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晋江历朝官府都比较重视水利灌溉管理。宋设提举兼管农田水利，北宋政和元年（1111）三月，解除陂、湖、塘、泊之禁，任民吸引灌溉，允许近水人民鱼采，不得再按规定，以纳助学费为名的人户专用，违者监司应纠劾上报。元至元二十三年（1286）颁布入社社规，其中一款：“……河渠之利，各地应由正官一员，偕知水利人员以时浚治，……高地水不能上的命造水车，贫不能造的官给车材”。明初，在龙湖征鱼税，隶河泊所征解，有渔户许、留、翁、林、吴5姓承纳。湖中产水藻，环湖田亩，资以灌溉。后为势宦占据，凡乡民水面营生者，皆令受税。清雍正八年（1730），署布政使潘礼丰请行一概捐免。
  新中国成立以后，1952年，晋东水利管理委员会建立，对晋东灌区规定水费标准，每亩征收稻谷7公斤。1956年7月，在晋东灌区建立灌溉试验站，制定水稻作物的灌溉制度。1962年4月1日，晋江县人民委员会制定《关于晋东水利工程灌溉管理办法》，把灌溉管理提高到新水平，改变漫灌为渠灌，不仅节约用水，而且提高水稻产量。11月28日，晋江县水利局《关于在灌区建立农作物灌溉试验站的通知》，确定晋东灌区、新垵水库、双宅水库建立水稻、甘薯、小麦等各类作物的灌溉制度，灌水定额进行试验。1964年，晋江县在新垵水库实行了按方收费的办法，渠道取水每立方米0.007元，抽水机站提水每立方米0.002元。按亩收费，水田自流每亩2.2元，提水每亩1.6元，以大队为征收单位。对节约用水和计划用水起到很好效应。1963年，每亩用水量649立方米，1964年减少为每亩240立方米，节省水量63％。1978—1981年，晋江县对中型电灌站推行按方收费经验，以渠道线上所属乡（镇）为单位，设立量水设备，过水接水，按方计征。各段建立健全管水队伍，以群管和专管紧密配合，实行流量包段。1987年，全县蓄、引、提水工程以及堤防管理收费进一步加强，把灌溉管理与征收水费工作分解到各工程单位，由经营者（承包者）向主管（水电）部门承包以“安全、效益、综合经营”为主要内容的各项任务和技术经济指标，签订承包合同。承包方式采用定指标，包基数，超标有奖，超收分成。核定灌区供水数量，核定渠段流量系数，节约水量者奖，新增灌溉面积0.28万亩，恢复灌溉面积4.88万亩，征收水费77.4万元。国营电灌工程灌溉水费按县、乡（镇）、村三级负担，比例是三、三、四，即县财政拨补30％，乡（镇）财政补助30％，村民负担40％。根据水利工程单位结算后，各级款额直接汇入工程单位帐户。乡（镇）所属水利工程收费办法，因地制宜。罗山后库电灌站规定灌区各用水单位，于每年春耕或抗旱前通过各村管水组织，向电灌站预购水票（每亩预购200立方米），实行先交水票后抽水。
  晋江县水利工程灌溉用水管理规则，是以计划用水为原则，以节约用水为目的，以扩大灌溉效益为目标。对于各类水利灌溉水费、堤防维护费计收指标，每年初下达各个水利工程单位执行。