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一、儿童计划免疫
  1988年，县卫生局根据卫生部《实现计划免疫第一个85％目标紧急行动方案的通知》，制定《1988年实现全县计划免疫实施方案》，建立新生儿预防接种常规制度，加强“四苗”（麻疹疫苗、小麻糖丸、卡介苗、百白破）接种。城关设接种门诊部，实行日常性接种，乡（镇）卫生院实行双月接种制度。同时，实施建卡登记、月报告、重点抽查及奖金挂钩分配制度。同年，县政府转发卫生局《关于推广儿童计划免疫保偿制实施意见》，投保对象为1周岁以内城乡儿童，保偿时间5～7年，投保金额每人年5～9元。投保对象可享受保偿制品与卡介苗、小麻苗、麻疹苗和百白破三联苗接种及传染病患者医药费保偿。10月，经泉州市政府及有关部门考核，德化县“四苗”接种达到国家规定的标准。
  1989年，县成立儿童计划免疫保偿（以下简称“计免保偿”）领导小组，鼓励群众参与“计免保偿”。翌年，全县7个乡镇、14个村居、1110个儿童参加“计免保偿”，投保率3.14％。
  1990年，开展计划免疫突击月活动，年底，全县“四苗”接种率达95.5％。1991年，全县新生儿建接种卡7229张，建卡率97.41％，合格建卡率95.79％。1992年，推行乙肝疫苗接种，计划免疫从“四苗”控“六病”扩展为“五苗”控“七病”。
  1994年，建立覆盖全县的“计划免疫管理系统”，持IC卡的儿童可到全县各卫生医疗单位预防接种门诊部免费接种卡介苗、百白破三联疫苗、麻疹疫苗、脊髓灰质炎疫苗、乙脑、流脑和乙肝疫苗7种疫苗。
  1995年始，每年均开展计划免疫突击月活动，先后进行甲肝疫苗、腮腺炎疫苗、风疹疫苗和狂犬病疫苗的接种。1997年8月，执行卫生部通知，停止卡介苗复种。至2002年，开展乙脑疫苗、流脑疫苗接种，“脊髓灰质炎”强化疫苗、麻疹强化免疫复种和小麻糖丸查漏补种活动。
  2003年，县卫生局筹集资金数十万元，添置IBM服务器2台，为全县各接种单位配备电脑1台，初步建立以县卫生防疫站（疾病预防控制中心）为主体、乡镇卫生院为枢纽、村卫生室为基础的疾病预防控制体系。县卫生防疫站防疫科协同江苏省蓝德软件公司开发“德化县计划免疫操作系统”“德化县计划免疫管理系统”供全县各医疗卫生单位使用，实现计划免疫工作全面信息化、无纸化、网络化管理模式。是年，乙肝疫苗纳入国家免费规划接种，全县接种率90％以上。儿童“计免保偿”不断发展。2007年，全县投保儿童4046人，是1990年的4倍。
  二、传染病防治
  1988年，县卫生局制定《卫生防疫工作考评细则》，把防疫工作列入乡（镇）卫生院考评内容，提高传染病监测力度。是年，全县发现肺结核病26例，系统管理21人，管理率80.77％；涂阳病例16例，涂阳病人治疗转阴10例，治愈率62.5％。
  1989年，经检测全县17种法定传染病发病率111.03/10万，低于全国、全省水平。翌年，按全国统一调查方案，对盖德乡下寮村、国宝乡佛岭村、南埕镇南埕村、水口镇湖坂村4个调查点2166人（实查2072人）进行人体肠道寄生虫随机抽样调查，检出蛔虫、钩虫、鞭虫、蛲虫、结肠内阿米巴等12种。肠道寄生虫检出率76.11％，其中蛔虫感染率54.34％，钩虫感染率33.74％，结肠内阿米巴感染率8.98％。检查后组织系统治疗，并教育群众讲卫生、不喝生水、不随地大便，感染率显著下降。同年，在雷峰镇雷峰村、坂仔村1099人中开展全国第三次结核病流行病抽样调查，结核菌自然感染率2.7％，活动性肺结核病患病率900/10万，未发现涂阳肺结核病人；县防疫站到国宝乡格头村进行肺吸虫病疫源调查，从山涧小溪沟提取石蟹12只，经逐个解剖镜检，均未检出肺吸囊蚴；泉州市组织麻风病考核验收，确认德化县基本消灭麻风病。同年，雷峰镇朱紫村发现首例流行性出血热病例，县卫生局发出《关于加强流行性出血热防治工作的通知》，防疫站组织疫源地处理，采血77份，鼠肺46份，开展群众性灭鼠活动，疫情得到控制，未再发现新病例。
  1990年，县卫生部门开始实行传染性病毒性肝炎分类报告。浔中、赤水、美湖及城关先后出现麻疹病例，防疫站派人到疫点进行个案调查，组织应急接种，对周边地区实施屏障接种，及时控制疫情。
  1991年，美湖乡洋田村发现脊灰炎1例，全县开展强化免疫36108人次，占应免疫对象97.26％。后，4岁以下儿童每年1月和12月，开展2次脊灰炎强化服苗，未再出现脊灰炎病例。
