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惠安由于受季风气候影响，加上境内溪流短小，且多沙质及岩石底质，土壤保水能力差，降雨在时间、空间上分配极不均匀，风大蒸发快，水土流失严重，植被差等原因，致使旱灾、风灾、水灾频仍，是个“春夏水旱灾，秋冬风沙来”、“三透大雨崩溪岸，三日无雨火烧山”的县份。
  第一节 旱灾
  干旱是境内最主要的自然灾害，堪称“十年九旱”，较之邻县、市尤甚。重大的有：
  北宋崇宁元年（1102年），大旱，民有渴死。
  南宋淳熙元年（1174年），大旱，无禾。淳熙十一年（1184年）四至八月无雨，全县秋季作物无收。
  元泰定元年（1324年）十月不雨，大旱，五谷歉收，发生饥荒。至正十四年（1354年）大旱，田地干燥，种子播不下地。
  明景泰二年（1451年）全县大旱。成化十二年（1476年）大旱，饥荒。成化二十三年（1487年）春、秋两季大旱（春旱无麦，秋旱无禾），五谷歉收。弘治十二年（1499年）从夏至冬，大旱，甘蔗干枯，花生结实如黍，饥荒。正德八年（1513年）大旱，民以野菜树叶树皮充饥，多有饿死。嘉靖十五年、十六年（1536年、1537年）连年大旱，百姓饿死甚多。嘉靖廿四年（1545年）大旱，百姓饿死甚多，尸体弃道。万历七年（1579年）至六月旱，发生饥荒。
  清康熙四年（1665年）十月至翌年三月，无雨。康熙四十二年（1703年）旱，无禾。同治八年（1869年）连续干旱200天。宣统二年（1910年）大旱145天。
  民国27年（1938年）大旱，谷类作物相继枯死，农民使用武力争水。民国33年农历三月始，干旱100天，稻禾晒成干草。民国38年旱，受害面积10.94万亩。
  1953年，干旱持续114天，受旱作物26.53万亩。1955年，干旱达112天，受旱作物29.54万亩。1959～1960年，连续干旱172天，无法冬种，受灾面积26.76万亩。1962年10月至1963年6月，连旱8个多月，乌潭水库在死库容以下，中型水库底朝天，受灾面积20万亩。1967年1～9月旱，秋旱尤甚，秋粮大幅度减产。1972年4～11月，旱，受灾面积达10.60万亩。1977年春旱严重，仅次于1963年大旱。1986年夏旱40天，9000亩晚稻、5万亩花生薯种植不下。是年继夏之后，秋冬均旱，小型水库干涸。1989年7月旱，受灾作物32万亩。
  第二节 水灾
  境内水灾往往与台风关系密切。重大的有：
  北宋熙宁二年（1069年）暴风雨，冲坏田地禾苗，部分民居倾塌，人畜遭损。绍圣三年（1096年）七月，大雨，民居畜舍遭毁。南宋乾道三年（1167年）五月，大雨四旬，昼夜不止。嘉定九年（1216年）、十八年（1225年）发大水，庄稼被淹受损。绍定三年（1230年），海潮暴溢，沿海民居尽被淹没。
  元元统元年（1333年）六月，霖雨不断，民屋遭毁。
  明成化廿一年（1485年）从春到夏，雨连月，田禾被冲，民房倒塌。弘治六年（1493年）七月初三，自卯时至申时，大风雨，屋瓦被刮、林木折断、田禾受淹、城墙倒塌十之七八，商渔船翻覆，溺者不计其数。正德四十四年（1565年），春雨连绵，县城城墙倒塌多处。隆庆元年（1567年），春雨霖淫，县城城墙倒塌多处。万历元年（1573年）九月一日，淫雨水涨，冲倒崇武城墙西南低处。
  清康熙廿五年（1686年）闰五月，大雨浃旬，县城墙倒塌80余丈。康熙卅年（1691年），刮大风、下大雨，海水暴溢数丈，沿海民居多为漂没。康熙四十九年（1710年），暴雨发大水，谷贵。乾隆五十九年（1794年）秋，海潮淹没二十七铺梅庄、霞庄等低洋田6622亩。乾隆六十年（1795年）八月十五日，台风，海涨，境内山腰前黄、普安、钟厝、叶厝田地被冲坍1875亩。
  民国11年（1922年）8月11日夜半，雷雨交加，历2时之久，城关水涨，东、西水关被冲塌，城墙倒塌数十丈，死亡23人，伤10多人，龙津溪两岸民房、商店被冲倒百余间，货物洗空，下社溪一带淹田千余亩。民国24年7～8月间全县水灾，受灾1210户，6833人，死20人，损失35.81万元（旧币）。民国28年8月26日，狂风暴雨历4昼夜，全县损失逾100万元，淹死10余人，灾民数万。民国29年农历五月，狂风暴雨，林辋溪万亩农田顿成泽国。民国32年7月连续下11场暴雨，泗四洲山洪汇入坝头溪，坝头一片汪洋。民国36年5月27日至6月3日，狂风之后，继以暴雨，海堤崩塌，溪流泛滥，受灾面积达1.38万亩，塌房758座，牲畜死亡1860头，船只损失137艘。
