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《中华人民共和国行政复议条例》于1991年1月1日施行。省厅和地市公安机关均设立复议应诉机构，并建立相关规章制度。是年，各级公安机关受理公安行政申诉案件556件，经复议处理492件；行政应诉案件182件，审结138件。《中华人民共和国行政诉讼法》实施后，公安机关注重增强程序观念，保障公民的诉讼权利。1992年，全省公安行政复议应诉案件上升，其中劳教复议案件升幅大；公安行政应诉案件上升，其中收容审查案件升幅大。公安机关受理对经济案件的处理和不服使用行政强制措施而直诉的案件明显增多，且败诉率高。1993年，省厅规定所有行政复议应诉工作归口法制部门承办，制定公安法制机构复议应诉的工作职责，建立案件审核把关制度、定期执法检查制度和办案程序制度。同时，规定收容审查工作的审批程序，以提高收审复议案件的质量。当年，全省公安机关受理行政复议案件中，对拘留、罚款的行政行为不服的约占七成；应诉案件中涉及拘留、收容审查、劳动教养的居多，其中对复议决定不服而起诉的占复议结案数的11％。1994年，省厅加强检查指导，要求各地公安机关针对行政诉讼重败诉案例，认真分析研究，改进执法工作。
  1995年，省厅推广漳州市公安局芗城分局坚持案件审核制度，提高办案质量的经验。1997年，省厅下发通知，再次明确除法律法规和规章规定可以本部门名义行使复议权的部门外，所有行政复议案件统一归口法制部门承办，并实行两人承办、集体研究、领导审批制度。是年，全省公安行政复议案件受理数大幅上升，其中少年管教、收容管教复议案件升幅大，公安行政应诉案件亦大幅上升，以劳教应诉案件为多。是年复议应诉案件数是《中华人民共和国行政诉讼法》和《中华人民共和国行政复议条例》实施以来最多的一年。
  1999年10月1日，《中华人民共和国行政复议法》施行。各级公安机关总结开展行政复议工作的经验，完善程序制度，对重大行政案件推行听证制度，通过复议、举行听证、出庭应诉，及时分析解决执法中存在的问题，强化监督工作，改善执法活动。2001年，全省公安机关办结行政复议案件1400多件。泉州、漳州、三明、南平等市公安机关办结国家赔偿案件起，赔偿金额近32万元。
  2002年，省厅下发《关于进一步加强公安行政复议工作的通知》，对行政复议工作提出具体要求，各地公安机关建立健全岗位工作责任、专人负责集体研究领导审批、办案人员地域回避、应诉人员先行参与、书面审理与实地调查相结合等五种制度，把好案件受理、事实证据、程序、适用法律、量刑幅度5道关口。各地加强对案件受理前的初审，坚持案件审理与调查取证相结合，在认定事实清楚的基础上依法复议，对复议的典型案件及其存在问题进行分析，并及时通报有关部门改进工作。
  2003年，为贯彻实施公安部颁布的《公安机关办理行政复议案件程序规定》，省厅下发通知，提出规范制度、加强监督等项具体要求。各地公安机关在开展执法为民教育整顿活动中，及时发现和纠正执法中存在的问题。是年，除审理近千起行政复议案件，还受理国家赔偿案件30起，办结28起，决定赔偿16起，赔偿金额40多万元。
  2004年，各地公安机关对行政复议案件坚持集体研究评议，全面审查事实、证据、程序和适用法律，依法办理。南平、龙岩市公安局实行评判制度，通报经行政复议撤销或变更原裁决的案件，分析研究，吸取教训；莆田市公安局组织办案单位领导和民警参加法庭旁听。为提高应诉能力，省厅在全省公安法制系统开展“优秀诉讼代理人”评选活动。2005年，各地建立“谁承办、谁负责，谁复议、谁出庭”的制度，遵循合法、公正、公开、及时、便民的原则，加强复议案件的受理、审理工作，实行案件聆询、合议制度，及时发现和纠正执法错误问题，防止和纠正违法或者不当的具体行政行为，保护公民、法人和其他组织的合法权益，保障和监督公安机关依法行使职权。