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一、沿海船舶与渔船民管理
  1990年，省公安边防总队下发《关于船只港口人口实行分类分层次管理意见的通知》。沿海公安边防部门对辖区船只和渔船民进行调查，及时掌握渔船民情况，并加强外来人口、重点地区和公共复杂场所管理，整顿充实治保组织。12月，省政府颁布《福建省沿海船舶港口边防治安管理暂行规定》。各级公安边防部门采取多种形式广泛宣传，并开展沿海船舶、渔船民和港澳口的全面普查和清理整顿工作，发放出海船舶户口簿近3万本、出海渔船民证12.8万张、增发出海渔船民变更卡13.4万张。各公安边防部门设立船管（检）站，选配船管（检）员；加强船舶、船员管理，取缔一批从事走私贩毒、偷私渡活动的“三无”船舶。
  1991年，全省公安边防部门根据省厅《关于开展沿海船舶港口治安整顿的通知》，对沿海船舶、港口进行全面清理整顿，对各类出海船舶以县（市、区）为单位统一进行编刷号，编刷号率达85％以上，基本达到船有号、人有证、证齐全。同时，全面整顿、新建一批船管（检）站，并对全省1300多个港澳口重新调整，划分3600多个停泊段。所有船只实行一船一档或一船一卡，并以3～6艘为单位重新编组编队，推行联防互保责任制，严格出海申报、归来报告制度。此后一段时期，因经费、人员等多种原因，船管站工作处于停顿、半停顿状态。
  1992—1993年，各地公安边防部门全面开展出海船舶、渔船民边防证件年审工作，进一步落实船只、港口、渔船民分类分层次管理措施，加强沿海地区外来人口以及重点乡村、港澳口的管理，增强沿海一线的管控和服务能力。1992年12月16日，石狮市航运公司的“锦江110号”运输船满载100多吨纸张、化肥从广州运往厦门，途经龙海鸡屎樵海面时突然触礁，船体破裂，船上11名船员处于险境，货物眼看就要潮湿报废。漳州市公安边防支队流会边防派出所接警后，立即派出官兵带领渔民驾5艘抢险船向出事海面冲去，在惊涛骇浪中与风浪搏斗20多分钟后，终于到达出事地点。抢险船几次擦礁而过，就在这生死关头，边防民警在渔民的帮助下不顾个人安危，边抢救遇险船员，边抢救物资。经过3个多小时的紧张搏斗，11名船员的生命和两万多元物资终于保住。事后，航运公司领导专程送来锦旗。
  1994年，省公安边防部门执行《福建省台湾船舶停泊点管理办法》、《闽台近洋渔工劳务合作办法》和《福建省沿海船舶边防治安管理条例》（简称《管理条例》）等地方法规，并针对沿海地区走私和偷私渡活动突出的状况，“陆上打、岸上堵、口岸查、海上截”，加强船舶、港澳口管理，严密沿海一线管控，开展重点路段、港澳口、重点海域巡查，加大口岸证照查验力度。
  1995年，沿海各边防支队根据省厅《关于换发新版〈出海船民证〉的通知》，本着“服务开放、方便群众、加强管理、确保安全”的原则，完成《出海船民证》、《临时出海船民证》换发新版和出海船舶、人员的边防证件年度审验工作。全省应审船只5万多艘，渔船民16万多人，年审率分别达到93％和92％。
  1996—1998年，各地公安边防部门继续以船舶管理为重点，加大边防治安管理和安全防范工作力度。全省船管工作实现人口和船舶档案规范化管理，部分单位实现人口、船舶档案微机管理。
  1999年，各地公安边防部门以贯彻落实《管理条例》为契机，开展为期3个月的船管专项清理整顿，全省恢复352个船管站，增设68个警务区和83个船管站，将沿海大部分船舶纳入管理视线，有效堵塞管理漏洞。2月，沿海各边防支队开展取缔“三无”船舶专项行动，查扣“三无”船舶和从事偷私渡活动及非法电炸鱼等船只百余艘，缴获一批炸药、雷管等爆炸物品。
