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20世纪90年代以来，在改革开放的大背景下，福建省公安机关贯彻执行出入境管理法律法规，不断增强服务意识，出台便利措施，改革、完善管理工作，依法打击出入境领域违法犯罪活动，为促进福建省扩大开放、发展经济作出努力。期间，为适应工作需要，出入境管理机构得到完善，队伍得到充实。1985年，全省公安出入境管理机构只有24个，2005年，全省各市、县均设立出入境管理机构，并形成以出入境管理民警为骨干，以社会协管力量为辅助的出入境管理队伍。通过开展“树公安新风，创文明窗口”等争先创优活动，不断提高队伍素质、执法水平和服务质量，涌现出大批先进集体和先进个人。
  第一节 外国人入出境管理
  1990年，全省公安机关开展对外商投资企业常驻代表机构、常住人员的调查，清理滞留的外国人，并改革具体管理办法。对入境后的外国人管理工作（简称“外管工作”），实行定点住宿，按时向公安派出所申报户口的管理制度。厦门、福州市公安民警深入涉外宾馆，培训宾馆工作人员，指导宾馆加强对外国人申报住宿登记的管理。南平、武夷山市公安局针对某些连续发生重大案（事）件的涉外宾馆、旅店进行检查整顿，监督完善各项管理制度，加强安全保卫工作。年内，公安机关为来自百余国家的9万多外国人和华侨办理了入境手续。全省公安机关查处一批走私、诈骗、嫖娼、出卖护照及非法居留等涉外案（事）件，遣返非法入境的越南人10批49人。
  1991年，对外国人临时住宿登记、常住管理、案件受理等工作，明确由相关警种分工合作，发挥公安机关的整体效能。为加强涉外宾馆的“外管工作”，福州、厦门、泉州等地宾馆按不同档次配设境外人员户口管理员。年内，各地为“三资”企业、商社常驻代表机构中任职的外国人发放暂住证。
  1992年上半年，全省公安机关根据统一部署清查处理非法入境、居留的外国人。福州、厦门、泉州、南平等地公安机关清查出被人贩子拐卖与当地居民非法同居的越南妇女13人，先后分5批遣返。泉州市公安局从涉外宾馆中查出16名非法入境探亲的越南人，经教育均按规定期限离境。
  1992年，对来闽投资、经商和进行科技文化交流的外国人，只要持中方单位的邀请书，即可在福州、厦门机场或和平码头办理签证。对入境后的外国人，落实临时住宿登记管理工作。各地加强涉外宾馆、饭店总台服务人员的业务培训，举办培训班75期。是年，福州、厦门、泉州3市的涉外宾馆、饭店的住宿申报率达100％。同时，福州、厦门、泉州、莆田和南平等地还派民警深入“三资”企业、外商常驻代表机构和高等院校，向外国人宣传法律，给常住的789名外国人换发暂住证。年内，除对来自137个国家和地区的外国人履行正常的检查发证外，还特邀358批679名外国人来闽，并批准6名外籍华人在闽定居。其中给厦门大学美籍教师潘维康发放永久居留证。
  1993年，省厅编印介绍出入境管理的法规和工作程序的《出入境管理知识问答》，发至基层派出所及有关部门。各地市采取多种形式，向涉外单位、境外常驻机构以及社会各界群众宣传“外管工作”的法律法规。年内，出入境管理部门为1022家外国投资企业的外国人发放暂住证或暂住加注。期间，进一步落实散居外国人管理工作。是年，省厅组织调查组，深入莆田、厦门、漳州、龙岩、宁德、泉州等地市的20多个县（市、区）开展调查，查处一批“三非”（非法入境、非法居留、非法就业）人员。仅漳浦县即查获、遣返非法入境、非法居留的越南人50名。厦门、福州、泉州、龙岩、宁德等地市，亦先后查处29名非法谋职的俄罗斯女青年，责令其限期离境。为加强外国人就业管理，省公安厅、劳动局下发《关于外国人来闽就业的补充通知》。年底，全省市、县均对外国人开放。
  1994年，各地市公安机关分别选定1～2个公安分局或派出所，作为加强基层基础工作的试点，把“外管工作”落实到基层公安机关。在各试点单位，散居社会上的外国人住宿登记申报率明显提高。同时，继续加强涉外宾馆外国人住宿登记管理，及时采集基本信息。根据公安部关于清理外国“三非”人员的指示精神，第一季度，东山、惠安两县清理查处非法入境、非法居留的越南人67人。10月，依照《外国人入境出境管理法》规定，对长汀县文化局未经文化部批准，擅自邀请越南胡志明市莲花歌舞团一行43人到长汀县演出事件加以阻止。
