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1998年，名为宁德地区人事局，承袭1997年机构设置。2000年11月，宁德地区撤地设市，改称宁德市人事局。2002年机构改革，内设办公室、军队转业干部安置工作领导小组办公室、引进海外智力领导小组办公室、专业技术人员管理科、公务员管理科、考核奖惩培训科、调配科、工资福利计划科、退休干部管理科。2003年11月，市人事争议仲栽委员会办公室挂靠市人事局。至2005年不变。 直属事业单位：宁德市人才服务中心、宁德市毕业生就业指导中心（与宁德市人才服务工程合署办公）、宁德市军队干部培训中也、宁德市人事考试中心、宁德市机关事业单位工人考核管理中心（与宁德市人事考试工程合署办公）。2004年10月，设立宁德市人事信息中心，宁德市机关事业单位工人考核管理中心改为单独设置。2005年11月，成立宁德市自主择业军队转业干部管理中心。 2005年，宁德市人事系统有干部197名，其中市人事局33名。