  2000—2003年，各级边防部门贯彻执行公安部《沿海船舶边防治安管理规定》及《管理条例》，落实船舶管理制度，规范船管站建设，突出重点区域巡查管防。2002年9月20日，参加在厦门召开的第二次全国海防会议的代表，现场观摩该市曾厝垵边防派出所和下何船管站。下何船舶管理站设在何厝村，面对小金门，最近距离仅5250米。设站以来，10年累计检查登记进出港船舶2.3万多航次，协助边防派出所查获偷渡案件34起，查处治安案件120多起，参与抢险救助35起，挽回经济损失50多万元。2002年底，该站安装使用船舶自动监控管理系统，有效提高了管控能力。
  2003年，为维护沿海地区港澳口、码头治安秩序，全省公安边防部队开展清湾专项行动。在7月11日起第一周的集中统一行动中，检查各类出海船舶1.1万艘次2.3万人次，查处违章船舶600多艘，涉嫌走私、偷渡及其他违法船舶37艘。行动期间，公安边防部队根据管辖区域和职能分工，加强沟通协作，完善联防、联勤、联动工作机制。
  2004年，根据统一要求，各边防支队集中开展对全省沿海船舶、渔船民的年审工作，年审率均达90％以上。是年，省公安边防总队制定《关于警民共建“平安辖区（口岸）”的实施方案》，建立同省海洋与渔业局等相关职能部门的协作机制，构筑由沿海渔船民、群防群治组织参与的治安防控网络。同时，多次组织开展缉枪治爆、打黑除恶、缉毒等各类专项斗争，开展海上治安清查、打击走私和清理“三无”铁壳船、违规违法船舶等专项行动。
  2005年，省公安边防总队和省海洋与渔业局在漳州、泉州及福州、宁德的部分县市开展共建船管站试点工作，并联合下发《关于加强渔业船舶管理共建沿海乡镇船舶管理站工作意见的通知》。各地公安边防和海洋与渔业部门配合，共同研究制定共建的具体措施，形成工作合力。至年底，全省有站址的船管站共229个，占总数的57.4％。由于福建省沿海渔业经济的发展，小型渔业船舶数量成倍增长，原来的船管站已不适应。各地公安边防部门与相关部门协调，采取“村民自筹资金，警民相互联姻”的形式共建船管站，方便沿海渔船民办理进出港申报签证手续。
  二、靠泊台轮管理
  1990年以来，沿海各地边防工作站依据公安部《台湾渔船停泊点边防治安管理办法》和《福建省闽台近洋渔工劳务合作办法》，对已开放的台轮停泊点和闽台近洋渔工劳务输出开展治安管理等项工作。1993年，对来靠台轮和台湾居民信息实行微机管理。1995年，省公安边防总队下发《关于停泊点台湾船舶规范管理的规定》，全面规范台轮来靠、检查监护、证件签发等，做好服务工作。
  1999年5月，经国务院批准，厦门市同安区大嶝镇成立全国第一个对台小额商品免税市场。6年中，接待海内外游客达150万人次。公安边防部门检查监护来靠的台轮300多航次。
  2001年4月，省公安边防总队下发《台轮停泊点及闽台近洋渔工劳务输出规范化管理试点工作实施方案》，并在宁德公安边防支队沙埕边防工作站开展试点。该站围绕“放宽、简化、方便、服务”的原则，从提供优质服务入手，推出改变停泊方式、简化办证手续、缩短办证时间等措施，服务闽台经贸。省公安边防总队及时总结推广该试点工作经验。全省各边防工作站根据统一部署，对来靠台轮台胞实行电脑联网管理，同时，本着“服务对台开放，促进两岸‘三通’”的原则，对来靠台轮进一步简化手续，实行全天候值班制度，接受报警、求助、办事、咨询；公布办事指南，公开收费标准，接受监督，管理人员按照台轮管理工作制度和有关规定，不断提高服务质量和防控能力。
  2003年11月17日凌晨，一艘航行在石狮市永宁附近海域的台轮因机器故障失去动力，遂发出求救信号。永宁边防派出所获悉后，立即通过专用电台呼叫在失事台轮附近作业的渔船前往出事海域救助，同时边防官兵迅速出海营救。8时06分，终于将遇险台轮拖回梅林码头，该船船员全部获救。随后，官兵们将获救船员妥善安置，并联系维修人员对损坏的台轮进行抢修。