  1995年，省厅下发《关于加强基层公安机关对入境人员管理的规定》，各地普遍设立“外管工作”专职或兼职民警，举办培训班127期，对受训合格的1720位民警，发放外事警官证。期间，全省在“三资”企业中建立外管联络员，在涉外宾馆、居委会、村委会建立外事户管员，分期分批进行外管业务培训，先后培训学员万余人次，促使外国人（含其他境外人员）住宿登记率明显提高。是年8－12月，经批准，厦门市公安局为217位来厦外国人办理5天有效特区旅游签证。漳州市公安局设立东山港签证办事处，为入境的外国人补办签证。9月，世界第四次妇女大会在北京召开，各地公安机关加强“外管工作”，确保大会期间和会后来闽外国人的安全。
  1996年8月，根据省厅部署，各地开展清查“三非”人员行动，对查出的200多名“三非”外国人依法妥善处理。9月，根据公安部指示，各级公安机关把加强公安基层“外管工作”列为基层公安机关的日常工作，同其他公安业务工作同部署、同检查、同考核、同评比（简称“四同”），并授权城市公安分局、派出所，对辖区内违反出入境管理法规的外国人依法查处。10月，省厅对各地市外国人住宿登记工作进行抽查，依法处罚教育一批违反出入境管理规定的外国人和有关管理责任者。12月，省厅组织专项检查组，分赴各地市和36个县（市、区），检查、评比公安基层“外管工作”的“四同”实行情况。翌年，全省公安机关就“外管工作”的组织领导、职责落实、业务培训再次进行检查考评，推动基层公安“外管工作”的进一步落实。
  1998年，省厅根据公安部《基层公安机关境外人员管理工作规范》，制定公安派出所境外人员管理工作规范并明确民警职责，统一规范基层公安分局、派出所的外管任务、职权及工作表册，形成制度。
  1999年，省厅把境内外国人管理工作纳入“抓队伍、促工作责任状”，各地市公安机关也同时将其纳入基层公安机关的工作责任状，推动落实并改进管理措施。福州市公安局把外国人办证的5道手续简化为1道手续，把签证、延期、居留、返回和证件变更5种申请表合为一表，方便办理。漳州市公安机关主动与龙海角美工业综合开发区管委会共同签订《共建外商投资软环境协议书》，开展上门办证服务。南平市主动帮助市造纸厂培训外事接待员，为该厂引进88名外国技术人员做好接待工作，并派员上门为外国技术人员办理证件，宣讲外管法律法规。是年，省厅再次组织人员对各地市境外人员住宿登记情况进行抽查，对发现的问题督促整改。2000年，全省公安机关继续把外管工作纳入公安派出所岗位责任制中，实行量化考核，推动“四同”工作进一步落实。
  2001年，福建省公安机关根据在闽外国人的不同情况，发放多次入境有效签证、多次返回签证或居留证。同时，省厅针对外国人在闽参加大型活动较多的情况，加强入出境检查工作的指导。在5月中旬福州“招商月”、9月厦门“贸洽会”、11－12月邵武“第二届亚洲城市俱乐部举重锦标赛”、“第三届亚洲少年举重锦标赛”、“中日韩三国国际举重锦标赛”和“中国（三明）竹藤产品交易会”等国际商贸活动和体育赛事期间，举办地公安机关设立办证（签注）专窗，为外国人提前办证，便利服务。厦门市公安机关在“9·8贸洽会”举办前进行专项检查，并对宾馆、酒店的经理、服务员和“三资”企业的外事联络员进行“外管工作”法律法规的知识培训。是年，在公安基层“外管工作”实行“四同”的基础上，省厅提出“四有”（有分管领导、有户口申报牌、有接待窗口、有社会协管队伍）、“四建立”（建立工作制度、建立基础档案、建立岗位考评、建立电脑管理网）、“四达到”（散居社会的外国人住宿申报率、查到率、准确率达到95％以上，涉外宾馆要达到100％；涉外案事件的查处达到及时妥善处理；常住外国人的情况达到全面清楚掌握；“外管工作”达到为改革开放服务的目的）的管理目标。
  2002年1月起，外国旅游团队来华可直接到福州、厦门口岸签证机关办理签证。各地公安机关继续落实基层“外管工作”。龙海市经济开发区角美派出所对境外人员的管理实现“三无一高”（在开发区内无“三非”人员；无境外人员违法犯罪活动；无境外人员合法权益受到侵害；外商满意度逐年提高）的良好局面。6月，全省公安机关开展清理“三非”外国人的专项行动，对查出的200多名“三非”外国人，分别按有关法律规定处理。是年，来闽经商投资的外国人增多，来自92个国家的外国常住人口4800多人。
