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1991—2007年，安溪县按照省、市统一部署，进行三次党政机构改革，落实定职能、定内设机构、定编制和领导职数的“三定”工作，理顺机构职能关系，转变政府职能，精简机构和人员编制，降低行政成本，提高工作效率。同时，配套推行事业单位改革，围绕政企、政事、政社分开，稳步推进事业单位社会化，增强其活力和服务功能。机构编制管理妥善处理改革与发展、控制与调整的关系，严格坚持“凡属机构编制的事一律由机构编制部门一家承办，主管机构编制的领导一支笔审批，机构编制部门一家行文批复”的“三个一”管理制度，切实加强机构编制的管理、监督、检查工作，有力促进高效、廉洁、法治政府建设。
  第一节 机构改革
  一、县级党政机构改革
  1996年6月7日，《安溪县党政机构改革方案》经市委、市政府批准，并组织实施。本次改革，主要是做好“三定”工作，理顺党政机构之间的关系，精简机构和人员，提高办事效率。
  县委机构改革如下：纪律检查委员会机关与监察局合署办公；机要局由县委办公室管理；老干部局由组织部管理；精神文明建设领导小组办公室更名为精神文明建设办公室，由县委宣传部管理；县直属机关工作委员会更名为县直属机关党委会；台湾工作部更名为台湾工作办公室（挂县政府台湾事务办公室牌子）；县委办公室加挂政策研究室牌子；撤销农村工作部（农业委员会），设立县委农村工作领导小组办公室（挂县政府农业办公室牌子），作为议事机构承担原农村工作部职能和原农业委员会部分职能。
  县政府机构改革如下：经济委员会、财贸委员会、商业局合并，组建经济贸易局，加挂技术监督局牌子；经济作物局、茶业委员会合并，组建茶果局；文化局、体育运动委员会合并，组建文化体育局；物资局建制改为经济实体，其行政职能由经济贸易局承担；计划委员会更名为计划局，加挂矿产资源管理办公室牌子；科学技术委员会更名为科学技术局；建设委员会更名为建设局；计划生育委员会更名为计划生育局；乡镇企业管理局更名为乡镇企业局；编制委员会办公室更名为机构编制委员会办公室，与人事局合署办公；对外经济贸易委员会更名为对外经济贸易局；国家保密局、经济体制改革委员会并入县政府办公室，县政府办公室加挂经济体制改革办公室、国家保密局牌子；脱贫致富办公室改为议事协调机构；档案局与档案馆合并，改为县委直属的事业单位，保留档案局牌子；第二轻工业局改为第二轻工业总会，广播电视局改为广播电视事业局，均为正科级事业机构，赋予行业管理职能；信访局（县委信访局）由县政府办公室管理；物价委员会更名为物价局，由计划局管理；侨务办公室加挂外事办公室牌子；财政局加挂国有资产管理局牌子。
  改革后，县级党政机构由55个精简为36个（县委工作机构5个，县政府工作机构31个），精简34.5％。县委、县政府工作机构规格为正科级，部办局管理的机构（除县委老干局和县委精神文明建设办公室保留正科级外）为副科级。是年底，县委、县政府、县群团机关各部门全部完成“三定”工作。
  1997年底，县人大常委会、县政协、县检察院、县法院机构改革方案全部批复到位。同时，全面启动改革，落实“三定”方案。
  2001年11月，成立县机构改革领导小组。2002年1月16日，《安溪县党政机构改革方案》经市委、市政府批准，并组织实施。本次改革，重点是转变政府职能，精简机构和人员编制，规范领导职数管理。
