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1988年1月，县检察院恢复监所检察科，设立驻看守所检察室；内设控告申诉检察科、刑事检察科、经济检察科、法纪检察科、林业检察科、办公室。10月，贪污贿赂罪案举报室成立，由控告申诉检察科管理。11月，林业局林业检察科归属县检察院编制。
  1989年7月，县检察院首个驻乡镇检察室“上涌检察室”成立。1990年，雷峰乡检察室、农行检察室、供销联社检察室、矿产检察室、葛坑林场检察室先后成立。1991年8月，县检察院增设法律政策调查研究室12月，税务局检察室更名为“税务检察室”。1992年2月，增设检察技术科。1993年11月，农行检察室、供销联社检察室撤销；12月，矿产检察室更名为“矿区检察室”。1994年3月，县检察院增设民事行政检察科；7月，浔中检察室成立。
  1997年10月，涉税案件不再属检察机关管辖，县检察院驻税务检察室撤销。同年，县检察院进行机构改革，撤销刑事检察科、经济检察科、检察技术科、法律政策调查研究室，设立办公室、政工科、审查批捕科、审查起诉科、反贪污贿赂局、法纪检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科、监所检察科、林业检察科、监察科（与纪检组合署办公）等11个科室。
  1998年，县检察院根据最高检察院关于不在行政机关、企事业单位设置检察室的指示精神，6月撤销矿区检察室，7月撤销浔中检察室、雷峰检察室、上涌检察室、葛坑林场检察室。同年11月，林业检察编制统一改用专项行政编制；12月，县纪委驻县检察院纪律检查组设立，派驻纪检组长1名。1999年9月，法警队成立。
  2002年12月，县检察院进行机构改革，设立办公室、反贪污贿赂局、民事行政检察科、控告申诉检察科、监所检察科、林业检察科、检察技术科、行政装备科等12个科室和1个直属机构——司法警察大队，其中政工科、审查批捕科、审查起诉科、法纪检察科分别更名为政治处、侦查监督科、公诉科、渎职侵权检察科，控告申诉检察科对外加挂“德化县人民检察院举报中心”“德化县人民检察院刑事赔偿办公室”牌子。
  2004年9月，县检察院撤销检察技术科，其工作职能并入行政装备科；设立法律政策研究室。2006年1月，渎职侵权检察科更名为反渎职侵权局。
  2007年，县检察院设有办公室、政治处、侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科、行政装备科、林业检察科、法律政策研究室、监察科和司法警察大队等14个职能科室。