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1989年，南安县政府设置37个工作机构：政府办、计委、经委、体改委、科委、编委、劳动局、人事局、建委、财政局、公安局、安全局、司法局、民政局、监察局、审计局、物委、工商局、税务局、土管局、交通局、二轻局、财委、粮食局、乡镇企业局、农委、林业局、水利水电局、农业局、水产局、外经委、文化局、教育局、计生委、体委、侨务办、档案局。
  1990年3月，成立南安县广播电视局。同月，南安县信访办升格为南安县信访局。8月，成立南安县环境保护局。1991年1月，成立南安县老龄工作委员会。3月，南安县农委改称为中共南安县委农村工作部（简称县委农工部），实行一套人马，两块牌子。6月，成立南安县人民政府外事办公室（简称县外事办），同县侨务办公室实行一套人马，两块牌子。7月，设立南安县宗教事务局，归政府系列。1993年4月，县监察局与县纪委合署办公。
  1994年3月，市政府设45个工作机构：市政府办公室、市人事局（市编制办与其合署办公）、土地管理局、民政局、审计局、档案局、革命老根据地建设委员会办公室、打击投机倒把办公室、环境保护局、监察局（与纪委机关合署办公，不计入政府机构数）、信访局、宗教局、侨务办、科委、外经委、公安局、国家安全局、司法局、计委、物价委、统计局、劳动局、建委、农委、水利水电局、农业局、林业局、乡镇企业管理局、水产局、经济作物局、财政局、税务局、工商行政管理局、粮食局、供销合作总社、商业局、经委、交通局、二轻局、教育局、体委、计生委、卫生局、广播电视局、文化局。
  1996年5月党政机关机构改革，市政府设30个工作机构：市政府办公室、计划生育委员会、计划与经济贸易委员会、对外经济贸易委员会、教育委员会、建设委员会、科学技术委员会、公安局、国家安全局、监察局（与纪委机关合署办公，不计入政府机构数）、民政局、司法局、财政局、地方税务局、人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、劳动局、交通局、农业局、水利水电局、林业局、粮食局、文化体育局、卫生局、审计局、统计局、工商行政管理局、土地管理局、环境保护局、技术监督局、乡镇企业局、侨务办公室；2个委、办管理机构：信访局（副科级），由市政府办公室管理；物价局（副科级），由计划与经济贸易委员会管理；1个议事协调机构：打击走私办公室。
  1997年，成立南安市旅游局。同年4月，全省华侨农场领导体制改革，雪峰华侨农场由原省侨办主管改为南安市政府管辖。
  2002年5月党政机关机构改革，市政府设28个工作机构：市政府办公室、发展计划局、经济贸易局、公安局、司法局、财政局、人事局、劳动和社会保障局、规划建设局、市政公用事业管理局、交通局、民政局、农业与海洋局、林业局、水利局、粮食局、对外经济贸易合作局、教育局、科学技术局、文化体育局、卫生局、计划生育局、审计局、统计局、国土资源局、环境保护局、外事侨务办公室、民族与宗教事务局、监察局（与纪委机关合署办公，不计入政府机构数）；1个部门管理机构：物价局由发展计划局管理，为副科级机构；2个议事协调办事机构：安全生产管理委员会办公室、国防动员委员会人民防空办公室。
  2005年12月，市政府设29个工作机构：市政府办公室、发展和改革局（国防动员委员会经济动员办公室设在发展和改革局）、经济贸易局、公安局、司法局、财政局、人事局、劳动和社会保障局、规划建设局、市政公用事业管理局、交通局（国防动员委员会交通战备办公室设在交通局）、民政局（老龄工作委员会办公室设在民政局）、农业与海洋局、林业局、水利局、粮食局、对外贸易经济合作局、教育局、科学技术局、文化体育局、卫生局、人口和计划生育局、审计局、统计局、国土资源局、环境保护局、外事侨务办公室、民族与宗教事务局、行政执法局、监察局（与纪委机关合署，列入政府工作部门序列，不计入政府机构）；1个部门管理机构：物价局（副科级），由发展和改革局管理；2个议事协调办事机构：安全生产管理委员会办公室、国防动员委员会人民防空办公室。
  2006年，设立南安市经济开发区管理委员会，为市人民政府派出的正科级机构。