  县委设置工作部门9个：纪律检查委员会机关（监察局与其合署办公）、办公室、组织部、宣传部、统一战线工作部（民族宗教事务局与其合署办公）、政法委员会（社会治安综合治理委员会办公室与其合署办公）、台湾工作办公室（挂县政府台湾事务办公室牌子）、机构编制委员会办公室（加挂政府机构编制办公室、事业单位登记管理局牌子）、县直属机关工作委员会。设置部门管理机构3个：县委老干部局（正科级），由县委组织部管理；县委精神文明建设办公室（正科级），由县委宣传部管理；县委、县政府信访局（副科级），由县委办公室、县政府办公室管理，以县委办公室管理为主。政策研究室、机要局、保密委员会办公室（国家保密局）并入县委办公室，对外挂牌。设置议事协调办事机构1个：县委农村工作领导小组办公室，加挂脱贫致富办公室牌子。
  县政府设置工作部门24个：计划局更名为发展计划局（国防动员委员会经济动员办公室设在发展计划局）；对外经济贸易局更名为对外贸易经济合作局；不再保留经济贸易局、乡镇企业局，重新组建经济贸易局（加挂乡镇企业局牌子）；不再保留农业局、茶果局，组建农业与茶果局；不再保留水利水电局，组建水利局；不再保留建设局，组建规划建设局；不再保留劳动局，组建劳动和社会保障局；不再保留土地管理局、地质矿产局，组建国土资源局；不再保留侨务办公室，组建外事侨务办公室；保留县政府办公室（国防动员委员会支援前线办公室设在县政府办公室）、人事局、公安局、司法局、监察局（与县纪律检查委员会机关合署办公，不占政府机构限额）、教育局、科学技术局、文化体育局（新闻出版、版权管理职能由文化体育局承担）、卫生局、计划生育局、审计局、财政局（国有资产管理职能并入）、林业局、交通局（国防动员委员会交通战备办公室设在交通局）、环境保护局、民政局（老龄工作委员会办公室设在民政局）。设置部门管理机构2个：统计局（副科级），由政府办公室管理；物价局（副科级），由发展计划局管理。设置合署办公机构2个：粮食局与经济贸易局合署办公；组建民族与宗教事务局（正科级），与县委统战部合署办公。设置议事协调办事机构2个：国防动员委员会人民防空办公室；组建安全生产管理委员会办公室，加挂安全生产监督管理局牌子。
  县委、县政府工作部门内设机构统一称股，级别为股级。至7月，县级党政机关“三定”工作全部完成。2002年10月—11月，县检察院、县法院分别按其机构改革方案实施“三定”。2005年11月29日，《安溪县人民政府机构改革方案》经市委、市政府批准，并组织实施。本次改革，主要是合理划分县域经济、社会事务的管理责权，进一步整合行政资源，优化组织结构，理顺关系，完善运行机制，改革行政审批制度，规范市场秩序，优化社区服务，提高行政效率，加快形成行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制。县政府机构除少数略作调整外，总的格局和人员编制保持相对稳定，不作精简。县政府授权县财政局代表国家履行国有资产出资人职责，承担国有资产监督管理职能；县发展计划局更名为县发展和改革局；县计划生育局更名为人口和计划生育局；组建县行政执法局（加挂县行政执法大队牌子），与县政府办公室合署办公；县政府办公室加挂县政府法制办公室牌子；县对外贸易经济合作局承担对外开放和开发区行业管理职能；县卫生局原承担的保健品审批职能划归县食品药品监督管理局。至2006年3月，县政府机构改革完成。
  二、乡（镇）党政机构改革
  1996年6月，乡（镇）党政机构改革启动。本次改革，重点是改进乡（镇）党政机构管理方式，完善行政管理职能，规范机构设置，建立配套的农业社会化服务体系，促进乡村经济和社会事业健康发展。根据中共中央对乡（镇）分类的划分标准，全县24个乡（镇）划分为：一类乡（镇）13个（城厢、蓬莱、金谷、湖头、剑斗、感德、官桥、龙门、虎邱、西坪、龙涓、尚卿、长坑）；二类乡（镇）9个（凤城、参内、魁斗、湖上、蓝田、祥华、桃舟、芦田、大坪）；三类乡（镇）2个（白濑、丰田）。乡（镇）党委、政府的工作机构按乡（镇）分类确定：一类乡（镇）设置综合性办公室6个（党政办、农业办、财经办、社会事务办、乡村建设办、计划生育办）；二类乡（镇）设置综合性办公室5个（党政办、农业办、财经办、社会事务办、计划生育办）；三类乡（镇）设置综合性办公室3个（党政办、财经办、社会事务办）。至1997年6月，乡（镇）党政机构“三定”工作全部完成。
