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2003年，县政府提出把生态环境保护和建设与经济发展相结合，统一规划，加强环境监管，防止生态功能退化。2004—2005年，县环保局协助林业部门建设自然保护区，清理整顿自然保护区内各种破坏自然资源和生态环境的开发建设活动。对铁路、省道、晋江西溪干流两侧禁采区“青山挂白”进行专项治理，坚持“谁污染谁治理、谁开发谁保护”的原则，落实矿山生态环境恢复治理保证金制度，在官桥、龙门、剑斗、感德、湖上、尚卿等乡（镇），开展以开采花岗岩、石灰石、铁矿石为重点的专项治理活动，取缔和关闭规模小、效益差、环境破坏严重的采矿点，恢复矿山生态环境。开展“创建国家环保模范城市”活动，实施“碧水”“蓝天”等六大工程建设。开展创建“生态示范乡镇”活动，蓬莱、大坪、福田、桃舟等乡（镇）先后通过市级生态示范乡（镇）验收。清水岩旅游风景区、安溪闽华电池有限公司分别于2004年和2005年获得ISO14000认证。
  2006年，县政府启动建设1.33万公顷生态茶园工程，县环保、农业、林业、水土保持联合开展生态茶园建设专项检查，严厉查处毁林种茶行为，恢复生态平衡。8月，县第十四届人大常委会第二十次会议通过《关于切实做好“晋江源”生态环境保护工作的决议》。县政府启动实施“晋江源”保护工程，制定《晋江西溪流域两侧一重山水源涵养林和生态公益林保护规划项目建设实施方案》，确定在晋江西溪、蓝溪上游流域两侧一重山建设水源涵养林和生态公益林，提高水源涵养能力。2007年，全面落实“显山、露水、增绿、加亮、改造、拓展、配套、人文、品位”九大举措，推进城区园林绿化建设，城区绿化覆盖率38.23％，人均公共绿地面积11.54平方米。