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1958年8月，中共晋江县委、晋江县人民委员会发出《关于建立各级科学研究机构的通知》，随后全县成立专业科研机构6个，1978年后成立民办科研服务机构6个。
  一、晋江县农业科学研究所
  1959年，晋江县农林局设晋江县农业科学研究所，1961年10月拟与县科委合署办公，因人员编制和场所问题，未成。
  1978年12月20日，正式建立晋江县农业科学研究所，所址罗山乡荆山。1982年迁至青阳普照，人员分散于农业局各股、站办公。
  二、晋江县农业机械化研究所
  晋江县农业机械化研究所成立于1960年，1962年机构精简被撤销，1978年恢复建制，1984年再次撤销，人员并入农机管理站。
  三、晋江县医学科学研究所
  晋江县医学科学研究所，1960年10月成立，前身为1959年8月成立的晋江县中医研究所。内设医史理论、临床、药物等3个研究室。1963年2月并入县医院。1972年2月，重新成立晋江县医学科学研究所，1982年，再度并入县医院。
  晋江县医学科学研究所，曾开展慢性支气管炎中草药疗效观察、心血管普查、肿瘤死因回顾性调查等。创办报刊、编纂资料有：《医药卫生简讯》、《晋江新医药》、《医药参考资料》、《医药资料选编》、《业务学习》等，还收集期刊510册，各种资料2100册。并与18个省（市、自治区）的1002个单位建立医学科学情报交流。
  四、晋江县紫菜试验场
  晋江县紫菜实验场，1963年建于祥芝古浮，隶属国家水产部。1967年下放省水产所管辖，称福建省紫菜试验场。1969年再下放为县属单位，称晋江县紫菜试验场。
  紫菜试验场，主要研究紫菜人工育苗。1978年紫菜人工养殖研究获全国科技大会科技成果奖。
  五、晋江县医药公司安海海马养殖场
  安海黄添丁1970年试养海马，得到福建省医药总公司支持，地、县有关部门也拨款扶持试验。1971年安海镇批准划出大船坞1.65亩海滩为试验基地。1972年底正式成立晋江县医药公司海马养殖场。
  建场后，共投资3万多元，收获海马成品不到0.5公斤。1975年海马大量死亡，机构亦随之撤销。
  六、福建农学院红壤试验站
  福建农学院红壤试验站，系福建农学院于1981年在永和乡古厝村所建立，为该院隶属的处级单位。
  试验站先后完成《低产红壤旱地改良》、《国外牧草引种试验》、《茶树喷灌参数试验》等研究课题，撰写11篇论文和试验报告，筛选11种适合本地区栽培的绿肥、牧草、水土保持植物和能源植物。
  古厝侨胞陈联胜、陈祥禧先生为该站捐建实验楼1幢，建筑面积200平方米。
  七、民办科研服务机构
  晋江县民办科研服务机构是在经济体制和科技改革中，以自筹资金、自主经营、自负盈亏、独立核算、市场为导向、科技为依托，实行技工贸、技农贸一体的科技企业型机构。至1988年底经批准成立的有北京市星火技术研究所福建泉州晋江霞美科技服务部、晋江县永进摩托科技服务站、晋江闽南微电子技术研究所、泉州市鲤城科技协作服务公司永和分公司、晋江县禽畜饲养研究所、晋江坂头科技信息服务部。