  2002年7月，实施新一轮乡（镇）党政机构改革。本次改革，重点是贯彻《福建省乡镇工作纲要（试行）》，进一步发展与完善农业和农村社会化服务体系，为乡镇企业的发展创造条件；加强农村社会主义民主政治和法制建设，依法行政，规范管理。全县24个乡（镇）划分为一类乡（镇）21个（凤城、城厢、参内、魁斗、蓬莱、金谷、湖头、湖上、剑斗、感德、官桥、龙门、虎邱、大坪、龙涓、西坪、芦田、尚卿、长坑、蓝田、祥华）；二类乡（镇）3个（白濑乡、桃舟乡、福田乡）。一类乡（镇）设置综合性办公室5个〔党政办、财经办、社会事务办（加挂社会治安综合治理办公室牌子）、计划生育办、村镇建设办〕；二类乡（镇）设置综合性办公室4个〔党政办、财经办、社会事务办（加挂社会治安综合治理办公室牌子）、计划生育办〕。至7月底，乡（镇）党政机构“三定”工作全部完成。
  三、事业单位机构改革
  1996年，按照中共中央办公厅、国务院办公厅印发中央编委《关于事业单位机构改革若干问题的意见》，对全县事业单位机构进行调查摸底，做好事业单位机构改革的准备工作。并按照“精简、统一、效能”的原则，清理整合部分事业机构。1998年，实施县广播电视事业局与县广播电台、县有线电视台“局台合一”改革。1999—2000年，贯彻落实《国务院办公厅关于清理整顿经济鉴证社会中介机构的通知》，顺利完成会计师、资产评估、审计师、律师四种事务所脱钩改制工作，改变其与行政机关的隶属关系，成为自立经营的社会中介机构。2004—2007年，继续稳步推进县级事业单位机构改革。先后对县农业与茶果局、县水利局、县林业局、县农机系统的直属事业单位及县畜牧兽医机构进行归并调整，共撤销事业单位机构9个。
  2002年，根据福建省《关于推进事业单位机构改革的意见》和《泉州市乡镇党政机构设置和人员编制配备的实施意见》，进行乡（镇）事业单位机构改革。对乡（镇）农业技术推广站、经营管理站、畜牧兽医站（不含集体所有制部分）、农业机械推广站、水利站、经济作物推广站等进行归并，设立乡（镇）农业服务中心，与林业站合署办公；设立乡（镇）财政所，与财经办合署办公；设立乡（镇）综合行政执法队。乡（镇）文化站更名为文化体育服务中心，乡（镇）土地所更名为国土资源所，乡（镇）计生服务所更名为计生服务中心。保留乡（镇）广电站、林业站及卫生院（集体所有制）。取消农村学区制，其主要职能由农村中心校承担。改革后，每个乡（镇）设置农业、企业、文体、计生4个服务中心和财政所、综合行政执法队，共6个事业单位（凤城镇增设劳动和社会保障事务所，湖头镇增设环卫所，白濑、桃舟、福田3个乡分别增设村镇建设规划站）。2007年8月，每个乡（镇）恢复设立畜牧兽医站。
  至2007年底，全县事业单位845个（所），其中，县直属事业单位159个，乡（镇）事业单位（含垂直管理的国土所、林业站、广电站）241个，各类学校（完中、高级中学、职专、初级中学、小学、特教学校、幼儿园）417所，医疗卫生单位（医院等）28所。
  第二节 编制管理
  一、党政群机关编制管理
  1991年，全县机关行政编制2547人，实有在职人员2636人，其中，县级党政群机关行政编制1206人，实有在职人员1296人；政法机关行政编制461人，实有在职人员437人；乡（镇）机关行政编制880人，实有在职人员903人。
