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1988年，财政部继续发行重点建设债券，县人行发行国债84.06万元；1989年，国家发行保值公债，县人行发行264.395万元；1990年、1991年，县人行分别发行107.8695万元、95.343万元；1992年，财政部开始发行无券记账的非实物国库券（1995年起改称“记账式国债”），发行后可在证券交易所上市流通；1993年，县人行发行516.65万元。
  1994年，改革国债发行管理体制，拓展储蓄资金投资渠道，财政部、中国人民银行开始面向城乡居民和社会各类投资者发行纸质凭证的储蓄国债——凭证式国债。1996年年底，中央国债登记结算有限责任公司在原中国证券交易系统有限公司（NET）基础上改组成立，承担全国国债的统一登记和托管业务。2004年，财政部发行两期电子记账凭证国债。