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1991年，县卫生局依照《中华人民共和国药品管理法》，开展2次一一3次药品监督管理执法大检查，重点查处和打击无证经营药品、经营假劣药品。1993年，查获假劣药品346种。1997年，检查药品生产、经营、使用企事业390家，检查药品12.75万种次。是年，县政府下发《关于加强药品购销管理、规范药品经营秩序的通知》，率先在全市实行药品购销属地规范化管理制度。至1998年，全县取缔非法经营药品企业（个体户）62家（户），罚没款近20万元，有效规范药品经营秩序。
  2001年12月，新修订的《中华人民共和国药品管理法》正式实施，药品监督管理执法主体由县卫生局变更为县药监局。此后，县药监局每年结合“12·4”法制宣传日、“3·15”消费者权益保护日等重大节日，开展《中华人民共和国药品管理法》及其《实施条例》等相关法律法规宣传活动，并举办假劣药品展览，增强群众药品维权意识。
  2002年，县药监局成立医疗机构药品质量监管工作领导小组，整治医疗机构以行医为名变相销售药品的行为，纠正城镇医疗机构违规设置药柜25家次。加强全县医疗机构药房药品质量管理，创建规范药房。开展农村药品市场监督管理执法大检查，在凤城、官桥、湖头等镇查获无证经营药品案3起，总案值10多万元。严格执行癌症“三阶梯”（按轻、中、重度疼痛分别给予非、弱、强鸦片类止痛药）止痛治疗方法，依照新修订的《癌症患者申办麻醉药品专用卡的规定》，患者或代办人须签署并遵守《癌症患者使用麻醉药品专用卡知情同意书》，防止麻醉药品流弊。定期或不定期地对特殊药品经营和使用环节进行检查，重点对特殊药品购进、销售、库存及流向情况进行统计和监督，实现对特殊药品购进、储存和流通环节的监控。
  2004年，实施药品和医疗器械不良反应报告和监测制度。全县共上报药品不良反应报告58份、医疗器械不良反应报告2份。组织全县药品经营和生产企业开展GSP（药品经营质量管理规范）和GMP（药品生产质量管理规范）认证工作。至年底，有35家药品经营企业获GSP认证、1家药品生产企业获GMP认证。
  2006年，加大药品市场整治规范力度。县食品药品监管局与县卫生、公安、工商等部门联合，开展查处亮菌甲素注射液（齐齐哈尔第二制药有限公司生产）和欣弗克林霉素磷酸酯（安徽华源生物药业有限公司生产）等假药专项整治行动17次，立案132起。其中，大要案2起，罚没款41万元。取缔无证经营药品企业（个体户）40家（户）。
  2007年，全县完成38件药品批准文号清查和再注册工作。分别对1家药品生产企业和36家药品经营企业进行GMP与GSP认证后监督检查。开展利用食品、保健品、保健用品冒充药品和医疗器械等违法违规行为整治活动，责令整改8家。