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元末明初，日本处于混战时期，在国内战争中溃败的武士流亡海岛，勾结海商和失业流民，组成海盗集团，在中国沿海频繁进行武装掠夺和骚扰，史称“倭寇”。倭寇开始窜犯中国北部沿海，后来渐次南移，至于浙闽，而且殃及泉州、石狮沿海一带。
  明洪武二年（1369年），船数十艘从蚶江登陆，烧杀掳掠，肆虐无状。洪武三年（1370年），倭寇复又驾舟10余艘从蚶江登陆，劫掠而去。
  弘治十五年（1502年），寇陷永宁前垒，围不克。复大举来攻，永宁卫镇抚尤天爵率军抵抗，“自造扭攻车、火炮、火鸡等器，挺身破围”。后因援军缓至，寡不敌众，卫城失守，尤天爵巷战阵亡，倭寇大肆劫掠而去。
  嘉靖间，倭寇犯境，丁壮高三弟应募从征，壮烈阵亡。至今蚶江石湖遗有“明攻倭阵亡壮士高三弟坟”。
  嘉靖二十七年（1548年）六月十八日，林剪毛攻石湖、蚶江。知府程秀民命县丞马一洪、指挥孙廷槐率各乡丁壮百余人随军往击，杀贼14人，焚舸两只，寇乃遁逃。是年，倭寇大举进攻永宁卫城，指挥同知杜钦爵奋勇先登，日夜固守，贼不得入。
  嘉靖三十七年（1558年）四月，倭寇400余人，由长坑头登陆，侵扰龟湖。五月初，倭寇攻永宁不下，即退去。是年，复有倭寇与内地奸民勾结，窜扰广东潮州和福建漳州等地，石狮受害尤甚。时任漳泉水陆参将的晋江人王麟，率军抗倭。永宁卫与崇武所军民闻风应援，严阵以待。倭寇惶如丧家之犬，逃入海中，企图遁去，王麟率军乘弋船尾随，在祥芝附近海面将倭寇团团包围。祥芝巡检司军民同仇敌忾，石湖、南浔口（今晋江衙口）守军也“纵伏兵出击”。王麟所部擒获贼酋严山老和大批倭寇，凿沉倭寇大小船只数艘。
  嘉靖四十年（1561年），寇攻陷永宁卫城，劫掠而去。
  嘉靖四十一年（1562年）二月，倭患复起，进攻永宁卫城，卫城百姓奋起自卫，梅林人黄澄，“集里中少年，划港以守”。倭寇攻城时，连永宁妇女也投身抗倭行列，如吴氏“督家丁拒之，躬为炊”。后因贼势猖獗，加上指挥佥事王国瑞溺酒偷安，城防松懈，寇从南门涌入，大掠数日而去。三月，倭寇再次攻陷永宁城，杀死军民无数。倭寇占据卫城后，四处劫掠妇女，遭到永宁人民的强烈抵抗，南澳总兵欧阳寨之妻郑氏“统婢出救，与其姑及夫弟俱陷贼……（郑氏）持刀黥面，骂贼不已，贼怒，焚之于火中”。同年，三月初八日，官兵计划反攻卫城，永宁港边人佘见海任千夫长，率众进攻，不克，佘见海等人阵亡。直至五月，参将黎鹏举等人方率官军击退盘踞在永宁卫城的倭寇。
  嘉靖四十五年（1566年）春，复有倭船百余艘进犯永宁。总兵戚继光痛加截击。
  万历三十年（1602年），浯屿寨（今漳州龙海）移于石湖。冬，栖寓台湾的倭寇，时常窜扰浙江、福建、广东沿海。钦依把总沈有容以蚶江、石湖为基地，于十二月初八率舟21艘，过澎湖、达台湾，奋力杀寇，沉毁寇船6艘，斩寇首15级，救回被劫男女370余人，倭寇遁逃。