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1955年7月，村始办保健室。次年全县有村保健室64个。1959年，各人民公社先后组建大队保健站。到1960年全县有大队保健站73所，接生站112所，生产保健室31个。站室人事、财务归公社保健院管理。1961年，国家经济困难，农村卫生保健机构压缩，次年，大队保健室只有15个。1965年，大队保健机构恢复，大队、生产队共设立保健室440个。
  1969年9月，水口公社八逞大队率先创办贫下中农合作医疗站，接着南埕、佛岭公社各大队合作医疗站相继成立，并迅速推广到全县。1970年6月，晋江专区在大铭公社召开“巩固合作医疗，推广青草药”现场会，并参观琼溪、大铭合作医疗站。是时，全县各大队保健站先后办成合作医疗站，社员（含家属）都参加合作医疗。同年，南埕、半岭、高漈三个大队首先实行贫下中农集体公费医疗制度。同年工工月，全县77个大队办起“红医队”，41.5％的大队实行集体公费医疗制度。1972年，大队合作医疗站153个，参加合作医疗的社员和家属，每人每年交0.5^2元的医疗费，病人可免费或大部分免费治疗。大队集体承担绝大部分医药费。由于合作医疗开支超出大队财力，1974年，大多数合作医疗站取消集体公费制度。次年，开始整顿大队合作医疗，一些不够条件的医疗站被撤销。1979年，全县有130个大队医疗站。1984年，大队合作医疗站改称村卫生所。1987年，全县189个村设立237个卫生所，其中村办81个；合办25个价人办109个；乡卫生院设点9个；其他13个。