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1999年6月，根据省政府《贯彻国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定的通知》，安溪县城镇职工基本医疗保险制度改革领导小组成立，下设办公室，挂靠县劳动局，并组建安溪县医疗保险中心，隶属县劳动局管理。县劳动部门组织人员到企事业单位调查、测算，制定《安溪县城镇职工基本医疗保险制度改革方案》，下发17个政策性文件，认真做好医疗保险实施前的准备工作。
  2000年，全县开展定点医疗机构资格认定，确定县（铭选）医院、县中医院、城厢卫生院、官桥医院、龙门卫生院、蓬莱卫生院、湖头医院、剑斗中心卫生院、长坑中心卫生院等28家医院为城镇职工医疗保险定点医疗机构。县医疗保险中心开展参保单位和参保职工的登记、电脑录入、1C卡制作等工作。职工基本医疗保险基金缴费标准：用人单位按职工工资总额7.5％缴纳，职工个人按工资总额2％缴纳。
  是年，全县参保单位321家，参保职工21063人（其中，在职职工17851人，退休职工3212人）。
  2001年1月1日，全县实施医疗保险制度改革，享受公费医疗人员也参加医疗保险。是年，全县参保单位324家，参保职工21494人，征收医保基金1618.98万元，支出医保金1074.59万元（其中，支付医疗费372.78万元，划入参保人员个人账户694.46万元）。2002年，完善城镇职工基本医疗保险制度，提高服务质量，扩大覆盖面，解决国有企业特别是困难企业职工的参保问题。并加强对各定点医疗机构医保工作的监管，定期或不定期监督检查，对虚假录入、开大处方、过度使用医保用药目录范围外的药品、增加参保人员负担等问题进行查处，控制不合理医疗费用支出，有力推进医疗保险制度改革。2005年，城镇职工基本医疗保险由县地税机关代征。至2007年底，全县参保单位1950家，参保职工37423人，征收医保基金2984万元，支出医保金2670.6万元（其中，支付医疗费1473.61万元，划入参保人员个人账户1197万元）。