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晋江县的地层较为简单，除平原、河谷和海湾区的第四纪覆盖层外，有侏罗系上统的火山岩系及晚侏罗系的侵入岩。所见的岩石有南园组火成岩、燕山期花岗岩、变质岩类的变粒岩、片岩、混合岩。
  一、岩浆岩
  火山岩，县境仅出露晚侏罗系南园组第二段火山碎屑岩。以东北—西南向呈带状分布于西北部边缘，与侵入岩相间分布，为一套中酸——酸性熔岩、英安岩、凝灰熔岩夹英安质、流纹质凝灰岩及砂页岩等，具有轻微变质。
  侵入岩以花岗岩为主，出露面积小，集中分布在西北部、沿海地区，为中生代燕山早期第三阶段（晚侏罗系）第一次和第三次侵入岩。岩性以岩浆混杂型的二长花岗岩、黑云母花岗岩为主。
  小岩体、岩脉在县域沿海地区广泛分布，内陆较少。出露有辉绿岩、煌斑岩脉、细晶岩脉等，脉宽约1—2米，走向多为北东—南西。
  二、变质岩
  县境变质岩分布较广，变质较深，大部分为花岗质变粒岩和片岩，呈北东向带状分布，主要有黑云斜长变粒岩、角闪斜长变粒岩、二长浅粒岩、黑云浅粒岩和云母石英片岩等。
  浅粒岩在灵秀山发育较完整。石英岩类呈薄层状或透镜状夹于石刀山的黑云斜长变粒岩中。变质岩普遍具有混合岩化，据分析其原岩是一套中生代火山杂岩。出露的混合岩有黑云二长混合片麻岩、黑云斜长混合片麻岩、条痕状混合岩、浅色二长混合片麻岩等。在混合岩中常夹有一定数量、大小不等的变质岩残留体。围头海边出露的黑云斜长混合片麻岩中夹有一定数量的角闪黑云斜长变粒岩残体，石圳出露的混合岩也夹有角闪斜长变粒岩残留体。混合岩与变质岩常呈间层状产出。变质作用类型为低压型区域变质作用，形成与断裂活动有关，属动力变质岩。
  三、第四纪沉积物
  第四纪沉积物遍布全县，成因类型复杂多样，有残积、坡积、冲积、洪积、风积、海积等，为中、上更新统和全新统地层。
  中更新统残——坡积层（Q2el＋al，遍及县境各地。主要由花岗岩和花岗质岩等风化残积物在重力和坡面水流搬运下堆积而成，多呈棕红——红色，不少地段有网纹发育，多亚粘土——亚砂土。组成10—50米的红土台地。
  上更新统冲——海积层（Q〓），分布面积广，主要出露在红土台地、丘陵低处或其延伸的坳谷中，是在滨岸或港湾海水和陆上溪流相互作用的快速沉积环境中形成，属海陆交替相沉积。其上部以冲（洪）积为主，下部为滨海（岸）相沉积。内坑乡坑边村南500米的水库坝基下，溪流切割剖面，高38米。
  上更新统“老红砂”（〓），以小块零星分布于金井、祥芝、深沪等地，是海—风混合相沉积（有的认为是风成沉积）。沉积物为黄褐色半固结泥质细砂，呈不连续的垄岗状残存土丘、直立陡坎。较为典型的剖面出露在深沪中学操场（海拔30米），厚度约15米，其自下而上分层是：黄白色粉砂（厚2—2.5米），棕红色细砂偶夹粗砂细砾（厚2.5米），棕红色细砂（厚3米），棕红色含粘土质细砂（厚5—7米）。
  此外，据沿海钻孔资料，在全新统海积层下，所见有上更新统的冲洪积层（含沙泥质砂、砂质粘土）和龙海组海积层（泥质砂、砂粘土及粘土），直接覆盖于基底风化壳上。
  全新统（Q4），出露于滨海平原，以海积层面积为最大。
  海积层（Q〓），分布于晋东平原、安海湾、深沪湾和围头澳沿岸，沉积物为灰黑色淤泥、砂夹砂粘土、泥炭，底为含砂泥质砂，并含有孢粉，有孔虫、藻类等化石。
  冲海积层（Q），主要分布于溪流下游或河口地区，由海陆交替沉积而成。金井镇南沙岗桥头的剖面，下部为灰黑色粘土（厚10厘米），中部为灰白色粉、细砂层（厚20厘米），上部为淡黄色砂土层（厚40厘米）。
  风积层（Q〓），分布于东南沿海的迎风海岸带，多数为风—海混合型堆积。风成沙丘主要见于深沪湾的衙口、土地寮、华峰，祥芝的厝上至永宁的沙堤等地。