人口计划生育管理站，职能划归计生办，人员编制并入计生服务所；乡（镇、街道）土地管理所更名为乡（镇、街道）国土资源管理所，仍为国土资源局派驻乡（镇、街道）的事业单位；乡（镇、街道）林业工作站改由市林业局垂直管理；取消乡（镇、街道）学区建制，由中心小学承担原学区教育教学业务管理职责。
  2008年，一类乡（镇）综合设置4个事业单位：农业服务中心、文化体育服务中心、综合行政执法队、企业服务中心；街道综合设置4个事业单位：农业服务中心、文化体育服务中心、城市社区服务中心、企业服务中心。此外，乡（镇、街道）国土资源管理所、广播电视站、林业工作站及计划生育服务所单独设置。小城镇机构改革试点镇石井镇、水头镇增设公用事业管理站、劳动与安全生产监察中心。
  第三节 编制管理
  一、党政群机关人员编制管理
  1989年，全县干部13156名，其中党政群机关干部1362名，政法机关干部579名，乡（镇）机关干部924名，事业单位干部10291名。
  1995年，核定市级机关行政编制（不含政法系统）988人。1996年下半年党政机关机构改革，核定市级机关行政编制（不含政法系统）790人，比改革前减少198名，精简20％。市直党、政、群机关行政编制分配比例为19∶70∶11；核定乡（镇）机关行政编制960名，比实有在职人数1914名（含自聘人员730人）减少954人，精简49.84％；乡（镇）科级领导职数，按上级有关规定执行。1997年底，全市行政机关实有人数2693人［其中市直机关774名，乡（镇）机关1008名，政法机关911名］，比1996年减少224名，减幅7.68％。1998年7月1日起，严格履行行政事业单位机构编制审批程序，统一实行核编制度。1999年，推行核定编制与工资基金挂钩，新进入机关事业单位的人员和流动调配人员，非经编制部门审批，一律不予办理工资基金审批手续。
  2002年机构改革，市级党政群机关行政编制792名，按24.46％的比例精简194名，扣除上划实行省以下垂直管理部门编制73名，精简后实际定编525名。其中市委机关行政编制精简20％，市委机关精简前行政编制182名，精简后为146名，减少36名；市政府机关行政编制按25％的比例精简，精简前行政编制449名（扣除上划实行省以下垂直管理部门编制73名，不含政法专项编制），精简后为337名，减少112名；政法系统机关政法专项行政编制451名，按10％的比例精简，精简45名。其中公安局机关从170名精简为153名；司法局机关从28名精简为25名；法院机关从134名精简为121名；检察院机关从119精简为107名。是年，乡（镇、街道）机关行政编制960名，按18％的比例精简，精简173名。2002年以后，上级机构编制部门陆续垫增南安市党政机关行政编制和政法专项编制。
  2005—2006年，市委编办贯彻中央编办《关于严格控制乡镇机构和人员编制的通知》精神，对现有乡（镇、街道）机关、事业单位的编制进行核实、冻结，5年内财政供养人员只减不增。
  2008年，全市机关行政编制2608名，实有在职人员2367名，空编241名，其中，市级党政群机关行政编制635名，实有在职人员584名，空编51名；政法机关专项编制1186名，实有在职人员1035名，空编151名；乡（镇、街道）机关行政编制787名，实有在职人员748名，空编39名。核定市级党政机关科级领导职数160名，科级事业单位领导职数67名；每一乡（镇、街道）科级领导职数11名，另按规定配备不占职数的计生、综治、科技专职领导及人大主席、人武部长各1名。
  二、事业单位人员编制管理
  1989年，全县事业单位机构721个，编制12831名，实有在职人员10291名。1990年，贯彻上级关于严格控制机构编制数量的方针，事业编制总数较上一年度减少357名。1991年，根据中央关于机构编制原则上实行“冻结”的精神，印发《关于强化机构编制意识严格机构编制统一管理制度的通知》（南编〔1991〕9号），重申机构编制管理有关规定，有效控制机构编制的增长。1998—1999年，落实省委编委办《关于机关事业单位实行核编制度的通知》（闽编〔1998〕64号）精神，开展对机关事业单位临时自聘人员的清理清退，解决变相超编问题。全市撤销事业机构33个，收回事业编制130名，重新设立事业机构82个，核定事业编制232名。
  2002年机构改革，全市核定事业单位机构数974家，核定人员编制22405名，实有人数18458名。其中核定教育事业单位569家，核定编制17483名。机构数比上年度减少158家。
  2002年、2003年，全面开展乡（镇、街道）事业机构改革，乡（镇、街道）事业单位（不含国土资源管理所、广播电视站、计生服务站、林业站、卫生院和学校）的事业编制精简20％，由862名精简为690名。2004年，建立机构编制管理数据库，提高编制管理水平；开展中小学校的撤并工作，重新核定全市中小学教职工编制15753名，较上一年度减少1038名。2006年，在乡（镇、街道）相关事业机构加挂“统计站”“安全生产监督管理办公室”牌子，人员编制从原乡（镇）事业编制调剂。2008年，根据省水利工程管理体制改革实施方案，对后桥水库等8个水管单位的管理体制和人员编制进行理顺调整，确定西溪防洪堤管理处、泉州市石壁水库南安渠道管理所（水头水管所）为纯公益性事业单位，撤销观音亭水库、东山电力灌溉管理站、紫溪水库管理处、泉州市桃源水库南安渠道站等4个事业机构，精简事业编制61名。
  2008年底，全市事业单位事业编制数18440名，实有人数18293名，其中乡（镇、街道）事业单位事业编制数（不含垂直管理的国土资源管理所、广播电视站、林业工作站、畜牧兽医站等）813名，实有人员610名；教育系统事业编制12813名，实有14136名；医疗卫生事业单位事业编制2084名，实有1624名。
  三、事业单位法人登记年检
  1997年4月，率先在市直事业单位进行事业单位法人登记。截至1998年5月，审批办理814个事业单位申报登记工作，并分5期在《福建日报》《福建人才报》公告，初步完成首次事业单位登记工作。1999年6月，首次开展全市事业机构年检工作，当年受检单位798个。2002年1月至3月，开展事业单位法人登记年检工作，共完成938（937）个法人事业单位年检，办理变更登记135个，注销登记16个。2003年1月至3月，共办理事业单位登记手续77个，变更手续293个，注销手续195个。2006年，完成2005年度797家事业单位年检工作。是年，办理事业单位变更登记53个，注销登记22个。