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根据《福建省物资流通行业协会章程》的规定，协会设会员代表大会、理事会、常务理事会，日常办事机构为秘书处。
  会员代表大会。是协会的最高权力机构，其职权主要是：制定和修改章程；选举和罢免理事；审议理事会的工作报告和财务报告；决定终止事宜以及其他重大事宜。会员代表大会须有2/3以上的会员代表出席方能召开，其决议须到会会员代表半数以上表决通过方能生效。会员代表大会每届3年。1997年4月16日召开第一次会员代表大会，选举产生了一届理事会。1999年3月23日召开第二次会员代表大会，对协会章程进行了修改，选举陈永庭为常务副会长。
  理事会。是会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导协会开展日常工作，对会员代表大会负责，其职权主要有：执行会员代表大会的决议；选举和罢免会长、副会长、秘书长；筹备召开会员代表大会；向会员代表大会报告工作和财务状况；决定会员的吸收或除名；决定设立办事机构、分支机构、代表机构和实体机构；决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；领导协会各机构开展工作；决定内部管理制度；决定其他重大事项。理事会须有2/3以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事2/3以上表决通过方能生效。理事会每年至少召开一次。1997年4月16日召开会员代表大会选举产生了94名理事，1999年3月增补了3名理事。
  常务理事会。由理事会选举产生，在理事会闭会期间行使理事会的部分职权，对理事会负责。常务理事会须有2/3以上常务理事出席方能召开，其决议须经到会常务理事2/3以上表决通过方能生效。常务理事至少半年召开会议一次。1997年4月第一次理事会选举产生了43名常务理事，1999年3月增补了2名常务理事。
  秘书处。是协会的常设办事机构。秘书处主要职责是：按照社团管理规定和协会宗旨，开展经常性的业务活动；承上启下，沟通情况，总结、交流经验，负责表彰先进的具体事宜；编辑出版会刊，撰写会议材料和工作总结报告；管理协会经费的日常开支，向理事会提出年度经费预决算报告。1997年4月第一次理事会选举曹遗生为秘书长，1999年3月曹遗生不再担任秘书长，选举王榕为秘书长。