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2001年11月30日，成立安溪县药品监督管理局（简称县药监局），隶属省药品监督管理局，内设综合股、稽查股、药品监管股，下辖安溪药品检验所（事业单位），编制22人。2006年9月1日，县药监局更名为安溪县食品药品监督管理局（简称县食品药品监管局），增设食品安全监管股。是月，县政府成立安溪县食品安全委员会，下设办公室（简称县食安办）。2007年，县食品药品监管局机构、编制没变。