  2003年5月，福建省公安机关出台为外国投资者和高层次人才提供入境及居留的诸多便利措施，根据外国人在闽工作、生活需求情况，办理访问类、工作类、旅游类、学习类等不同签证。8月，根据公安部便民利民的新举措，省厅下发《关于进一步为外国留学生提供居留便利的通知》，并指导各地开展工作。至10月，全省为170多名外国留学生办理与其在华留学相同期限的居留证。省公安厅、外办、教育厅等部门联合下发《聘请外国文教专家单位资格认可办法》、《聘请外国文教专家单位年检注册工作暂行规定实施细则》，年内审批8家有权聘请外国专家的单位。同时，对涉外案件按规定时限处理，并将案情及时通报有关国家驻华使领馆，安排使领馆官员前来探视。
  2004年2月，省厅制定实施《外国人签证和居留许可工作规范》和《外国人口岸签证工作规范》，各地公安机关按新《规范》审批签证，受理与审批分开进行。3月起，对经国家旅游局批准并注册的国际旅行社组织、接待外国旅游团申请口岸签证，福建省各口岸签证机关可凭旅行社公函和《团体旅游签证名单表》签发口岸签证。4月起，各县（市、区）公安局不再受理外国人签证和居留许可申请。8月，全省各地公安机关，主动配合外事、教育部门做好专家资格的认可工作，在外国专家向有关部门办理登记报备手续后，纳入管理。
  2005年，全省建立外语翻译人才库，聘请15个外国语种100多名外语翻译人才，为“外管工作”提供保障。福州、厦门市公安机关在高等院校新生入学之际，到外国留学生较多的院校讲授“外管工作”法律法规知识。漳州市公安机关在全市建立外国人签证（签注）到期预告机制，并开通为外商服务的热线电话，及时为外商排忧。在纪念出入境管理“两法”实施20周年之际，省厅举行福建省首批《中华人民共和国外国人永久居留证》颁发仪式，为来自法国、荷兰、美国、日本、加拿大、印尼和菲律宾等国家的9位外国籍人士颁发《外国人永久居留证》。据统计，1990—2005年，出入境管理部门为来闽外国人发放居留证2538349人次。
  第二节 公民因私出入境管理
  20世纪90年代，公民因私出境定居、旅游、探亲、访友、就业、劳务、自费留学等的人员数量不断增多。各地公安机关依据《公民因私出境审批工作制度》开展工作。1990年，各地在审批出国工作中，注重法制宣传教育，坚持把好申请关、审查关、批准发证关，对有伪造证照、偷渡、引渡等前科的立档重点管控，对弄虚作假的给予教育和处罚，对触犯刑律的追究刑事责任。年内，全省审批发放出国护照（简称“发照”）的公民3万多人，前往86个国家和地区。公安机关查处骗取出国护照、伪造、变造、弄虚作假等违法犯罪案件102起286人。福州市公安局从发现400份伪造往汤加王国的《认证书》入手，破获1起伪造证件、公章案件，从伪造各类出国证书印章的地下窝点，当场缴获伪造的大中专院校公章、校长私章、出国《公证书》、银行存款证明、学校成绩单等大量赃物罪证。翌年，福清市公安局又发现申请去汤加王国的人数剧增，经鉴定，这些《认证书》均属伪造，即废止、收缴，并对尚未审批的人员予以劝阻，对伪造出国证件的多个地下窝点予以铲除。年内，福州市公安局先后撤销弄虚作假的出国申请600多份。是年，省厅制定《关于防止弄虚作假做好公民出国审批工作若干暂行办法》，对受理申请、办理签证、打击偷渡活动等作出具体规定，并以福州为重点地区，以出国旅游和民间劳务为重点方面，整顿公民出国秩序。
  1992年，省公安厅与经贸、旅游部门及相关劳务公司，研究制定规范劳务输出的有关要求。采取先少量审批，待情况反馈证实有劳可务后，再继续审批的做法。对大批量劳务输出的，配合劳务公司到实地考察，在知悉情况的基础上，公安机关支持劳务公司办理劳务输出业务。1－7月，公安机关审批劳务输出80批1722人。期间，省公安厅、经贸委批准增加7家有签约权的劳务公司，进一步促进民间劳务输出。同时，扩大出国渠道，如放宽公民旅游年龄限制，开拓民间劳务市场，试办投资移民，探索出国留学新路等。年内，公安机关查处因非法偷渡他国被拘留、逮捕、监禁判刑后遣返的公民32批240人。
  1993—1995年，全省公安机关继续落实公安部和省厅关于制止异地办证和反对弄虚作假骗取护照的措施，对公民申请出国的材料，采取询问、比对和调查相结合的办法，保证材料的真实齐全，一旦发现伪造证件、欺骗出国的，1－3年内不予受理再次申请。对公民申请到易发生偷渡国家和地区的，严格审批。对申请出国旅游的，要求旅游公司把好受理关；对民间有签约权的劳务公司，坚持“有劳可务”的原则，防止有人利用旅游和劳务出口偷渡他国和非法滞留。
