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正源是万安溪，发源于玳瑁山中心地带的连城曲溪乡黄胜村。其支流有小池溪、小溪、雁石溪、丰城溪、新桥溪、宁洋河、新安溪、溪南河、坑子口溪、至溪、赤溪、西江溪、温水溪、仙溪、南房溪、坪溪、竹溪、林墩溪、龙津溪、马洋溪。北溪干流长度274千米，流域面积9640平方千米。北溪河谷形态和地质特点是：中上游（华安以上）岩层种类比较复杂，有砂岩、页岩、石灰岩、花岗岩、流纹岩等。河谷盆地和峡谷相间，如龙岩市区盆地，漳平市区盆地、华安县城盆地和新桥镇盆地等。华安以下至河口则以花岗岩占优势，磹口以下已进入下游河段，河谷逐渐开阔，河岸也渐低，河流的堆积作用也逐渐加强。到了浦南（距出口约43千米）一带，开始进入全省最大的平原——漳州平原，这里堆积占绝对优势。到漳州盆地东南边缘的江东桥一带，河谷形态变狭窄，宽度不到200米，出峡谷后与西溪相汇，注入厦门港。九龙江出口处为溺谷型河口，江面宽阔。