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1991年，县审计局对30个行政事业单位扶贫资金的拨入及投放情况进行专项审计，并调查10个乡（镇）和80个受益单位，查出部分扶贫资金存在着管理混乱、挪用、挤占及效益差等问题，及时向县委、县政府报告，加强扶贫资金的管理。1992年，对“茶税改”和“粮改”进行专项审计，查出6个茶站春茶收购少付茶农产品税、特产税（两税加在茶叶收购价格里）13多万元；发现粮食库存不合理，3年以上陈粮达13043吨，占54.55％。这些问题及时向县政府和财政部门反映，引起领导的重视。是年，对18个主管农业、水利开发、扶贫资金的部门进行专项审计，并调查13个乡（镇）、8个农行营业所、31个村的53个受援项目，查出官桥镇仁峰村一个村民用付款证明单领取治理水土流失经费166858元，有内外勾结、虚报冒领的经济问题，移送县检察院查处。
  1994年，对7个安排管理农业资金的政府部门进行专项审计，延伸调查22个受益单位，发现呆滞未用资金87.67万元、挪用109.41万元、转移168.37万元，县农业局违法挪用截留农业发展资金23.2万元搞联营。1997年，对各乡（镇）教育经费投入情况进行专项审计，有9个乡（镇）增加自有资金对教育投入75万元，有4个乡（镇）增加对扫盲经费投入8.2万元。
  2000年，对县乡两级政府负债进行专项审计调查。截至1999年底，县、乡两级政府内债4.69亿元，外债248.17万美元，并对政府负债的重要原因进行综合分析。县委、县政府就做好清理和消化不良债务提出9点意见。是年，对县劳动局、县民政局、县人事局管理的1999年度职工基本养老保险基金进行专项审计，并对基金欠缴和扩面情况进行审计调查，查出4家企业欠缴养老保险金22.37万元，存在着参保率低、扩面困难、欠缴保险金等问题。对1999年度29个单位94个项目行政收费政府性基金进行专项审计，发现提高收费标准，未按规定纳入预算管理或缴存财政专户而坐支现金结算，挤占挪用等问题。2001年，对全县农村电网改造项目的资金来源、管理、使用情况进行专项审计，并对农电“两改一同价”政策执行情况进行审计调查，查出非省控农改物资1769万元没有按招投标制度采购，部分工程项目的质量不符合要求等，这些问题均向县电力公司出具审计意见书。
  2002年，根据审计署统一组织，对2000一2002年8月三峡库区移民外迁安置资金进行专项审计，没有发现违规行为，移民资金专款专用，投入足额到位。2004年，对乡（镇）教育经费投入进行审计调查，发现部分乡（镇）教育投入不足、资金拨款不及时、挤占挪用等问题，分别向县人大常委会、县政府报送审计结果报告。
  2006年，对24个乡（镇）财政赤字及负债情况进行审计调查，发现存在滚存赤字大、债务负担重等问题。县审计局就此撰写《乡镇消赤减债若干建议》在《泉州人大》发表。是年，还对10个重点建设项目的财政投融资金的拨付、管理、使用情况进行审计调查，并形成专项审计调查报告呈送县政府。县领导高度重视，责成有关单位认真落实、整改，还出台《关于印发〈安溪县加强基本建设财务管理的暂行规定〉的通知》，加以规范管理。2007年，对安溪凤华制衣有限公司资产评估情况进行审计调查，发现未经同意，把3年以下的应收债权48户315万元作为坏账损失，未报批准，自行将积压多年的库存材料634万元转入“待处理财产损失”挂账等问题，影响到评估值的准确性。