  1996—1998年，全省公安机关实施简化公民出国申请手续、公开承诺工作日等多项便民举措。期间，加大力度打击出国领域的违法犯罪活动。1997年，省厅出人境管理处成立案件侦查科，是年即查办公安部和省厅交办的7起案件，查处一批违法单位和人员。专案侦查24名闽籍公民到新加坡后外逃一案，逮捕主要犯罪嫌疑人归案。1998年，全省发现利用假结婚、假邀请、假认证以及伪造、变造、骗取护照等违法犯罪案件459起501人，依法查处100起132人。
  1999年，省厅进一步放宽公民因私出国申请条件，各级党政机关事业单位工作人员、年内纳税额20万元以上企业的工作人员等5种对象可申请出国访友，其中60周岁以上男性和55周岁以上女性可免交境外证明材料。同时，简化出国探望祖父母、父母、兄弟、姐妹等亲人和领取护照后变更前往国或出境事由的证明材料等手续。此后，公民领取护照后首次出境前变更前往国或出境事由的，明显增多。4－12月，全省办理变更改道手续万余人。年内，省公安厅、教委等单位联合下发《自费出国留学中介服务管理规定》，并对自费出国留学中介机构资料进行认定，全省有6家单位经审查获批准。是年，全省公安机关查处4起制贩假证案件；发现弄虚作假、企图骗取出国护照的违法人员2305人，其中764人列为限制出境对象。
  2000年，公安机关继续放宽公民因私出国申请条件，简化办理手续，缩短办理时限，对奔丧、出国治病或探望危重病人、参加紧急商务活动等7种特殊情况，急事急办，在混合所有制企业中的外省暂住人员可在暂住地办理护照，并公布护照受理、审批签发的办事程序和办事结果，接受群众监督。5月，省厅下发《关于我省公民出国自费留学办理护照有关规定的通知》，并会同省教育厅、劳动和社会保障厅、工商局开展对出入境中介机构的清理整顿工作，加强对出国留学中介机构的管理。全省经工商部门登记注册的343家出入境中介机构中，84家被责令限期整改或停业整顿，36家被取缔。
  2001年3月，福建省公布经教育部、公安部予以资格认定的8家经营自费出国留学中介服务机构。8月，省厅下发《因私出入境中介活动管理办法实施意见》。10月，召开新闻通气会，加大宣传力度，并受理因私出境中介机构资质申请。年内，各级公安出入境管理部门配合“严打”斗争，打击弄虚作假，骗取出国（境）证件的违法犯罪行为，发现并查处400多名弄虚作假，骗取出国、出境证件人员。福州市破获伪造省文化厅公章、公函，企图骗取出国护照案。厦门市公安局在接待外派劳务咨询业务时，发现40多人赴文莱劳务存在偷渡嫌疑，迅速查获组织者等涉案人员，缴获伪造的“中华人民共和国因公护照”44本、非法收取的劳务中介费20多万元。翌年，省厅向社会公布福建省首批20家获得《经营许可证》的因私出入境中介机构。期间，全省开展集中打击非法因私出入境中介活动的专项行动。查处非法因私出入境中介机构84家，予责令整改，依法取缔无证经营机构，对涉嫌犯罪的立案侦查。福州市公安局破获东方旅行社私刻公章进行中介违法犯罪活动的案件。龙岩市公安局破获以介绍到阿联酋务工为名，组织妇女偷渡出境卖淫、诈骗受害人钱财的案件。
  2002年，公安机关进一步放宽申请条件，简化办理手续，全省除福州的部分地区外，取消公民出国申请须提交境外邀请函、签发护照附发出境登记卡的做法。是年，厦门市“按需申领护照”试点改革工作全面推行，开福建省首例。年内，公安机关及时为在意大利、菲律宾获“特赦”争取居留权的数千闽籍公民核查身份。
  2003年，省厅先后下发《关于加快我省实施按需申领护照准备工作的通知》、《关于进一步做好我省按需申领护照推广工作的通知》，并制定《福建省按需申领护照验收标准》。漳州、泉州、南平、宁德四市相继实施按需申领护照。根据有关规定，2月1日起，福建省公民出国从事文化交流和具有大专以上学历人员申请自费出国留学审批实施简便措施。4月起，出国劳务人员可统一由具有对外合作经营资格的公司集中代为办理，并允许经营公司跨省及跨地区招聘劳务人员和在劳务人员连续工作半年以上的暂住地集中办理申请护照。7月，根据公安部等部局发布的《境外就业中介机构管理规定》，福建省18家境外中介机构获得经营资格。省厅规定境外就业中介机构应集中赴境外就业人员，直接向赴境外就业人员户口所在地的设区市公安局申办护照，遇有时间紧、人员少且分散的特殊情况，可向省厅申请集中办理护照。公民个人赴境外应聘就业的，向本人户口所在地公安机关申请办理护照。
