福建省图书馆

省厅1989年底保持20世纪80年代的机构设置，厅机关内设政治部、办公室、行政处、政治保卫处、经济文化保卫处、治安管理处、警卫处、刑事侦察处、预审处、出入境管理处、法制处、机要通信处、技术侦察处、对外联络办公室、边防保卫局、消防总队、交通警察总队等职能部门。1990年8月，福州铁路公安处列入省厅机构序列。省交通公安局、民航福建省管理局公安处和省林业公安局也先后列入省厅序列。上述专业公安机关受主管部门和公安厅双重领导，业务工作以公安厅为主领导。1992年6月，省厅恢复科学技术处，设立老干部工作处，机要通信处对外增挂“计算机安全监察处”牌子。
  1994年7月，省厅着手刑侦机制机构改革，根据省委编委《关于调整各级公安刑警机构的批复》，全省公安机关刑警机构统一实行队建制，省厅刑事侦察处改设刑事警察总队。翌年，省、地市公安机关技术侦察机构亦统一实行队建制，省厅技术侦察处改设技术侦察总队。
  1995年8月，省厅交通警察总队升格为副厅级建制，内设政治部、监察室、办公室、计财装备处、交通安全管理处、车辆管理处、驾驶员管理处、宣传处、法制处和交通警察培训中心等机构。全省公安交通管理机构实行垂直管理，省厅交通警察总队下辖各地市县公安处局的9个交通警察支队及83个大队、192个中队。
  1996年9月，根据《中共中央国务院关于福建省党政机构改革方案的通知》、《中共福建省委省政府转发〈关于福建省省级党政机构改革的实施意见〉、〈关于福建省省级党政机构开展“三定”工作的意见〉的通知》和公安部《关于省、自治区公安厅机构改革意见的通知》，结合福建省公安工作实际，确定省厅机关内设职能部门为政治部、警令部、后勤保障部、政治侦查保卫处、经济文化保卫处、治安管理处、户政管理处、预审处、出入境管理处、机要通信处、计算机安全监察处（与机要通信处合署办公）、对外联络办公室、法制处、科技处、刑事警察总队、技术侦察总队、交通警察总队（副厅级）、宣传处、警务处、人事处、现役工作处、教育训练处、监察室（与纪律检查委员会合署办公）、审计室、老干部工作处。省厅领导的边防、消防、警卫部门属现役部队编制。
  1997年9月，省厅交通警察总队设立高速公路交通管理处，即直属高速公路支队。10月，省厅设立禁毒处，与省禁毒工作领导小组办公室“两块牌子、一套人马”。翌年，禁毒处更名为禁毒总队。1998年1月，省厅成立警务督察队。
  1999年，根据国务院关于组建国家缉私警察的决定，厦门海关和福州海关相继成立走私犯罪侦查分局（后更名为缉私局），实行海关与公安机关双重领导，以海关领导为主的体制，在海关的统一部署和指挥下，开展打击走私工作。是年，预审处更名为监所管理处。
  2000年6月，省厅设立经济犯罪侦查总队，同时，撤销经济文化保卫处。7月，省委、省政府核准省厅内设政治部（副厅级）、办公室、警务督察处、队伍管理处、人事训练处、现役工作处（2001年12月，根据公安部《关于各公安厅局现役工作人员编制管理使用问题的通知》，更名为现役工作办公室，正师级，使用专项现役编制）、宣传处、装备财务处、监所管理处、出入境管理处、信息通信处、公共信息网络安全监察处、对外联络办公室、法制处、科技处、离退休干部工作处等16个部处室和交通警察总队（副厅级）、国内安全保卫总队、经济犯罪侦查总队、治安巡警总队、刑事侦查总队、行动技术总队、禁毒总队等7个总队。公安厅领导的公安边防总队、公安消防总队和警卫局属现役部队编制。
  2001年2月，省委编委批复省厅关于交警总队内设机构、人员编制等有关问题的请示，交警总队对外加挂“省公安厅交通管理局”的牌子。内设政治部、办公室、计财装备处、交通管理处、车辆管理处、驾驶员管理处、宣传处、法制处、直属高速公路支队9个正处级建制的机构。是年，省厅设立防范和处理邪教的工作机构。
  2002年3月，根据国务院办公厅《转发中央编办海关总署公安部〈关于走私犯罪侦查分局列入地方公安机关机构序列实施意见〉的通知》，福州、厦门海关走私犯罪侦查分局在海关现行垂直领导管理体制下，列入省厅机构序列，分别称“省公安厅福州走私犯罪侦查局”和“省公安厅厦门走私犯罪侦查局”。
  2004年3月，省厅设立台湾居民来往大陆通行证制作管理处，与出入境管理处实行“两块牌子，一套人马”合署办公。同月，省厅刑事侦查总队增挂“福建省反恐工作协调小组办公室”牌子。
  2004年11月，省政府批准省厅《关于调整全省公安机关交通警察管理体制的请示》。原由交通警察总队直管的各设区市公安局交通警察支队及各县（市）公安局交通警察大队，划归同级公安机关领导和管理。全省高速公路交通警察，实行省以下垂直管理。全省各设区市公安局交通警察支队下辖的15个高速公路大队，成建制划入省厅交通警察总队建制序列。
  2005年10月，民航福建省管理局公安局和民航福州长乐国际机场公安分局合并，组建为“省公安厅长乐国际机场公安局”，加挂“省公安厅机场工作处”牌子，为省厅直属机构。