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安溪县生物资源丰富。1991—2007年，全县已知的维管束植物（也称高等植物）达152科496属939种，其中，蕨类植物29科44属68种，裸子植物7科8属9种，被子植物116科444属862种（苔藓、真菌类未作调查）；森林动物24目69科283种，其中，兽类7目18科38种，鸟类13目34科155种，两栖爬行类4目16科65种（鱼类未作调查），昆虫类14目42科110余种。全县坚持合理开发利用生物资源、，据不完全统计，总产值3.27亿元。同时，采取科学措施管护生物资源，保护珍稀濒危野生动植物，着力建设云中山省级自然保护区和县级自然保护小区，总保护面积6708.4公顷，有效保护生物资源。
  第一节 生物资源
  一、森林植物
  安溪县森林植物类型比较多样、复杂。全县森林植物自北向南由暖温带阔叶林向中亚热带常绿阔叶林过渡，暖温带与亚热带植物区系成分互相渗透，大致可划分为两大地带植被，即东南部的南亚热带雨林，西北部的常绿阔叶林（照叶林）。1991—2007年，常见森林乔木树种主要有：
  暖性针叶树种 主要有马尾松、杉木。马尾松资源丰富，其天然林主要分布在祥华、长坑、福田、龙门、尚卿、蓬莱、感德等乡（镇）。杉木资源较为丰富，其人工林主要分布于龙涓、福田、桃舟、感德、祥华、西坪、剑斗、白濑等乡（镇）。
  常绿阔叶树种 主要有南岭栲、闽粤栲、罗浮栲、丝栗栲、细柄阿丁枫、秋枫（加冬）、樟树、檫树、水青冈、红豆树、假蚊母树、木荷、青冈栎（加曾）、细叶青冈、福建青冈、甜槠、米槠、大叶槠、榄叶石栎、少叶黄杞、沉水樟、细叶香桂、浙江桂、红楠、紫楠、椤木石楠、南酸枣、乳源木莲、拟赤杨、鹅掌柴（江母）、山牡荆（乌甜）等。
  落叶阔叶树种 主要有枫香、柿树、大叶桉、柠檬桉、巨尾桉、银合欢、南洋楹、凤凰木等。
  竹类 主要有毛竹、绿竹、麻竹、刺竹、苦竹、刚竹、青皮竹、箬竹、茶杆竹、桂竹、福建酸竹等。
  野生 半野生果树 主要有毛花猕猴（俗称毛桃）、京梨（俗称扁担锥）、草莓、桃金娘、乌饭、南酸枣枳椇（拐枣）、杨梅金樱子、山莓米锥、薜荔等。
  药用植物椎动物主要有：
  兽类 主要有小麂（山獐）、豪猪、黄鼬、豹猫（石虎）、华南兔（野兔）、苏门羚（山羊）、水獭、穿山甲等。
  鸟类 主要有山斑鸠、金腰燕、家燕、白头鹎、八哥、黑领椋鸟、啄木鸟、鹊句鸟、白胸苦恶鸟、白鹡鸰、矶鹬、白鹭、鸢（老鹰）、草鸮（猫头鹰）、戴胜（布谷鸟）、白鹇、白胸翡翠、中华鹧鸪、鹦鹉、黄鹂等。
  两栖类 主要有棘胸蛙、虎纹蛙、泽蛙、蟾蜍、东方蝾螈（四脚鱼）等。
  爬行类 主要有蟒蛇（锦蛇）、眼镜蛇、金环蛇、银环蛇、竹叶青、石龙子（土地公蛇）、蓝尾石龙子、黑眉锦蛇、草游蛇、山烙铁头（松柏根蛇）、壁虎、黄喉水龟、眼斑水龟、大头平胸龟、中华鳖等。
  药用动物 主要有龟、鳖、穿山甲、蟾蜍、金环蛇、银环蛇、豪猪等。
  三、水生生物
  淡水鱼类 常见的有草鱼、鲢鱼、鲫鱼、鲶鱼、鳗鲡、黄鳝等。
  其他水生动物 甲壳类有蟹、虾；腹足类有田螺；瓣腮类有河蚌、蚬、蛤。
  水生植物 食用类的有茭白、莲藕；饲料与肥料类的有凤眼莲（水葫芦）、薸（水浮莲）、细绿萍等。
  四、珍稀生物
  珍稀野生动物 根据《国家重点保护野生动物名录》，安溪县列入国家一级重点保护野生动物有云豹、黑麂、蟒、鼋、黄腹角雉等5种，二级重点保护动物有小灵猫、金猫、豺、苏门羚、鸳鸯、松雀鹰、鸢、赤腹鹰、蛇雕、小隼、白鹇、小鸦鹃、褐翅鸦鹃、草号鸟、领鸺留鸟、虎纹蛙等30种。根据《福建省重点保护野生动物名录》，安溪县有黄腹鼬、黄鼬、食蟹蒙、豹猫、毛冠鹿、棕鼯鼠、小鹏鷉、白鹭、白额山鹧鸪、火斑鸠、赤翡翠、大拟啄木鸟、金腰燕、毛脚燕、黑枕黄鹂、滑鼠蛇、眼镜王蛇等18种。
  珍稀野生植物 根据1984年国家环境保护委员会第一批公布的《国家重点保护植物名录》，安溪县列入国家一级保护野生植物的有南方红豆杉、银杏等2种，二级保护植物有刺桫椤（树蕨）、福建桫椤、金毛狗、福建柏、樟、浙江楠、花榈木、红豆树等8种。根据福建省公布的省重点保护植物，安溪县有油杉、穗花杉、短萼黄连、沉水樟、倒卵叶青冈、福建青冈、乌冈栎、乐东拟单性木兰、梨茶、白桂木、福建悬钩子、多毛羊奶子、金豆、扁担藤、华南桂、浙江桂、红楠、刨花润楠、短柱树参、花皮胶藤等20种。
  第二节 开发利用
  1991年后，安溪重视生物资源的开发利用。至2007年，全县累计生产商品木材4.81万立方米，锯材2.73万立方米，产值1.48亿元；毛竹1484万根，产值1.19亿元。全县木竹综合加工企业（个体工商户）167家（户）。利用竹籐编制工艺品，成为全县大宗出口产品之一。林副产品以香菇、笋干、蕨菜、红菇、金线莲为主，产值约5960万元。植物类和动物类中药材由民间自采自用，或上市销售，或由医药公司收购。