  是年，全省开展打击非法移民的专项行动，加大案件查处力度，破获一批案件。省厅和福州市公安局破获一起与俄罗斯、乌克兰、捷克、波兰等国偷渡集团勾结，以俄、乌等国为中转站，组织人员偷渡欧洲多国的犯罪团伙案件，缴获用于组织非法移民的护照192本，查获大批赃款赃物。年内，还依法查处弄虚作假案件76起177人。10月至翌年3月，全省公安机关开展以“破大案、抓‘蛇头’、断线路”为主的打击非法移民的专项行动。各地公安机关根据实际情况确定打击重点。三明市以非法移民赴欧洲、莆田市以非法组织劳务输出、宁德市以非法组织女青年出国从事色情活动为打击重点。省厅督办和参与一批大要案的查处工作。
  2004年4－6月，全省公安机关协同有关部门开展清理整顿非法出入境中介组织的工作，处理未经资格认定和登记注册的中介组织单位和个人，查处虽经资格认定而违规经营的中介机构，立案侦查从事组织运送他人偷越国（边）境等违法犯罪活动。各设区市公安局组织力量具体实施。福州市对涉及非法移民严重的福清、长乐、连江等市县9个行政村实行重点整顿，派出工作组进驻各村开展工作。各地运用广播、电视和报纸等宣传政策，本着“开明渠、通正道、堵邪路”的思路，广泛宣传出入境管理的法律常识。三明市和明溪县公安局在农贸集市开展“打击偷私渡和非法中介活动，维护出入境管理秩序”的现场咨询活动。平潭县在县有线电视台播出“7名平潭籍劳工在伊拉克被劫持事件带来的警示”教育片。期间，全省查处非法出入境中介机构81家，侦破刑事案件16起。7月，省厅和福州市公安局连续破获2起伪造、变造出入境证件和组织他人偷越国境的案件，查获大量伪造的证章、护照、签证、居留卡等。
  2005年1月，公安机关深化申领护照改革工作，完善法定不批准出境人员报备制度、国家工作人员出国登记备案制度和出国信息与人口联网工作，完善出国信息系统与人口信息系统的联网保障机制。10月，经省厅验收，厦门、漳州、泉州、南平、宁德、三明、龙岩、莆田8个设区市公安局实行按需申领护照工作全部达标。年内，查获负案在逃人员、弄虚作假骗取护照的违法人员、法定不批准出境人员391人；发现未按规定报备或隐瞒身份的国家工作人员400人；查处多起非法移民重大案件。3月，省厅和福州市公安局破获图谋组织他人偷渡南非案。7月，又破获“福州海威机构”非法中介经营案，营业额达1050万元。
  第三节 居民往来台港澳地区管理
  一、台湾居民来往大陆管理
  1990年，福建省作出规定：台湾居民来大陆投资设厂、购置房产或进行其他经贸活动，需多次入出境的，允许凭省、自治区、直辖市台办或者深圳、珠海、汕头、厦门市公安局出入境管理部门核签一年多次有效的《中华人民共和国入出境通行证》，特殊原因也可根据需要，签发一年以上相应期限以内多次有效入出境通行证。对临时来闽的台湾居民，实行定点住宿，按时申报户口的管理制度。
  1991年，各地贯彻执行省政府颁布的《台湾同胞来往福建管理办法》。入境后的台湾居民散居在社会上的，由当地公安派出所管理，住宿在定点宾馆、饭店、“三资”企业内部的，由出入境管理部门管理。8月，对台资企业、商社代表常驻机构的台湾居民实行暂住证制度，对来闽台湾居民要求回乡定居的，向拟定居的市、县对台工作部门提出申请，报经省台办审批后转省厅复核。年内，全省为590名和93名台湾居民分别办理、签发暂住证和定居证。
  1992年4月，国务院批准湄洲岛为台湾居民落地办证点，方便台湾居民乘船直航莆田湄洲岛进香朝拜“妈祖”。5月，省厅转发公安部《关于简化台湾居民在大陆暂住手续的通知》等配套管理办法，并启用中华人民共和国入出境通行证。对乘台湾货轮来福建沿海小口岸登陆的渔船民，签发登陆证；要求来大陆探亲旅游的，经省厅授权的公安机关批准，签发一次入出境有效的入出境通行证。11月1日，省厅将办理台湾居民“多次入出境签证”的审批权下放地市公安机关，并规定在闽投资设厂或有长期实质性经贸活动和被聘用雇用的台湾居民、已在闽购房居住的台湾居民及其亲属子女和在闽求学的台湾学生，可申请办理“多次人出境签注”。
  1993年，台湾轮船前来大陆口岸停靠和登陆人员增多。1－10月，仅漳浦县沿海口岸停靠的台轮即有130艘次，登陆的台湾居民657人次，旅游团组12批323人次。年内，全省对2340家台资企业常驻人员，实行暂住证或暂住加注的管理制度。
  1994年6月，公安部授权厦门市公安局可为直抵厦门的台湾居民审批签发一次有效的通行证，年内办理通行证723本。闽台一水之隔，语言相通，习俗相近，自1979年全国人大发表《告台湾同胞书》至1994年8月，来闽台湾居民达179万人次。同时出现台湾居民滞留大陆的情况，时间短的数月，长的数年。公安机关对滞留的台湾居民，区别情况，有的遣返，有的给予办理暂住或定居手续。1995年，来闽台湾居民16万多人次，依然有相当数量台湾居民滞留大陆。