  1993年，全县宣传贯彻《中华人民共和国传染病防治法》，开展性病、艾滋病、鼠疫监测，以及DD（碘缺乏病）和以霍乱为主的急性肠道传染病防治监测。建立覆盖全县“疾病监测信息报告管理系统”，各种法定传染病实现网络直报，做到及时、正确、不漏报和错报。是年开始，实行幼儿入学乙肝检查、从业人员定期体检、输血者筛选、乙肝病人隔离管理及一次性注射器使用等制度，有效降低传染病发病率。
  1994年，全县发现霍乱疑似病例1例，县医院对病人进行抢救，防疫站组织环境及水源疫点消毒处理，做到发病不流行不死人。
  1996年，县卫生部门执行卫生部关于加强结核病防治工作意见，加强结核病防治管理，活动性患者管理率94.74％，涂阳转阴率90.91％，分别比1988年提高14个和28个百分点。是年，水口镇淳湖村发生流脑散在流行，桂阳乡洪田村发现疑似急性驰援性麻痹（AFP）病例1例，县防疫站及时进行个案调查和疫点疫区处理，开展免疫注射，推广“三开”（开门、窗、蚊帐）、“三晒”（晒卧具、衣、身体）、“三要”（要防寒保暖、劳逸结合、常刷牙漱口）、“三不”（不去病房、不去疫区、不去公共场所），有效控制疫情蔓延和传播。
  1997年，全县进行第二次结核病流行病学抽样调查，调查显示：患病率0.599％；结核菌自然感染率3.8％，活动性肺结核病患病率599.0/10万，涂阳肺结核病患病率139.0/10万，肺结核病死亡率16.96/10万。先后组织3次丝虫病媒抽样监测，经解剖镜检微丝蚴，均阴性。年底，泉州市消灭丝虫病审查组确认德化县达到卫生部制定的“消灭丝虫病标准”。同年10月，德化县列入卫生部“加强与促进结核病控制项目”县，结核病病人归卫生防疫站管理，实行免费治疗。相继实施中央财政结核病控制项目和中国全球基金（第四轮）结核病项目和“世行贷款/英国赠款中国结核病控制项目”，对可疑肺结核病人实行免费检查，对传染性肺结核病人实行免费治疗。同年12月，福建省卫生防疫站创等级评审团确认德化县卫生防疫站达到国家颁布一等站标准，成为全市首家国家一等县级卫生防疫站。
  1999年，县防疫部门加强乙脑免疫接种，并倡导夏热煎服牛顿草、板蓝根，消暑解热，有效控制疫情。2001年后，没有疫情发生。
  2003年，县贯彻执行省、市抗击“非典”有关会议精神，成立德化县防治“非典”协调小组，制定《德化县防治非典型肺炎工作方案》，建立防“非典”留守观察站和“非典”隔离病区；组建防治“非典”志愿队，建立县、乡、村三级信息网络系统，启用“传染病疫情和突发公共卫生事件网络直报系统”，对法定传染病病例个案信息实行实时、在线报告和监测；实行疫情“日报告”和“零报告”制度；举办培训班30多期，对全县600多名医务人员和3000多名乡村干部进行培训，为651名返乡及外来人员进行隔离留守观察或流行病学调查。对县直200多个单位和18个乡（镇）公共场所进行消毒。全县无“非典”病例发生。
  是年后，县政府加强公共卫生事件应急体系建设和卫生应急预案体系建设，卫生部门制定《非典型肺炎防治技术处置指导方案》《德化县人感染高致病性禽流感应急预案》《食物中毒事件应急处理技术方案》等，成立以防疫站站长（主任）为组长，各专业科室骨干为成员的突发性公共卫生事件应急小组；做好个人防护用品、漂白粉、含氯消毒剂、喷雾器等卫生应急物质储备。
  2007年，龙浔中心小学、丁溪村小叮幼儿园分别发生疑似水痘42例和高麻疹4例，波及近2000人。县疾控中心对患病学生进行隔离治疗，对100多名在园幼儿进行应急接种，通过控制传染源、切断传播途径、保护易感人群等措施，有效控制疫情。
  三、地方病防治
  1989年，卫生部地方病防治工作检查组到浔中镇丁墘村、三班镇三班村、南埕镇南埕村抽样检查7～14周岁中小学生384人，认定德化县为碘缺乏病（地甲病）重病区。是年开始，全县供应含五万分之一碘化钾食盐。
  1990年，县组织专门人员在霞碧乡对771人进行疫情测试，甲状腺肿大率58.18％；人群抽查1382人，肿大率41.17％，患病率11.29％。
  1991年，县在赤水镇建立地甲病监测点，随机抽样2014人，甲肿579人，肿大率28.75％，发现病人236个，患病率11.72％
  1994年，全县组织3935名新婚妇女、孕妇和2260名婴幼儿口服碘油丸。1995年，实施“以食用碘盐为主，重点人群口服碘油胶丸为辅”的综合防治措施，实行“碘盐配给制”，给全县居民保障供应每千克含40毫克碘酸钾的合格碘盐。至1997年，组织中小学、幼儿园儿童服碘油丸11.83万人次。年底，经省、市联合考核组考核，认定德化县防治碘缺乏病达到国家基本控制指标；卫生部和省卫生厅专家监测评价，甲状腺肿大率为4.76％（B超法）。
  1998年10月，全县达到“消除碘缺乏病标准”，实现消除碘缺乏病阶段性目标。