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2003年，省人事厅与财政厅联合下发《关于深化我省事业单位内部收入分配制度改革的指导意见》，正式启动全省事业单位内部收入分配制度改革。改革的主要内容包括方面。
  事业单位工资总量由政府调控，实行动态管理制度。事业单位根据肖身工作性质和经费来源，经同级政府人事、财政部门审核批准，分别实行岗位工资制、项目工资制、协议
  工资制、结构工资制、年薪制等多种工资分配制度。
  这些分配方式，各单位根据实际情况，有选择地采用。
  在事业单位收入分配制度改革中，鼓励事业单位在实践中积极探索生产要素参与分配，逐步完善按劳分配为主体、多种分配方式并存的分配制度。
  高等院校、科研机构及其科技人员采取多种方式转化高新技术成果，创办高新技术企业。高新技术成果向企业出资入股的，所占注册资本的比例可达35％。高新技术成果出资入股，填补省内技术空白，经省级科技主管部门认定后，出资比例可适当放宽到40％；参股民营企业的，可占到注册资本的50％。
  高等院校、科研机构所持有的非专利科技成果在完成后一年未实施转化的，在不变更职务科技成果权属的前提下，科技成果完成人可与单位签订协议进行该成果的转化，双方均享有协议约定的权益。
  对多人组成的课题组完成的职务成果，仅部分成果完成人实施转化的，单位在同其签订成果转化协议时，通过奖励或适当的利益补偿方式保障其他完成人的利益。
  事业单位独立研究开发或者合作研究开发的科技成果转化取得经济效益的，可连续3～5年提取不低于10％的净收入，用于对作出重要贡献人员的奖励与报酬。
  事业单位转让其职务科技成果的，单位可UA提取不低于25％的净收入，用于对作出重要贡献人员的奖励与报酬。
  上述从事研究开发和成果转化的主要完成人，所得奖励份额和报酬应当不低于总额的50％。
  实行人员竞争上岗的事业单位，科技人员离岗创办高新技术企业或到企业转化科技成果，允许离岗人员在单位规定的期限内，回原单位竞争上岗，保障重新上岗者享有与连续
  工作人员同等的福利和待遇。
  对仍不具备改制条件的企业化管理事业单位可试行职工内部“参股”、年终分红的做法。
  事业单位工作人员在完成本职工作、不损害本单位利益的前提下，可以利用业余时间到外单位兼职、领办科技企业或从事科技服务，取得报酬。利用单位资料、设备的应交纳一定的使用费，具体标准由单位和兼职人员商定。个人在与单位协商获准后，以单位的技术进行技术服务、技术承包、技术入股等形式取得的收入，根据与单位的有关协议确定各自的分配比例。
  不同行业、单位的生产要素参与分配的途径各不相同，其实现方法和途径也不断创新。各单位从实际情况出发，探索符合各单位特点、行之有效的分配形式。
  2004年，按照“脱钩、分类、放权、搞活”的思路，扩大事业单位内部收入分配自主权，逐步建立国家宏观指导、单位自主分配、体现各类事业单位特点的工资分配制度。在事业单位推广岗位工资制、项目（课题）工资制、协议工资制、结构工资制、年薪制、系数分配法、量化计分法和定档增减法等分配方式与途径，开展工资分配制度改革试点。福州大学等省属高校和省卫生学校等部分大中专学校推行按岗定酬，重贡献、重业绩，搞活内部分配。上半年，三明市有74个事业单位（其中市直37个）开展搞活内部分配制度改革，涉及人员6000多人。按照福利透明化、货币化、工资化的方向，鼓励和指导部分经济较发达的市、县（区）建立统一的岗位津贴制度。同时，探索生产要素参与分配，以按劳分配为主、多种分配方式并存。不定期开展工资政策兑现专项检查，建立工资发放行政首长负责制和工资发放动态监督制度。对欠发工资的县（市、区），定期予以通报，确保机关事业单位工作人员工资按时足额发放。
  是年，全省有600家事业单位先后开展内部收入分配试点，主要集中在高等院校、中小学、医院、科研院所，以及林业、公路系统的事业单位。同时，实施省直在榕机关事业单位津贴补贴“同城待遇”。
  2005年，先后开展不同形式的分配制度改革的试点单位有520个，其中，福州市13个、厦门市308个（教育系统256个、卫生系统37个，企业化管理事业单位15个）、漳州市5个、泉州市10个、莆田市5个、三明市80个（其中市直单位43个）、南平市69个、龙岩市30个。分配改革，主要工资制有：以岗位工资制为主体的结构工资制、以岗定薪、
  工资总额包干制、绩效工资制、津贴重组分配制、主要负责人的年薪制和招聘人员的协议工资制。