  第三节 生物多样性保护工程
  一、综合保护
  1991年后，安溪于每年4月和10月，分别开展“爱鸟周”和“野生动物保护宣传周”活动。县林业执法部门会同县工商、农业等有关部门联合开展保护野生动物执法检查，严厉打击破坏野生动物违法行为。1992年，全县24个林业站加挂野生动植物保护管理站牌子。1995年6月，开展生物多样性调查，编制《安溪县生物多样性保护工程规划》，保护工程重点项目包括建立1个省级自然保护区、17个自然保护小区、148个名木古树保护点，实施对35种珍稀濒危野生动物（国家一、二级）和10种珍稀濒危植物（国家一、二级）的重点保护，总保护林地面积7810公顷。
  二、名木古树保护
  1997年11月，执行县政府《关于建立自然保护小区和实施名木古树挂牌保护的通知》，对下列26株古树实施挂牌保护：古榕4株，古杉7株，古樟2株，古柳杉10株，古银杏1株，桂花1株，罗汉松1株。
  1999年10月，执行县政府《关于对125株名木古树实施挂牌保护的通知》，对下列名木古树实施挂牌保护：臭椿4株，枫香5株，铁观音茶树2株，栲树5株，苦槠1株，柳杉11株，龙眼1株，马尾松18株，米槠3株，木荷3株，木棉2株，南方红豆杉3株，青冈栎2株，榕树43株，杉木5株，石楠1株，酸枣1株，圆柏1株，樟树13株，重阳木1株。
  2006年4月，执行县政府《关于对第二批164株名木古树实施挂牌保护的通知》，对下列名木古树实施挂牌保护：阿丁枫1株，枫香2株，红椿1株，荔枝25株，龙眼1株，罗汉松1株，马尾松10株，芒果10株，南方红豆杉3株，秋枫2株，榕树97株，山杜英4株，杉木1株，樟树6株。古树树龄最高的是蓝田乡的古银杏，达1820年；名木最驰名的为清水岩的“枝枝朝北”樟树。据《清水岩志》记载，此树系清水祖师所植，树龄920年，树高31米，胸围6.9米，其主干劲拔，而枝叶都向北伸展，构成“枝枝朝北”奇观，因此得名。
  第四节 自然保护区
  一、云中山省级自然保护区
  位于福田、桃舟、感德3乡（镇）交界处，地处晋江和九龙江流域源头，总面积3986.4公顷，其中，核心区1381公顷，实验区1091.6公顷，缓冲区1513.8公顷。2001年10月8日，经省政府闽政〔2001〕文255号批准建立。2005年8月，县云中山省级自然保护区管理处（副科级建制）成立，编制5人，并聘请护林员15人。
  地貌特征 云中山是戴云山脉东南的延伸，主峰太华尖海拔1600米，是安溪县第一高峰，山脉总体自西北向东南倾斜，至本区低处福前农场后狮坂水口海拔270米，相对高差1330米，与太华尖连绵并列海拔1400米以上的山峰有5座，形成安溪县西北部最高山带，地质构造为政和—大沛断裂带和长乐南沃断裂带之间，系福建省东部新华夏系火山岩基地隆起带，全境多为中生代火山岩和燕山期花岗岩。地貌类型以中山为主，地势突兀，地形复杂，重峦叠嶂，以主峰太华尖为主山脉。北部聚雨汇入晋江，是晋江源头之一；南部聚雨经洛溪汇入九龙江，成为九龙江源头之一。该区是安溪县西北部重要水源涵养区。
  气候特点 云中山自然保护区属中亚热带季风气候，温暖湿润，雨量充沛，四季分明，早晚温差大，具有典型的多雾高温登山地气候特征。年平均气温19.9℃，年日照数1884.1小时，年平均降水量1619.2毫米，全年无霜期295天，年平均相对湿度79％—83％。
  动物资源 保护区内有陆生野生动物25目69科283种，其中，兽类7目19科38种，鸟类13目34科155种，爬行类5目16科65种，昆虫类14目40科110余种。列入国家一级保护动物有云豹等5种，二级保护动物有穿山甲、小灵猫、黑熊、苏门羚等35种；省重点保护动物19种。
  植物资源按《福建植被》的划分方法，保护区内主要植物资源有山地常绿阔叶林、落叶阔叶林常绿针叶阔混交林、常绿针叶林、竹林、灌丛等植被类型及丝栗栲林等20个群系。植物资源有维管束植物152科496属939种，其中，蕨类植物29科44属68种，裸子植物7科8属9种，被子植物116科444属862种。列入国家一级保护的植物有南方红豆杉，二级保护的有刺桫椤、福建桫椤等8种；列入省重点保护植物有19种及兰科植物。珍稀濒危植物有28种。
  自然景观 有大坑峡谷、太华岩遗址、太华尖、五湖十八窟、龙潭坂、格口温泉、格口阔叶林等。
  二、自然保护小区
  1996—2007年，安溪县先后在10个乡（镇）建立县级自然保护小区12个，总面积2722公顷。