  1996年，全省对台湾居民来大陆定居、滞留及台资企业人员情况开展调查。上半年，福建省批准台湾居民来闽定居375人，以台湾退伍老兵居多，主要定居在福清、连江、东山、诏安等地。是年，在福州、厦门、漳州、泉州、莆田市有台资企业4515家，常住人员（含家属子女）3346人。台商身份从小商人、退伍兵和农民发展为上层人士及高级技术人员。公安机关通过接待窗口、受理申请、办理证件等渠道，进行法律法规宣传，并查访企业，发挥台资企业中外事联络员的作用，及时查处违法犯罪案件，使管理服务常态化。
  1997年5月，公安部授权福州、厦门口岸签证机关，可为持有效来往大陆通行证的台湾居民审批签发一次有效签注。福州市公安局在长乐国际机场通航后的一个月，为台湾居民办理一次有效签注来往大陆通行证169人，签发一次入出境有效签注382人。厦门口岸签证机关在“9·8贸洽会”的6天内，为台湾居民办理口岸签注547人，办理签证387人次。年内，省厅根据《中国公民往来台湾地区管理办法》有关规定，将1名多次偷渡入境、负案潜逃来大陆的台湾犯罪嫌疑人遣返台湾。厦门市公安局莲前派出所抓获在台湾杀害2名警务人员后逃来大陆的2名通缉要犯，后依相关协议移交台湾警方。1999年9月21日凌晨，台湾发生7.6级地震，造成重大经济损失和人员伤亡。全省各级公安机关，根据来闽台湾居民急需回台的情况，从9月21日8时至23日12时，特事特办，为123名台湾居民紧急办理出境签注。
  2000年，来闽投资、贸易、旅游、探亲和进修学习的台湾居民越来越多。为方便台湾居民入出境，福建省放宽申办5年和2年以下有效多次入出境签注、暂住加注条件。各市县公安局出入境管理部门，对符合条件的台湾居民，申请入出境办证时，简化手续，缩短时间。厦门市为方便暑期来大陆的台湾旅客落地办证，委托航空公司在飞机上分发“台胞落地办证申请表”，把服务延伸至飞机上，提高通关速度。同时，各地加大对台湾居民“非法入境”、“非法滞留”（简称“两非”）的查处力度。厦门市查处“两非”人员400人，其中非法入境占71％，非法滞留时间最长的达590天。“两非”人员以商人为主。是年，省厅将在大陆有违法犯罪行为和在台湾因刑事涉案逃来大陆的台湾居民12人，从海上遣送出境。
  2001年，福建省公安机关为金门、马祖地区居民来往大陆经商、旅游、探亲活动提供方便。10月，福建省规定，凡在福建省投资办企业金额达1000万美元以上，或年纳税达100万元以上，或热心公益事业、历年捐资助学或捐助社会公益事业在100万元以上的台湾居民（含其配偶、未成年子女）均可申请在闽定居。2002年5月，莆田市公安局圆满完成湄洲岛与金门、乌丘首航的108名台湾居民办证和落地签注任务。7月，经授权，泉州港成为福建省第四个为台湾居民办理入出境证件的对台通航口岸。
  2003年10月，省厅经授权审批、签发五年有效台湾居民来往大陆通行证；福州、厦门市公安局负责受理申请并签发台湾居民入出境签注。为此，省厅做好签发五年期台湾居民来往大陆通行证的各项准备工作。2004年4月，福建省扩大台湾居民来大陆长期居留和多次入出境签注范围，并进一步简化手续。5月，福建省正式启动签发五年期台湾居民来往大陆通行证。11月，福州市公安局台湾居民办证中心启动受理签注签发工作。是年，福建省还为已签订投资合约、协议或合同的台湾企业派遣的先期筹办人员，办理一年多次有效入出境签注和暂住加注，方便其来大陆考察市场、筹备生意等事宜。
  2005年，福建公安出入境管理部门根据闽台海上直航口岸往来人员大幅增多等情况，推出改进口岸直航办证、便利台湾居民办证的新举措。从福建沿海直航口岸入境的台湾居民，可事先通过互联网办理入境证件签注；办理一次入出境证件和执行两岸客运直航任务的船员、随船工作人员均不再限定入出境口岸。已在大陆的台湾居民申领换发、补发新的五年期台湾居民来往大陆通行证，无须再到窗口面见；不属首次申请办理居留签注手续的台湾居民，均不需要提供身体健康证明。台湾、金门、马祖、澎湖地区持五年期台湾居民来往大陆通行证的居民，均可按需申领一年多次入出境签注，无须再办理居留手续；在大陆投资、就业、培训和进行各种交流活动并在福建省停留一年以上、符合条件的台湾居民，可按需办理1－5年的居留签注，凭居留签注多次入出境，无须再办理来往大陆签注。年内，全省共签发五年期台湾居民来往大陆通行证11397本，是上年的五倍多。