  1952年6月22日，大雨，走马埭万亩耕地受淹5天之久，全县大小水利工程被冲坏153座。1956年9月23日，27号台风由崇武登陆，三次台风暴雨，总降雨量达711毫米。全县受重灾18900户、8万余人，民房倒塌1027间，死7人，伤69人，农作物受淹8.14万亩，沿海船只破损17艘，渔民死11人。1959年7月30日，4号强台风正面袭击，风力达12级以上，暴雨成灾，农作物受淹21万亩，死2人，伤21人，民房倒塌144间，严重损坏6391间。1961年9月8～12日，第21、22号台风刚从崇武登陆，旋即23、25号台风相继而至，酿成大灾，农作物受淹12万亩，死20人，伤29人，船只破损394艘。1965年6月12～17日，暴雨，全县农作物受淹3.66万亩，民房倒塌364间、仓库76间。1968年6月8～25日，连续下雨，全县作物受淹1.46万亩，冲垮堤坝160多处，大小水利工程270多处。民房倒塌4360间，仓库240间，畜舍209间，死伤20余人。1973年4月23日，暴雨，全县农作物受淹11万亩。1985年8月23日，受10号台风影响，暴雨，农作物受淹4.5万亩，民房倒塌650间。1987年7月31日，暴雨，全县农作物受淹16340亩，早谷发芽还青8300担，水利工程被冲毁62处，堤坝1580米，民房倒塌177间。1987年9月10日，12号台风袭击，暴雨成灾，民房倒塌917间，公路路基塌方7740米。1989年9月21～23日，全县暴雨（为50年一遇的特大暴雨），受淹农作物达8.3万亩（成灾3万亩），灾民5万余人。
  第三节 风灾
  明弘治六年（1493年）七月初三，自卯时至申时，大风雨，飞屋瓦，摧树林，没田禾，倒城墙，覆商船，淹渡人。万历三十五年（1607年）八月二十八日，飓风大作，房屋瓦片被刮。
  清康熙六十年（1721年）八月十五日台风，峰尾舢舨被风刮上山，一艘官船沉没，人尽溺死；南埔船只几乎全部沉没，溺者多为渔民。乾隆四十六年（1781年）六月初六，自卯时至戌时，大风雨，飞砂走石，折断树木，冲塌房屋，县城谯楼倾圮，城墙倒塌21处、100余丈，海上船只翻覆十之八九。光绪三年（1877年）中秋夜，忽大风起西北，崇武城位于屋门外石臼及门顶石被风吹移动；崇武文昌阁整座倒塌；罾船被刮到烟墩山上，大小船只多覆没。宣统二年（1910年）7月29日，暴风雨，拔树飞瓦，塌墙倒屋，崇武渔民死亡50余人。
  民国4年（1915年）7月10日，崇武、港墘渔船、民家遭飓风覆没，死亡很多。民国6年7月26日，台风，泊于崇武港外的小岞罾船30只被风浪打破，渔民死亡数十人。民国35年农历九月，狂风暴雨，沿海民船覆没许多，垵头港水高涨，停泊于此的民船汽艇被狂风刮送上陆。
  1953年3月20日，大风，沿海渔船沉没3艘、漂走12艘，死11人，失踪99人。1959年7月23日，3号台风从漳浦登陆，南转渔船200多艘在汕头洋面上遭灾，破损24艘，渔民死8人。1967年4月4日，大风，渔船被撞破2艘，漂走舨45条，舵折断16门，桅杆折断18支，帆被撕破210领，漂走尼龙丝网520领，渔民死1人。1973年1月18日，刮大风，后龙诚峰1艘渔船在返航途中沉没，死11人；1973年7月3日，小岞岞南赛龙卷风，船只损坏90多艘，房屋70间。是日下午5时，宽约60米的龙卷风从海上登陆，经净峰、南埔、后龙等地，所过之处，树木及高层建筑物遭到严重摧毁。1976年8月受台风影响，小岞、净峰、后龙、南埔等沿海30艘运输船（总计1345吨位）沉没。1977年7月31日至8月1日，5号台风从后龙前亭澳登陆，渔船破5艘，损坏5艘，舢舨破7艘，损坏11艘，受灾344户，1926人。1981年5月2日，台风袭击，沿海船只被风浪击破33艘。1982年7月28日，9号台风（沿海风力达12级）、沿海渔船损失83艘。
  第四节 其它灾害
  一、地震灾害
  自北宋置县以来，在县城及附近的泉州湾、兴化湾、南日岛海域及台湾一带，发生过20次强震（震级4.75～8级）；发生于境内的仅有一次，即明万历二十四年（1596年）十月在西南处的4.75级地震，洛阳桥桥栏被摧折。
  明万历三十五年（1607年），泉州海外大地震，洛阳桥倾圮。
  二、虫灾雹灾冻灾
  见于史载的有：
  （一）虫灾
  明永乐七年（1409年），全县遭受蝗虫灾害。
  （二）雹灾
  清顺治十六年（1659年）六月六日，下冰雹并暴雨，酿成灾。光绪二十四年（1898年）春某日午后，崇武下冰雹，击破厝瓦。
  1976年4月17日，南埔、涂岭、后龙等地区下冰雹，受灾7782户，41781人，民房损坏377间，春收作物受灾7075亩，粮食减产55万公斤。1987年3月15日，黄塘、辋川、涂岭地区，突降冰雹；仅辋川一地，房顶瓦片被打破3090间，大豆苗损610亩、麦3940亩，减产22.25万公斤，经济损失21万元。
  （三）冻灾
  1963年1月下旬，冻害，全县林业苗木损失100万余株。崇武半岛木麻黄幼林冻死多田。