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1999年3月，县成立农业产业化领导小组，县委副书记任组长，县人大常委会副主任和县政府分管副县长任副组长，下设办公室。制定农业产业化发展规划和龙头企业项目审批、资金补助、税收减免等扶持措施，引导农业逐渐由零星分散向基地化、商品化、专业化发展。当年，创办县茶果园艺服务部，与800多户农民签订产销合同，经营销售茶果、食用菌产品价值1260万元。
  2001年3月，县成立农副产品加工龙头企业发展领导小组，分管副县长任组长，下设办公室。
  2004年后，推广“公司+基地+农户”农业产业经营模式，按照“自愿、有偿、依法、规范”的原则，引导农民通过转让、入股等方式，流转土地使用权，加快土地连片开发。至2007年，培植上康食用菌开发有限公司、戴云食用菌经销公司、龙南真菌工业所、石牛山食品有限公司、祥盛工艺有限公司、林业化工厂、泰源工艺有限公司、华安竹木制品有限公司、泉裕工艺品有限责任公司、龙津林化有限公司、百合工艺品有限公司、广达工艺品有限公司、华裕竹制品厂、国英万羽家禽场、戴云黑鸡养殖有限公司、冠林竹木家用品有限公司等农业产业龙头企业。创办津泉、方兴、贵发、十八格4个农场和德化黑鸡专业合作社、德化早熟梨专业合作社等农民专业合作社55家，注册资金2543万元。建立优质稻、德化梨、无公害蔬菜、黄花菜、食用菌、戴云黑鸡等基地，发展专业户5万多户。公司、合作社向专业户提供种苗、技术，签订购销合同，实行保护性收购价，与农民结成利益共同体。引导企业立足市场，以销定产，发展“合同农业”“订单农业”，组织企业参加全国农产品博览会、首届海峡两岸（泉州）农产品展洽会及上海、重庆、鹰潭、福州、厦门等各种农产品展销会，在广东、厦门、泉州等地建立20多个销售点，在城关、泉州、深圳设特约销售店。推进农业规模化经营及标准化生产。
  2007年，全县有省级产业化龙头企业1家，市级农业龙头企业6家，县级10家。但在发展过程中，土地流转大多处于自发和无序状态，承包方缺乏长期经营准备，调整产业结构的积极性不高，农业标准化生产程度低，营销队伍活力不强，农产品保鲜加工业、订单农业所占的分量小，难以带动规模化生产，农业产业化进展缓慢。