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保护区范围包括大屿岛、鸡屿岛全部陆域和滩涂，保护对象包括岩鹭、中华白鹭（黄嘴白鹭）、大白鹭、中白鹭和小白鹭等及其赖以生息的环境。厦门市环境保护局负责保护区的综合管理工作，主要职能是贯彻执行相关的法律、法规，开展宣传工作；拟定保护规划，实施建设；组织监测，进行科学研究和考察；依法查处违法违规；表彰奖励保护有功人员。1995年11月，厦门市第十届人大常委会第十九次会议通过该保护区的管理办法，定为市级保护区。