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1998年底，人民银行管理体制改革，福建省银行业同业协会挂靠人行福州中支。2003年，福建银监局作为银监会在福建辖区的派出机构，根据授权依法对协会进行指导和监督。2005年1月，根据银监会《银行业协会工作指引》“关于地方性银行业自律组织名称应统一”的规定，协会更名为福建省银行业协会，并设立独立的办事机构。该协会为单位会员制，至2005年已有20家会员单位，包括省内各银行机构和资产管理公司、邮政储汇局、银联福州分公司。协会设理事会和监事会，并设立法律工作委员会、储蓄专业协调委员会、银行卡专业协调委员会和信用环境等级评定办公室等4个专业委员会。会长由理事会在理事中选举产生。秘书处为协会日常办事机构，内设办公室、自律维权部、教育培训部等3个部门，秘书处有工作人员5人。地址在福州市五四路136号。协会主要任务是：促进会员的自律管理，加强会员之间的协作和联系，维护会员共同利益，协调会员之间各项关系，维护公平竞争环境。