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1991—1993年，县检察院经济检察科加大贪污贿赂犯罪大案、要案查办力度。受理经济犯罪案件92件，立案侦查64件86人，移送审查起诉35件46人，免诉16件20人，为国家和集体挽回损失150万元。
  1994—1995年，重点查办“三机关一部门”（党政机关、司法机关、行政执法机关和经济管理部门）和群众反映强烈的房地产、旧城改造、工程建设、土地审批等方面犯罪案件。立案28件28人。其中，查办党政机关领导干部19人，正科级干部4人，副科级干部11人；查办司法工作人员2人，查办经济管理部门人员11人，为国家和集体挽回经济损失180万元。
  1996—1997年，新修订的《刑法》《刑事诉讼法》实施后，涉税及侵犯知识产权等案件依法由公安机关立案侦察，不再由检察机关侦察。其间，经检反贪工作查办万元以上经济犯罪大案和窝串案有新的突破，办理经济犯罪案件59件68人，其中，贪污贿赂案件56件61人，为国家和集体挽回经济损失220万元。
  1998年，新成立的反贪污贿赂局认真学习、执行新修订的《刑法》《刑事诉讼法》，进一步转变执法观念，加大办案力度。至1999年，立案侦查经济犯罪案件37件42人，为国家和集体挽回直接经济损失800万元。特别是在查办国有企业、事业单位等工作人员经济犯罪案件中取得新的突破，如剑斗电厂厂长徐某德等人截留国有资产226万元，私分国有资产127万元，单位受贿56万元，个人贪污69780元，立案4件4人。该案涉及的3个罪名中有2个（私分国有资产罪、单位受贿罪）是《刑法》修订后的新罪名，对此，福建电视台经济生活频道“法制经纬”栏目作了专题报道。
  2000—2002年，开展“追逃”专项行动和“双清一查”工作。立案侦查经济犯罪案件30件31人。对5名在逃贪污贿赂犯罪嫌疑人开展搜捕行动，抓获1人，投案自首3人。清理查办职务犯罪中积压线索10件，久侦不结案件2件2人，审查撤案1件1人。
  2003—2005年，经检反贪着重从重点行业、重点领域及农村基层干部腐败问题入手。受理经济犯罪案件线索102条，立案侦查经济犯罪案件34件42人，侦结后提起公诉38人，不起诉4人。其间，投入15万元，建立警务区、特审室，为查办案件创造良好办公条件和执法环境。
  2006—2007年，贯彻中共中央《建立健全教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体系实施纲要》精神，加大对窝串案尤其是行业系统性职务犯罪窝串案的查处力度。查办职务犯罪窝串案8件11人，打击和预防商业贿赂职务犯罪，查处商业贿赂案6件7人。在看守所设置检察专用审讯室等保障性设施，实施首次讯问犯罪嫌疑人12小时全程同步录音录像。