  1992年，按照“控制总量、保证重点、改善结构、提高素质”的要求，加强机关事业单位机构编制管理，冻结党政群机关行政机构编制；控制县级机关新招人员，机关缺编单位补充人员主要从机关内部调剂。通过堵、疏结合，县级机关实有在职人员比1991年减少28人。
  1995年，开展编制工作调研活动。组织工作人员到不同类型的8个乡（镇）、25个县直机关、12个事业单位，对其工作职能、人员编制、内设机构等情况进行调查研究，形成职能转变、编制人员状况、机构改革意见三方面综合材料，并结合实际，草拟8个机构改革的配套文件，对“三定”工作、人员分流、经济实体转制管理、二级机构管理、科级领导职数设置等问题作出规定，为机构改革定编定岗和人员分流打好基础。1996年，县党政机构改革，核定县级党政群机关（不含政法系统）行政编制750人，比1991年减少37.81％；乡（镇）机关行政编制909人，比1991年增加3.3％。
  1998年，贯彻省委办公厅、省政府办公厅《关于严肃机构编制纪律，加强机构编制管理的通知》精神，严格机构编制审批程序，实行机构编制“三个一”管理制度。全县党政群机关实有在职人员1695人，比1997年减少23人。
  1999年，全县党政群机关和事业单位实行人员编制结构管理和增减人员核编制度。县委编办完善与县委组织部、县人事局、县财政局等部门的协调配合制约机制，只有在机构编制部门同意设立的机构和核批的编制、领导职数范围内，组织（人事）部门才配备人员和核定工资，财政部门才列入政府预算核拨经费。县委编办牵头对全县机关事业单位临时自聘人员和在编不在岗人员进行全面清理，共清退2253人（县机关及直属事业单位127人、乡镇机关及直属事业单位216人、教育系统1654人、卫生系统256人），减轻县、乡（镇）财政负担。2000年，建立和完善机关事业单位国库统一支付工资制度，办理国库支付工资，需先经县委编办核准，国库才予支付。
  2002年，县乡（镇）党政机构改革，分流在编在职人员244人（县党政机关126人、乡镇机关118人）。2003年，建立核编数据库，实行党政机关、事业单位核编微机动态管理，完善机构编制管理与财政预算管理相互配套协调的约束机制。县委编办认真把握编制限额、人员结构及流向，控制人员盲目增长，减轻财政负担。中央编办主办的《中国机构》（福建机构编制2003卷）以《抓改革、严管理、减财负、促发展》为题，介绍县委编办探索机构编制管理的做法。
  2005—2006年，贯彻中央编办《关于严格控制乡镇机构和人员编制的通知》精神，对现有乡（镇）机关、事业单位的编制进行核实、冻结，5年内财政供养人员只减不增。
  2007年，全县机关行政编制2020人，实有在职人员1890人，空编161人，其中，县级党政群机关行政编制514人（不含动植物检疫检验2人），机关事业编制46人，实有在职人员562人，超编2人；政法机关专项编制763人（含县公证7人），实有在职人员692人，空编64人；乡（镇）机关行政编制745人，实有在职人员636人，空编109人。全县机关工勤人员事业编制181人，实有122人，空编59人。全县机关、事业单位机构数、编制数、在职人数占全省比重均大幅度低于主要社会经济指标比重。财政供养人员与总人口比例为64（人口）∶1（财政供养人员，不含离、退休人员）。其中，财政供养行政人员与总人口比例为564（人口）∶1（行政人员）。
  二、事业单位编制管理