  2004年8月3日，省公安边防总队南青屿边防工作站执勤战士，在对申请离岸的“福茂36号”台轮进行例行检查时，发现船长神色慌张，正待询问时其纵身跳海，边防官兵随即在海中将其擒获，并打捞出其丢入海中的2包冰毒（1000克）。根据该船长供述，边防官兵从该轮和其在福清市东翰镇的住所缴获18包冰毒。
  2005年，各边防工作站坚持以“服务台胞，促进闽台贸易”为出发点，做好台轮的来靠检查、监护工作，使其来时舒心，走时满意。
  1990—2005年，全省沿海各台轮停泊点共泊靠台轮15万多艘次，接待台湾居民近58万人次，其中贸易台轮占来靠台轮总数的1/4，边防官兵为台轮台胞做好事约两万件，抢救遇险台轮426艘次、956人次，挽回经济损失4000多万元。在此期间，查处部分台湾居民涉嫌偷私渡、贩毒、贩枪、走私等违法犯罪案件400多起。
  三、边境治安管理
  1990—1995年，各级公安边防部门按照“什么问题突出就重点解决什么问题”的原则，适时开展反偷渡、打击走私、扫黄等专项斗争，有重点地组织开展治安会战，严厉打击贩卖毒品、枪支和情报资料以及海上抢劫、强买强卖等违法犯罪活动，实施沿海地区农村社会治安整治工作。1995年7月，福州市公安边防支队破获一起贩毒贩枪大案，缴获军用手枪8支、冰毒5000克。11月，罗源县公安边防大队破获一起冒充边防官兵在海上抢劫的案件，当场抓获犯罪嫌疑人，缴获假边防工作证、船舶检查证、手铐等作案工具和罪证。经不间断地严打整治，加强治安管理和防范工作，沿海地区和海上治安基本稳定。公安边防部门不断探索边境治安管理的有效方法，建立、完善“打击、防范、管理、建设”的多种措施，推进社会治安综合治理。
  1996年，各地公安边防部门在落实各项管防措施的同时，加强边防派出所（工作站）业务建设，广泛开展模范执法、文明执勤活动，妥善处理一批海上渔事和沿海滩涂纠纷。11月，东山县杏林镇后林村雇佣前楼镇下西坑及诏安林头等村的16艘渔船到东山与云霄海上交会处的五屿附近生产，与云霄县礁尾村浅海承包者发生冲突，林头村渔船被礁尾村铁壳船上的人用手炮炸沉，船上14名船员全部落水，死亡1人。事件发生后，当地政府和公安机关迅速赶到现场平息事态并妥善处理善后工作。
  1997—1998年，各地公安边防部门开展以反偷私渡为重点的专项打击整治行动，以“破大案、追逃犯、挖团伙”为主线，重点打击带有黑社会性质的犯罪团伙和流氓恶势力，不断开展扫黄禁赌、禁毒等工作。同时，开展创建沿海地区“安全文明村居”和“安全文明港澳口”活动，推进群防群治队伍和安全防范网络建设，落实军、警、民联防措施。全省公安边防部门深化勤务机制改革，沿海边防派出所逐步把工作重心转移到管理、防范方面，加强基层基础建设。1998年，宁德市公安边防支队三都边防派出所根据辖区养殖业迅猛发展，海上治安问题凸显的现状，将警务前移，在案件多发的青山养殖区创建全国第一个海上警务区，建立集管理、防范、打击、服务为一体的海上治安管理新模式，探索总结出“经济发展到哪里，保障工作就跟进到哪里；治安热点在哪里，管理工作就跟进到哪里；人民需要在哪里，服务工作就跟进到哪里”的“三个跟进”和一套创建海上平安社区、确保辖区安全、服务地方经济社会发展的工作经验。
  2000年，按照公安部“逐步实行全线边防管理，减少失控”的要求，沿海边防支队陆续新组建8个边防派出所和27个边防工作站，将沿海船舶、港澳口全部纳入边防管理。沿海公安边防部队贯彻全省边境管理工作会议精神，按照“巩固、充实、完善、提高”的原则，围绕公安部和省厅进一步加强公安派出所基础工作的意见和规划，采取以点带线、以线带面的方法，全面推动基层业务基础建设工作。各边防派出所（工作站）深入开展创建“安全文明港澳口”、“安全文明村居”活动，指导治保会、联防队、护村队、船管站等群防群治组织，加强沿海管控和海面巡查纠处力度，并实行受理案件、报警求助、办事流程卡制度，推行办事指南卡、民警去向牌等警务公开措施，增强工作透明度，不断提升执法为民的能力和水平。
