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1991年至1995年10月29日，安溪县食品卫生执法主体为县卫生防疫站。5年间，县卫生防疫站加强食品从业人员健康检查，共办理健康证21478份，办证率保持在93.6％一97.4％；发现“五病”（肺结核病、乙肝病、皮肤病、疟疾病、伤寒病）从业人员511人，调离率100％。举办卫生从业人员培训班16期，参训1077人次。开展食品卫生监督检查1143家次，检查覆盖率100％，合格率87.1％；销毁、没收不合格食品2.94万公斤；监测食品1904份，合格率84.16％
  1995年10月30日，新修订的《中华人民共和国食品卫生法》颁布实施，县食品卫生执法主体变更为县卫生局。1997年10月，县卫生局聘请乡（镇）食品卫生监督检查员60人。1998年2月，各乡（镇）成立公共卫生监督派驻组，加强包括食品卫生在内的监管。11月，县卫生局创办《食品卫生监督》简报，及时宣传食品卫生法律法规，报道食品卫生监管信息。2001一2002年，结合创建卫生城镇活动，在县城地区开展低档饮食店、桶装饮用水和矿泉水经营店、农贸市场、蔬菜批发摊店、市场海产品和糖品经营店、学校集中用餐的食堂等专项食品卫生质量
  检查，限期改进329家，责令停业整顿24家，处罚违章经营113家，罚款7.50万元。开展“餐桌污染”整治，加强“食品放心工程”建设，监测食用油、饮料、蔬菜等13类食品671份，合格率92.2％；餐具抽样监测1908份，合格率79.71％。2003一2004年，举办食品卫生执法人员培训班4期，学习食品卫生法律法规、食品卫生知识等内容，参训199人次。实行食品卫生监督与“110”联动。2年间，县卫生局接到县联动办出警指示4次，均及时出警，妥善处理。2005一2006年8月，加强食品卫生法律法规宣传教育，举办大、中型饮食行业及食杂批发行业负责人培训班11期，参训1517人次。开展以“治理餐桌污染，建设食品放心工程”为重点的现场宣传咨询活动5次，发放食品卫生法律法规及知识宣传资料4.63万份。在安溪有线电视公布食品卫生质量抽检情况8次。
  2006年9月1日，县食品卫生执法主体纳入县食品药品监管局。该局立即行使对全县食品安全管理的综合监督、组织协调和依法组织开展对重大食品安全事故查处的职能。是月，县食品安全委员会（简称县食安委）和县食品药品监管局在做好食品安全监管常规工作的同时，着手建立食品安全工作制度、会议制度、投诉举报处理制度、信息报告与发布制度、重大食品安全事故应急预案。12月，对农村食品安全保障体系建设情况进行调研。至2007年3月，制定和实施《安溪县农村食品安全“三网”建设工作方案》，建立和完善农村食品安全监管长效机制。