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2000年6月，根据司法部律师公证工作指导司《关于开展合作制公证处试点工作的通知》，省司法厅同意厦门市司法局组建合作制公证处，报请司法部律师公证工作指导司予以批准后，合作制“厦门市鹭江公证处”正式成立，公证业务辖区为厦门市区范围，隶属厦门市司法局指导管理。7月24日，厦门市鹭江公证处挂牌执业。
  是年9月，省司法厅制定《福建省司法厅关于贯彻国务院批准的〈关于深化公证工作改革的方案〉的实施意见》，确定“解放思想，实事求是，总量控制，合理布局，积极稳妥，分类指导”的基本原则，提出“将原行政体制的公证处尽快改为事业体制，探索公证组织的新形式并搞好试点”的改革目标后，于11月向司法部报送《关于福建省拟设公证机构数、公证业务辖区划定和公证处转制工作的报告》，《报告》的主要内容：一是公证机构设置，原有公证处95个，从公证工作改革的实际出发，尤其是多种管理模式的尝试，需要在原有的数量基础上增设5个机构数，拟将公证机构总量目标控制在100个。二是公证业务辖区划定，原则上按《方案》规定进行划分，即设区的市定为一个业务辖区，其他的行政县设立为一个业务辖区，全省拟划定公证业务辖区67个。三是公证处的转制工作，厦门市、南平市、漳州市、泉州市、莆田市拟实行全面转制，福州市、宁德市、龙岩市和三明市除部分公证处要求保留行政外，也将实行转制。据统计，全省95个公证处中有23个公证处申请保留行政体制的模式，这些公证处每年人均业务收入低于三万元，所在业务辖区为国务院或省级贫困县，证源不足。12月，省司法厅向省政府办公厅行文《关于我省公证改革需要协调解决的几个问题的报告》，包括编制问题、“减负”问题、经费管理问题、政策扶持问题、资产界定问题。
  2001年1月，省司法厅向省政府行文《关于召开公证工作改革协调会议的请示》，恳请省政府召集省人事厅、省编委、省财政厅、省地税局等部门有关人员的协调会，以期对相关问题达成共识并提出解决的办法，确保公证工作改革顺利进行。10月，省司法厅公证管理处在福州市召开公证体制改革座谈会，福州市公证处（行政转事业）、漳州市第二公证处（事业、自收自支单位）、漳浦县公证处（事业、差额补助）、泉州市公证处（事业、自收自支单位）、顺昌县公证处（事业、全额拨款）等公证处主任和部分设区的市司法局公证管理处（科）负责人与会。与会者汇报了本辖区公证处的改制方案及各个公证处转制情况，并介绍了其单位如何转制及现有的经费管理情况及对公证处发展的作用和影响。11月，根据《国家税务总局关于司法公证机构改制后有关所得税问题的通知》精神，各公证机构由原行政体制改为事业单位或者合作制性质，视为新办从事咨询业的经营单位，依法缴纳企业所得税，并享受《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》规定的企业所得税优惠政策。合伙制性质的公证处，按照《国务院关于个人独资和合伙企业征收所得税问题的通知》和《财政部、国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个入所得税的规定〉的通知》执行。新设立的公证机构缴纳所得税问题，依照上述规定处理。新设立的公证机构以及由原行政体制转制的公证机构，领取《事业单位法人证书》或者行业主管部门批准其设立以后，按规定办理税务登记，企业所得税由地方税务局负责征收。
  2002年，厦门市公证处、福州市公证处、泉州市公证处等3家公证处为第一批主办公证员负责制试点单位，主办公证员办理的部分公证业务无需主任审批就可以直接出证。因大部分公证员认为公证书在公证处主任审批后出证，公证质量更有保障，是以，主办公证员试点没有进行。
  2004年6月，根据《司法部关于贯彻落实〈国务院关于第三批取消和调整行政审批项目的决定〉的通知》，省司法厅取消了公证员资格认可、公证处涉外公证业务审批、公证员涉外公证业务审批。