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1988年，县检察院法纪检察部门继续按照最高法院、最高检察院、公安部于1979年12月联合发出的《关于案件管辖的通知》管辖法纪案件，包括刑讯逼供罪、诬告陷害罪、非法搜查罪、非法侵入他人住宅罪、报复陷害罪、非法剥夺正当宗教信仰和侵犯少数民族风俗习惯罪、伪证罪、隐匿罪证罪、侵犯公民通信自由罪，泄露国家机密罪、玩忽职守罪、徇私舞弊罪、私放罪犯罪、妨害邮电通信罪、重大责任事故罪。
  1988—1990年，加强与有关单位的横向联系，分发《人民检察院“侵权”渎职案件的立案标准》，开展法制宣传；重点查处非法拘禁、诬告陷害、玩忽职守、重大责任事故等“侵权”、渎职案件，立案侦查非法侵入他人住宅、妨害邮电通信等法纪罪案12件16人。
  1991年以后，贯彻全国第二次“侵权”渎职案件侦查工作会议精神，以查处刑讯逼供、非法拘禁、徇私舞弊、玩忽职守、重大责任事故等“五类”案件为重点，开展办案、法制宣传、综合治理“一条龙”工作，发动群众举报“侵权”渎职犯罪。当年，受理法纪案件12件16人、立案侦查3件3人。
  1993年以后，针对旧街改造和矿产资源大量开发采掘、建筑和矿产行业重大责任事故频发的情况，全力查处重大责任事故案件。当年，受理法纪案件16件19人，立案侦查8件9人；立案查处的重大责任事故案件占立案总数的87.5％，其中查处某建筑公司在承建县英山水泥厂过程中未按有关规定进行质量监督和验收，造成2死9伤、直接经济损失8万余元的重大责任事故。
  1996年，开展法制宣传和安全整顿，为矿山安全资格培训班上法制课，遏制矿区事故居高不下的现象。至1998年，立案侦查各类法纪案件33件37人。
  1999—2002年，加强预防职务犯罪工作，到有关乡（镇）和税务、林业等部门进行法制宣传，对重点行业、重点单位、重点岗位进行有针对性的职务犯罪预防，法纪案件大幅度减少，四年立案侦查5件5人。其中，2001年重点查办行政执法人员渎职犯罪案件，立案侦查3件涉嫌违法发放林木采伐许可证罪、失职致使珍贵文物毁损罪和帮助犯罪分子逃避处罚罪的渎职犯罪案件，均属县检察院首次查处的新罪名。
  2003—2007年，严肃查办国家机关工作人员利用职权侵犯人权犯罪案件，以及破坏社会主义市场经济秩序渎职犯罪案件；法纪案件锐减，立案侦查渎职侵权案件5件6人。