  2001年，各边防派出所按照省公安边防总队《公安边防派出所责任区警官“辖区通”活动量化考评标准（试行）》，组织开展“辖区通”工作，落实警官下责任区工作制度。责任区警官结合日常工作深入辖区走访调查，了解和掌握辖区实有人口、港澳口、码头、地形地貌、重点部位等基本情况，促进管防工作落实。同时，规范全省边防派出所（工作站）警务服务大厅建设，设立便民服务台，方便群众办事。
  2002年，各边防派出所结合开展安全社区和无毒害社区工作，按照公安部《公安派出所执法执勤工作规范》的要求，落实责任制，规范社区警务运作机制和基础台账。责任区民警以警务室为依托，开展经常性工作，密切警政警民关系。厦门市公安边防支队曾厝垵边防派出所警务前移，服务靠前，在厦门大学学生公寓设立社区警务工作室，为厦门大学师生营造良好的治安环境。
  2003年，全省公安边防部队深入推广学习宁德三都边防派出所“践行‘三个代表’、坚持‘三个跟进’”的先进典型经验，并根据统一部署，开展“立警为公、执法为民”教育整顿活动。年内，全省边防派出所的警务服务厅公开服务承诺制度，设置办事明白台、预约民警台、便民服务台，提供各类表格的填写范本，并将群众想知、需知、常遇到的事项录入触摸屏计算机，供群众随时查询。同时，在各警务区建立永久性公开栏、服务指南，设立投诉、举报电话和意见箱、监督台，发放警民联系卡，为群众提供各种服务。各边防派出所普遍推行警务区警长负责制，实行“一区多警”模式。
  2004年，全省公安边防部队深入开展“人民满意派出所”活动，进一步延伸为民服务内容，提高服务水平。同时，落实《公安边防派出所工作规范》，规范实有人口、治安管理、执法办案、业务基础台账等基础工作，完善警务服务厅、治安案件公开调解裁决室、候问室、警务公开栏、警务室（区）等硬件设施。推广泉州边防支队警务区警长负责制的经验，通过开展评选百名“辖区通”警官和“十名边防派出所好所长、好教导员”等活动，及组织警务区警官参加岗位培训，提升业务素质。为加大边防派出所保障力度，省公安边防总队为全省一、二级边防派出所统一配发防弹衣等警用装备，解决基层边防派出所警用装备和个人防护器材短缺问题。
  2005年，在深入开展边防派出所等级评定、“辖区通”以及边防、行政派出所“结对子”、学讲当地方言等活动的同时，根据统一部署，全省边防派出所从7月开始集中开展为期一年的“三访四见”[访贫问苦、访疾问难、访外（外来人员）问弱（弱势群体）；人民群众对边防民警看见、敢见、愿见、想见]活动。活动期间，走访辖区及驻地孤寡老人、残疾人、贫困户、下岗职工等弱势群体（家庭）4.4万多人（户）；走访外来务工人员12万多人、出租屋1万多处；走访有人居住的山头、岛屿、林区和其他生产作业点、养殖点等场所4000多处；走访监管对象上千人；访查了解群众困难近2000个，其中涉及边防管理的280个问题全部得到妥善解决。通过开展“三访四见”活动，入室盗窃、抢劫等可防性案件得到遏制，偷渡、贩毒等跨境违法犯罪现象减少，涉外事件减少，人民群众的安余感增强。《人民公安报》等新闻媒体，专版报道福建省公安边防总队“三访四见”活动的经验。是年夏秋季，“海棠”、“泰利”、“龙王”等台风陆续在福建登陆，公安边防部队官兵全力奋战在抗击台风一线，开展台风防御、抢险救灾和灾后重建工作，帮助转移渔船民、海上养殖人员及低洼地带、危房、易滑坡地区群众3.4万人，加固渔排、养殖网箱1万多个，组织1.2万艘船只返港避风，抢救遇险群众1000多人，挽回经济损失5500多万元。
  年内，各边防派出所以“规范执法行为、促进执法公正”活动为载体，以建设“平安辖区”为主线，深入开展集中打击赌博、收枪治爆、整治街面违法犯罪“百日大会战”和“禁毒人民战争”等专项行动，大力整治社会治安秩序，解决治安突出问题。是年，全省有127个边防派出所上等级，其中8个所被公安部评为一级所，28个所被省厅评为二级所，91个所评为三级所。