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（一）省司法厅
  1995—2000年，省司法厅下设办公室、厅直机关党委、监察室、政治处、计划财务处、政策研究室、法制宣传处、教育处、律师管理处、公证管理处、基层工作处等处（室）。根据上级的要求和司法行政工作发展需要，省司法厅具体有以下职责：贯彻执行国家司法行政工作方针政策和法律法规，制定并组织实施全省司法行政工作的中长期规划和年度工作计划；指导管理省监狱管理局和全省监狱工作；管理全省劳动教养工作；负责依法治省领导小组办公室日常工作，指导、协调和督促全省各地市、各行业依法治理工作；主管全省法制宣传教育和普及法律常识工作，制定并组织实施全省法制宣传普及法律常识规划，负责省普法办公室日常工作；指导、管理、监督全省法律服务市场；负责全省仲裁机构的登记工作；指导、管理全省“148”法律服务工作；指导、监督全省律师工作；指导、监督全省公证工作；管理全省法律援助工作；指导、监督人民调解工作、基层司法助理员以及基层法律服务所工作；组织、指导、协调全省刑释解教人员安置帮教工作，负责省刑释解教人员安置帮教工作领导小组办公室日常工作；参与地方法规的起草、论证工作；负责全省司法行政复议和应诉工作；组织、指导全省法学教育和法学理论研究工作，制定并组织实施全省法学教育规划，管理指导直属院校工作；管理省法学会，指导全省法学专业社团工作；指导、管理、监督全省司法行政系统的计划财务及枪支、弹药、服装、车辆等物资装备工作；指导全省司法行政系统的队伍建设和思想政治工作；管理厅机关和直属单位的人事工作；协助地（市）管理司法局领导干部；指导管理全省司法行政系统的警务和警衔评授工作，指导管理监狱、劳教工作人民警察队伍的内务管理工作；指导全省司法行政外事工作。
  2000—2005年，厅内部机构和职能进行了调整。司法厅机关下设办公室、监察室、计划财务装备处、法制宣传处、法规教育处、律师管理处、公证管理处、基层工作处、政治部、机关党委。其主要职责：
  办公室：负责厅机关重大政务活动协调实施和检查落实；审核研究拟订全省司法行政工作发展战略和中长期规划、年度计划；负责综合性文件报告的起草审核；负责督查、信息、文秘、信访、统计、保密、文印及文书档案管理工作；负责协调司法外事工作；掌握全省执行刑罚、改造罪犯工作和劳教工作中的重大情况；指导全省司法行政信息技术网络技术建设。
  计划财务装备处：管理厅机关的财务，负责厅直属单位财务的年度预算和分配工作，指导和监督厅直属单位的财务工作；管理全省司法行政系统干警被装、车辆、枪支和弹药的计划和调拨工作；负责厅机关车辆管理及调度、安全保卫、资产管理、基本建设、接待等行政事务。
  法制宣传处：负责全省的法制宣传工作，具体承办省普法领导小组办公室日常工作，制定全省普法规划并组织实施；参与组织指导协调督促全省依法治理工作，具体承办省依法治省领导小组办公室日常工作；指导各地各行业依法治理工作。
  法规教育处：负责全省司法行政法制建设和厅机关行政复议与应诉工作；指导全省面向社会服务的司法鉴定工作；受省人大和省政府的委托，参与地方法规的起草、论证、修改工作；组织和指导法学理论，司法领域人权问题以及涉港、澳、台有关法规的研究工作；综合协调社会法律服务市场管理工作；负责全省仲裁登记。
  律师管理处：组织指导全省律师资格统考及律师资格的授予、撤销及审批工作；负责全省律师事务所的设立审核、律师执业证颁发、执业监督检查和奖惩工作，监督全省律师机构在省内设立的国外、境外律师机构和涉外及涉港、澳、台的律师事务；接受并处理对律师违反纪律、违反职业道德的控告，指导、监督政府和企事业单位的法律顾问工作。
  公证管理处：组织指导全省公证员资格统考及公证员资格的授予、撤销及审批工作；指导管理公证机构设置和审核，监督公证业务活动，管理监督涉外及涉港、澳、台的公证业务。
  基层工作处：指导基层司法行政机关管理基层司法助理员、法律服务和人民调解工作；指导全省刑满释放和期满解教人员的安置帮教工作，具体承办省安置帮教办公室日常事务；参与社会治安综合治理。
  政治部：指导全省司法行政系统队伍建设、干部教育、宣传和思想政治工作；指导地市司法行政机关的人事管理工作，对协管干部进行考核并提出任免、交流意见；指导省监狱管理局、厅劳教局干警队伍的警种建设；负责全省司法行政系统人民警察警衔的评定授予、晋级、降级、保留、取消和警衔晋级培训工作；负责厅机关及直属单位的机构编制人事管理工作；负责省监狱管理局及其下属单位的重大事务管理，负责律师、公证等专业技术职务评审工作和宏观管理；负责推行国家公务员制度工作，研究指导干部、人事制度改革；管理厅机关及直属单位离退休干部工作处。
  （二）市、县（市、区）司法行政机构
  1.设区市司法局
  1995—2000年，9地市司法局保持20世纪90年代前期的机构设置。
  2000年，宁德地区撤地建市，宁德地区司法局改称宁德市司法局。是年起至2005年，9个设区市司法局内设机构：办公室、监察室、政治处、法制宣传科、公证管理科、基层工作科、律师管理科、法规教育科。
  2.县（市、区）司法行政机构
  县级司法行政机构称县（市、区）司法局。1995年，全省所有的县（市、区）均设有司法局，至2005年不变。其下均设办公室、监察室、政工科（股）、法制宣传科（股）、公证管理科（股）、基层工作科（股）、律师管理科（股）、法规教育科（股）等机构，分管各项司法行政业务。
  3.乡（镇、街道）级
  司法所是县区司法局在乡镇人民政府（街道办事处）的派出机构，承担乡镇人民政府（街道办事处）管理司法行政工作的职能部门。主要职责是；协助基层政府开展依法治理工作，指导管理人民调解和法律服务工作，组织开展普法宣传和对刑满释放、解除劳教人员的过渡性安置帮教工作，参与社会治安综合治理工作。
  截至2005年，有司法所983个，配备司法助理员1245名，其他工作人员449名。