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一、卫生局
  新中国成立后，1952年6月县人民政府设立卫生科，1956年6月改为卫生局，逐步建立与完善县卫生行政管理制度。1963年7月，卫生局改称卫生科，1966年7月与县卫生防疫保健站合署办公。“文化大革命”期间，机构名称屡有变动。1968年10月，县革命委员会生产指挥部下设民政卫生组。1969年2月，生产指挥部撤销，民政卫生组隶属县革命委员会，同年11月重新成立生产指挥部，民政卫生组仍属生产指挥部。1971年3月撤销民政卫生组，成立民卫股，5月改为民卫科。1973年9月，民卫科撤销，成立县革命委员会卫生局。1981年改称晋江县卫生局。
  1985年县卫生局设置人事秘书股和医政防疫股，1988年增设药政股。
  二、防疫委员会、爱国卫生运动委员会
  民国26年（1937）4月，因鼠疫流行，成立县扩大防疫委员会，由县卫生院院长等10人组成，下设总务、警卫、调查、募捐、消毒、宣传、处罚等七股，择定崇福寺暂设隔离病院。民国34年聘请公私立医院院长、商会理事长等为本会委员。民国36年5月，重新组织县防疫委员会，由福建省第四行政区督察专员和县长任正、副主任委员。委员会设技术组、环境卫生组、总务组，具体工作由鼠疫防治处、警察局、卫生院负责。
  1950年4月，晋江县人民政府成立防疫委员会，由晋江军分区、省立泉州医院、省防疫大队第二分队、县卫生院、惠世医院、永惠医院等单位负责人任委员，设正副主任委员、秘书处以及总务、组织、技术、交通管制、宣传等5组。各区、镇成立17个分会，乡设防疫支会，村设卫生小组。1951年县市分治后，由县长任主任委员。1952年，各区、镇防疫分会发展到20个，乡防疫支会219个，村卫生小组1039个。1953年2月，县防疫委员会改称县爱国卫生运动委员会。1954年，委员会在县卫生科设立办公室处理日常工作。此后随工作重点的转移，名称也屡作改动。1956年称消灭“四害”（蚊子、苍蝇、老鼠、麻雀，后麻雀改为臭虫）委员会，1960年称中共晋江县委除害灭病领导小组，1969年改称爱国卫生运动领导小组，1970年复称除害灭病领导小组，1978年复称爱国卫生运动委员会。各届委员会均以中共晋江县委、县人民政府的主要领导人为主任委员，县委及政府各有关部、办、委、局、工会、青年团、妇联、防疫站的负责人为委员。县爱国卫生运动委员会下设办公室负责日常工作。