  二、大陆居民往来台湾地区管理
  1992年5月，《中国公民往来台湾地区管理办法》（简称《管理办法》）施行。申请赴台的福建省居民，提供台湾入出境证件影印件或中国驻港机构确认的证明材料，公安机关均审批办理。赴台参加经济、科技、文化、教育、体育和学术交流的公职人员，经国务院台办批准后，由公安机关办理出入境手续。1993年，根据《管理办法》有关规定，福建省居民应邀赴台进行科技、文化、教育、卫生、体育、学术、新闻等交流活动，由地市公安处局直接受理审批发证。1996年9月，大陆居民往来台湾地区启用《大陆居民往来台湾地区通行证》。
  1998年2月，为解决大陆居民赴台后难以办理签注延期的问题，经批准，公安机关在签发通行证的同时，签发三年有效的往来台湾签注；超过三年的，公安机关可根据国台办批准的在台停留期限签发相应有效期的签注。1999年9月，台湾发生大地震，各级公安机关为急需赴台探望亲人、访问灾情的231名闽籍居民，紧急办理赴台手续。
  鉴于台湾驻澳门机构已按大陆要求更名注册，从2002年2月25日起，大陆居民获准赴台，可到澳门换领入台许可证原件，各地边防检查机关在出境查验时，准其从与香港、澳门通航的或毗邻的口岸出境，经香港、澳门赴台。5月25日，台湾“华航”发生空难事件，有闽籍居民不幸罹难。省厅紧急通知相关公安机关，受理赴台奔丧家属申请，无须提供入台许可证，一个工作日内办妥证件。9月17日，福建省文联组织的“民间文化团”急于18日赴金门参加“诗酒文化节”活动，来省厅申领《大陆居民往来台湾地区通行证》时，已到下班时间。经办民警急事急办，翌日办妥，使该团按时起程。
  2004年9月11日，省厅先后制定福建省居民赴金门、马祖、澎湖地区旅游出入境证件审批签发签注工作的实施意见和具体办法。12月7日，福建省居民赴金门旅游正式成行，首批3个团队55人，乘坐“同安号”客轮从厦门和平码头起程。2005年6月27日，福建省居民赴马祖旅游的首航团队从福州马尾港起航。年内，公安机关为福建省居民办理赴金马地区旅游出入境4052人次。
  三、内地居民往来港澳地区管理
  1990年，公安机关继续执行上年省厅制定的《公民因私前往香港定居审批工作制度》，并从往港澳地区定居审批入手，推行“两公开一监督制度”（公开审批条件、公开审批结果、接受群众监督）。1991年，根据公安部通知精神，全省公安机关对申请往港澳定居，实行受理申请、上报审批、审批结果“三榜公布”和申请条件、名额、批准名单“三公开”。期间，各地公安机关结合正常审批工作，查处一批诈骗、偷渡案件。
  1992年，各级公安机关进一步完善公开监督制度。厦门市公安局公布批准往港澳定居人员名单后，七天内无异议的，才正式发批准通知书；审批到香港会见台湾亲友的，五天内办结；多次因公往来香港的三天内办结。南平市公安局实行签注、办证、印鉴、发证四分开，加强内部制约机制。1993年，为便利持往来港澳通行证的福建省居民去港澳探亲，增加厦门海港为赴港探亲人员出境口岸。翌年，再增泉州后渚港和福州马尾港为持探亲签注人员往港出境口岸。为严格公民往港澳定居管理，省厅加强对各地市的审批制度和廉政制度的检查、监督。
  1995年，福建省公安机关加强往港澳单双程证件审批工作的管理。拨出专项指标，解决港澳居民与内地居民夫妻长期分居，以及未成年子女到港投靠父母问题。同时，取消窗口申领表格的条件限制，凡是符合法律规定的，即可向公安机关申请；实行工作公开制度，建立健全群众监督、执法监督等制度。
  1996年，福建省放宽遗留子女往港定居和无依靠老人投靠在港子女的限制，实行往港定居单程审批电脑打分制。同年，福建省增加“团体赴澳门旅游出境口岸”，省内居民参加澳门游或港澳游的旅游团队，凭公安机关签发的往来港澳通行证，可直接从与澳门通航的内地机场口岸出境。
  1997年，赴港澳地区审批工作坚持申请办法、审批条件、审批进度、收费标准“四统一”，全省联网，电脑打分。省厅每月划定一次上线名单传发各地，经核对无误后公布、发证。
