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1988年，加强对全县235个卫生所（室）乡村医生的监督管理，50名卫生员接受培训，48名获得卫生员合格证书，实现村村有医有药，能防能治，提高卫生保健水平。1989年，鼓励离退休医技人员到农村服务，充实卫生保健队伍。
  1991年，县财政局落实农村卫生三项建设配套资金15万元，实施乡镇卫生院“一无、两有、三配套”（无危房，有业务用房、生活用房，人员、设备、管理相配套）工程，为全县16所卫生院添置节育手术器械及无影灯、心电图机、X光机、B超等。
  1992年，县成立初级卫生保健委员会，下设办公室。制定《德化县农村实施“2000年人人享有卫生保健”规划目标》，各乡（镇）成立相应机构，制定初级卫生保健（以下简称“初保”）规划，把初保纳入乡（镇）工作目标。同年，县成立健康教育领导小组，建立县、乡（镇）、村三级健康教育网络，防疫站配置专职健康教育工作人员3名，全县配专、兼职健康教育人员217人。教育局、卫生局联合发出《关于在中小学生中开展健康教育的紧急通知》，县广播电台开设“卫生与健康”栏目，有线电视台播放“九亿农民健康教育行动”系列录像片，不断提高群众健康意识、增强自我保护能力。
  1993年，县卫生部门组织卫生人员进村入户，指导农村初保工作，为100个卫生所（室）配备100台冷链装备，加强冷链规范管理。
  1995年，组织医疗卫生单位有关领导20多人，到鲤城区江南镇亭店村参观学习“初保”经验，推动全县初保工作发展。1996年，经省卫生厅评审，农村卫生三项建设达到农村初级保健基本合格县标准。
  1997年，实施“123健康工程”，创建等级医院（站），发展卫生保健事业，经省卫生厅评审，县中医院为二级甲等中医院；县卫生防疫站成为全省首家星级计量达标站和一级卫生防疫站。同年4月，德化县获省卫生厅“福建省实现2000年人人享有卫生保健加速发展阶段规划目标合格县”奖牌。1998年，经省卫生厅评审，县医院达到二级甲等医院标准。
  1999年，实行县直卫生单位与乡（镇）卫生院“结对子”帮扶政策，县直卫生技术人员定期到乡（镇）卫生院服务。
  至2000年，累计投入“农村卫生三项建设”（设备添置、人才培训、房屋建设）资金1323.5万元，其中省下拨资金182万元，市174.5万元，县804.5万元，乡（镇）配套13万元，单位自筹149.5万元。用于房屋建设985万元，设备添置245.5万元，人才培训93万元。水口、上涌、赤水卫生院医疗设备达三类卫生院标准。以乡（镇）为单位，全县15个乡（镇）全部达初保标准、77个村卫生所达甲级卫生所标准。2001年，初保工作通过省级验收，达合格县标准。全县18个乡（镇）的农村初保通过市级审核验收。2002年，18个乡（镇）初保工作全部达标，实现初保合格县目标。
  2003年，实施第二轮农村初保，对全县乡村医生和卫生员重新登记和资格认定，实行乡村医生每4年轮训1次制度。
  2005年，县新型农村合作医疗保险管理委员会成立，下设办公室。在三班镇、美湖乡开展新型农村合作医疗制度（以下简称“新农合”）试点。2006年，纳入省新农合试点县。至2007年，全县176个村卫生所、18个厂矿学校卫生室（所）和21个个体诊所经整顿、考核，发给合格证书。县直医疗卫生单位组织8支、54人的支农医疗队下乡服务，办培训班4期、34人次，治疗617人次，指导开展技术项目9个；赠送设备物品价值4.6万元。省选派20名医师到德化县帮扶山区乡（镇）卫生院，举办学术讲座28场次，培训335人次，门诊服务2685人次，实施手术20台次，义诊21次。全面执行新农合制度，全县198527人参加，参合率77.28％；全年筹集资金1191万元。住院结算9601例，发补偿金946.79万元，补偿比例79.5％，单次最高补偿额2.82万元。至年底，全县职工医保、新农合、居民医保三种医疗保障制度参保人数28.03万人，占全县总人口89.84％。全县设定点医疗机构19个，定点社区服务站1个，定点零售药店店7家，参保人员可选择定点医疗机构和药店就医购药，缓解群众看病难，看病贵和因病致贫，患病致贫等问题。