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1991年，县审计局把有预算外资金、有权收费和罚没收入、有管理专项资金、有下属基层单位的行政事业单位作为重点审计对象。是年，对县工商、公安、税务、土地等行政事业单位进行审计，共查出违规金额208万元，应上缴县财政113万元。同时，发现县高甲戏剧团设置账外账14.24万元，县经作局用收款收据收取房租1.94万元不入账等问题。1992一1993年，改进以往面面俱到的审计做法，采取“选择重点，攻突破口，审透查深，体现效果”的方法，分别对10个、35个行政事业单位的罚没收入和收费情况进行审计，发现县环保局收取排污费30396元、县物委罚没收入62252.62元未上缴县财政，设账外账。县企业局擅自变卖国有资产18万元，不但用于公费旅游，还用于放高利贷，非法收取利息9600元。有13个单位私设“小金库”，金额125.24万元，大部分用于发放职工奖金补贴和招待费用。对这些问题依法作出限期追缴的处理。并查出湖头医院会计利用职便贪污公款1000元，县妇幼保健所有关人员虚报冒领私分专项经费6400元等问题，及时移送县纪委、监察机关处理。
  1994一1995年，将管理使用国家资金数额较大、有权收费和罚没款以及财务管理较差的单位作为审计重点，分别审计53个、50个行政事业单位，查出违规金额279万元，应上缴县财政75万元。发现有29个单位私设“小金库”，金额402.84万元。这些资金除纳入单位财务管理外，还处理没收上缴县财政2.11万元。发现有3个单位应缴未缴的罚没收入55.07万元，全部限期上缴县财政。查出县脱贫办有关人员侵吞挪用扶贫资金28万元，收取红利3万元，长期不入账等问题，将其移送县纪委、监察机关处理。
  1996一1997年，分别对40个、38个行政事业单位进行审计，查出违规金额528万元，其中，应上缴县财政104万元、应减少财政补贴8万元、应追还被挤占挪用资金160万元，挽回国有资产流失71万元。把原县经作局资产流失136.17万元、公款私借74.76万元，原县经作局局长虚报冒领公款1.36万元等严重经济问题，移送县检察院处理。并查出某单位用伪造凭证、虚报冒领等手段把公款35.5万元转入“小金库”，用于发放职工奖金补贴33万元；龙涓卫生院会计与县公费医疗办公室会计互相勾结贪污公费医疗款16173.70元。两起案件均移送县监察机关立案处理。
  1998一1999年，分别对30个、35个行政事业单位进行审计，查出违规金额1415万元，处理上缴县财政61万元；并查出6个单位截留上缴罚没收入和行政性收费70万元，有6个单位私设“小金库”60万元，有10个单位违规购买专控商品47万元，有6个单位公款私存335万元，分别依法予以处理。2000一2003年，分别对26个、22个、27个行政事业单位进行审计，查出官桥镇企业站工作人员涉嫌挪用公款12.80万元，移送县监察机关处理。对公安机关进行审计时，延伸调查15个派出机构，查出截留应缴预算收入18.24万元，行政事业性收费12.16万元，提高标准收费3.2万元，擅自立项收费25.56万元以及各种名目收取捐款107万元等违规问题，分别依法予以处理。查出2所医院、1所学校、2个行政事业单位滥发奖金、补贴问题，专题向县政府、县纪委和监察局汇报，县监察局作出清退收缴滥发的奖金的决定。
  2003一2004年，全县重点审计“收支两条线”的执行情况、奖金补贴的发放情况。分别对16个、24个行政事业单位进行审计，查出违规金额724万元、管理不规范金额4180万元，上缴县财政金额198万元。查出一些单位滥发奖金、补贴问题。县委书记曾荣华、县政府县长尤猛军对此作了批示，要求县纪委、财政、审计提出处理意见。并查出县防疫站原站长及工作人员利用职务之便，虚报冒领劳务补贴9万元等严重违反财政纪律问题，将其移送县纪委、监察局处理。
  2005一2007年，重点监督教育乱收费和医院抬高药价问题。分别对25个、14个、16个行政事业单位进行审计，查出违规金额725万元、管理不规范金额2737万元，上缴县财政金额74万元。对安溪第六中学、第八中学、崇德中学3所完全中学2006年度财政收支进行审计，查出高中补习费违规问题，有针对性地提出《关于我县完全中学补习费规范管理的审计建议》，引起县教育主管部门的高度重视。