  1991年，全县事业单位机构970个，编制10752人，实有在职人员8985人，其中，党群部门编制42人，实有27人；监督检查部门编制54人，实有33人；综合部门编制141人，实有130人；农林水部门编制824人，实有720人；工交部门编制46人，实有35人；贸易部门编制5人，实有1人；文教卫生部门编制9521人，实有7916人；其他部门编制119人，实有123人。1992年，严格控制事业单位编制，除社会发展和经济建设急需外，实行冻结。1999年，县委编办会同县财政局、教育局，对142所各类中（职专）、小学和公办幼儿园班数、生数及在职人员进行核查核定，较好地刹住冒报、虚报编制的不正之风；并核实1999—2000学年度全县中小学、幼儿园教职员工编制12506人，比上学年度减少1784人，为县财政减负近千万元。
  2000年，重新核定全县医院（卫生院）人员编制2164人，收回事业编制151人。是年起，对教育系统、卫生系统全面实行核编制度。教育、卫生系统要招聘补充人员及校际、院际之间人员流动须报县委编办核准。2001年，调整县教育局直属事业单位机构、编制，重新核定事业编制45人，精简25％。2002年，全县中小学、幼儿园教职员工编制变以班定编为以生定编的办法，核定2002—2003学年度教职员工编制11681人，比上学年度减少629人。实施《福建省乡镇工作纲要（试行）》，对全县乡（镇）直属事业单位进行归并，人员编制减至1010人，精简13.5％。2003年，对县直事业单位进行清理整顿。2004年，配合农村税费改革，对乡（镇）农业、企业服务中心、综合行政执法队、林业站等事业编制再次进行精简，人员编制减至895名（含垂直管理的国土所、林业站、广电站），精简11.4％。2005—2006年，根据省政府办公厅转发的省水利工程管理体制改革实施方案，对县澳江渠、三英渠管理体制进行理顺，使其成为财政全额拨款的纯公益性事业单位。
  2007年底，全县事业单位编制13186人，实有在职人员13934人，其中，县直事业单位编制1504人，实有在职人员1165人；乡（镇）直属事业单位编制895人（含垂直管理的国土所、林业站、广电站），实有在职人员635人；教育系统编制8638人，实有在职人员10683人；医疗卫生单位编制2149人，实有在职人员1451人。
  第三节 事业单位法人登记管理
  1997年，县编办根据《福建省事业单位登记管理暂行规定》，首次对全县934个事业单位进行法人登记、发证，其中，法人单位587个、非法人单位347个，登记、发证率均为100％，为事业单位参与社会经济服务活动提供“身份证”。2000年，县事业单位登记管理局完成1997年后全县办理登记的929个事业单位年检工作。县委编办被省委编办评为“全省事业单位登记工作先进单位”。2001年，根据国务院《事业单位登记管理暂行条例》，开展事业单位重新登记换证工作。全县有946个事业单位换发全国统一的《事业单位法人证书》。2002年，对国家统一登记换证的事业单位首次进行年检，参检946个，年检率100％。2007年12月，全县登记发证事业单位共有845个。
  第四节 机构
  1991年，安溪县编制委员会办公室（简称县编委办，正科级），与县人事局合署办公。1996年，安溪县编制委员会更名为安溪县机构编制委员会，其办公室也更名为安溪县机构编制委员会办公室，仍与县人事局合署办公。1998年5月，安溪县机构编制委员会更名为中共安溪县委机构编制委员会，下设办公室（简称县委编办），加挂县政府机构编制管理办公室牌子，挂靠县人事局，内设综合股，机关事业编制股，编制4人。2000年12月12日，安溪县事业单位登记中心成立，为县委编办直属事业单位，在登记管理活动中使用安溪县事业单位登记管理局牌子，编制3人。2002年，全县党政机构改革，县委编办机构、编制单列，加挂县政府机构编制办公室、县事业单位登记管理局牌子，列入县委机构序列。至2007年，县委编办机构和事业编制没变，行政编制5人。