  1998—1999年，全省公安机关推行警务公开。省厅多次邀请或接受内地新闻单位及港澳报刊的采访，发布或讲解新出台的管理政策。1999年4月，香港《文汇报》刊出“闽电脑计分赴港获好评，提高效率，公平公开，令申请者有序赴港”等内容的文章。《福建日报》、《海峡都市报》、《福建经济报》都及时报道福建居民赴港澳定居的分数线。省厅还在“96158”公安信息分台上设置出入境管理栏目，供申请人查阅。1999年，为鼓励和支持非国有企业赴港澳开展商务活动，福建省降低赴港澳商务签注申请条件，采取降低企业纳税数额限制、减少审批环节等措施，赴港澳商务活动的申请逐渐上升。下半年针对往港澳游人员滞留不归问题，省公安厅、旅游局联合下发《香港游管理暂行规定》，对滞留率较高的地区或组团旅行社，采取调控措施，暂停受理申请和组团权。
  2000年3月，公安部下达年度赴港澳商务签注配额。为用足配额，4月，福建省进一步放宽申办赴港澳商务签注条件，并简化手续。是月，公民申请赴港澳旅游的审批发证权，下放各设区市公安局，凭省内有组团权的五家旅行社出具的组团表及花名册受理申请。9月，福建省将公民申请赴港澳商务、培训、就业等签注审批权，下放各设区市公安局，并规定申请赴港商务等的条件和对象。国庆节期间，南靖万利达集团公司为加快新产品出口，扩大海外市场，临时决定赴香港参加电子产品展销会。漳州市公安局出入境管理部门主动上门办理手续，确保按期参展，为企业赢得商机和经济效益。
  2001年4月，福州市公安局在审批赴香港申请材料中，发现一批平潭县居民所提供的“香港入境事务处”签发的入境许可证均系伪造，从而查获一起“蛇头”组织内地居民赴港打工，并从中牟利的案件。5月，香港特区政府出台《输入内地专业人才计划》。各地公安机关受理福建“内地专业人才”赴港办证申请。同时，规定凡在澳门就读的自费学生，可向户口所在地公安机关申请办理往来港澳通行证及多次往返签注；凡年满65周岁再次申请赴港澳地区探亲的，可免交单位意见或者公安派出所意见。12月，福建省调整内地居民赴港澳地区商务签注有效期限规定，根据不同情况放宽签注的条件和时限。
  2002年，为贯彻《内地居民赴港澳地区定居审批管理工作规范》，省厅逐月公布全省往港澳地区定居人员名单，各地按规定及时公布本地名单，接受群众监督。对申请赴澳门定居夫妻团聚类的申请人，一律经澳门身份证明局进行婚姻状况核查后予以公布。全省公安机关进一步做好赴港澳地区商务一年、三年签注审批工作，有效期三个月以下的赴港澳商务申请取消纳税、创汇数额限制，实行按需申请。5月，福建率先启用新版往来港澳通行证，全省形成县（市、区）公安机关受理，设区市公安机关审批，省厅监督指导并集中制作、颁发的三级管理模式。是年，对赴港澳地区从事商务活动的企业人员进一步放宽条件，简化手续，并延长签注和停留时间。各市县公安机关对参加中旅国际旅行社有限公司组织赴港澳探亲旅游团的人员，办理往来港澳通行证及有效期为20天或28天的旅游签注。对内地居民赴港澳地区旅游和探亲，需要两次进入港澳的，审批、签发两次赴港澳的旅游签注。对赴港澳探望父母的18周岁以下的内地居民，公安机关可根据申请人的需要，签发三个月多次有效探亲签注。
  2003年，夫妻团聚类申请人携行子女的年龄放宽为18周岁。香港居民在内地收养的子女赴港定居申请，须将申请人及其收养人的身份证明、收养关系证明等有关资料报省厅转香港入境事务处核查，依法审批。对不符合往港澳定居条件，但又确有困难需要照顾的，经调查，逐级提出审核意见，上报公安部审批。4月，福建省对企业人员申请港澳商务签注审批签发管理工作作出若干补充规定。7月，福建省简化内地居民申请短期往来港澳地区审批手续。福州市公安局简化申请手续，由原县、市两级“见人验证”，减少为市级一次“见人验证”。
  2004年，福建省居民可凭外交部驻香港或澳门特派员公署出具的邀请函，到本人常住户口所在地公安机关申请办理有效期三个月的赴港、澳探亲签注。驻港澳地区中资机构人员的内地亲属探亲，可向其常住户口所在地公安机关申请往来港澳通行证和探亲签注。对申请赴港澳探望父母的内地居民，可根据申请人需要签发三个月多次有效赴港澳探亲签注。4月，公安部正式授权福州市（限市区）、厦门市、泉州市开展个人赴港澳地区旅游业务，7—12月，三市审批80682人次。3—10月，全省开展对内地居民在港澳地区从事违法活动的集中清查，组织专人对公安部公布的568名违法人员进行核查，其中持商务签注有违法行为的人员348人，相关违规企业62家；持旅游、探亲签注有违法行为的分别为126人、16人。公安机关对违法违规人员做出再出境限制及处罚决定。
  2005年11月，值出入境管理“两法”实施十周年之际，全省举行以“开放的国门迎世界”为主题的宣传活动，展示出入境管理工作持续不断地服务改革开放。