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1990年以来，福建省公安边防部队坚持一手抓公安边防业务工作，一手抓部队正规化建设，充分发挥职能作用，加强沿海地区治安管理，开展以反偷私渡、打击走私、缉枪缉毒、出入境边防检查为重点的公安边防保卫工作。按照“狠抓队伍建设不动摇、狠抓边防业务不放松、狠抓机制创新不停滞”的总体要求和“强班子、固基础、精管理、建机制、促发展”的工作思路，不断完善工作措施，创新工作模式，注重标本兼治，推进综合治理，为“建设对外开放、协调发展、全面繁荣的海峡西岸经济区”服务。福建公安边防部队涌现出被国务院、中央军委授予“爱民固边模范边防派出所”的宁德三都边防派出所和全国“青年文明号”、被誉为“国门女警一枝花”的福州机场边防检查站女子旅检科等大批先进典型；11位烈士为边海防事业献出宝贵的生命。
  第一节 边境管理
  一、沿海船舶与渔船民管理
  1990年，省公安边防总队下发《关于船只港口人口实行分类分层次管理意见的通知》。沿海公安边防部门对辖区船只和渔船民进行调查，及时掌握渔船民情况，并加强外来人口、重点地区和公共复杂场所管理，整顿充实治保组织。12月，省政府颁布《福建省沿海船舶港口边防治安管理暂行规定》。各级公安边防部门采取多种形式广泛宣传，并开展沿海船舶、渔船民和港澳口的全面普查和清理整顿工作，发放出海船舶户口簿近3万本、出海渔船民证12.8万张、增发出海渔船民变更卡13.4万张。各公安边防部门设立船管（检）站，选配船管（检）员；加强船舶、船员管理，取缔一批从事走私贩毒、偷私渡活动的“三无”船舶。
  1991年，全省公安边防部门根据省厅《关于开展沿海船舶港口治安整顿的通知》，对沿海船舶、港口进行全面清理整顿，对各类出海船舶以县（市、区）为单位统一进行编刷号，编刷号率达85％以上，基本达到船有号、人有证、证齐全。同时，全面整顿、新建一批船管（检）站，并对全省1300多个港澳口重新调整，划分3600多个停泊段。所有船只实行一船一档或一船一卡，并以3～6艘为单位重新编组编队，推行联防互保责任制，严格出海申报、归来报告制度。此后一段时期，因经费、人员等多种原因，船管站工作处于停顿、半停顿状态。
  1992—1993年，各地公安边防部门全面开展出海船舶、渔船民边防证件年审工作，进一步落实船只、港口、渔船民分类分层次管理措施，加强沿海地区外来人口以及重点乡村、港澳口的管理，增强沿海一线的管控和服务能力。1992年12月16日，石狮市航运公司的“锦江110号”运输船满载100多吨纸张、化肥从广州运往厦门，途经龙海鸡屎樵海面时突然触礁，船体破裂，船上11名船员处于险境，货物眼看就要潮湿报废。漳州市公安边防支队流会边防派出所接警后，立即派出官兵带领渔民驾5艘抢险船向出事海面冲去，在惊涛骇浪中与风浪搏斗20多分钟后，终于到达出事地点。抢险船几次擦礁而过，就在这生死关头，边防民警在渔民的帮助下不顾个人安危，边抢救遇险船员，边抢救物资。经过3个多小时的紧张搏斗，11名船员的生命和两万多元物资终于保住。事后，航运公司领导专程送来锦旗。
  1994年，省公安边防部门执行《福建省台湾船舶停泊点管理办法》、《闽台近洋渔工劳务合作办法》和《福建省沿海船舶边防治安管理条例》（简称《管理条例》）等地方法规，并针对沿海地区走私和偷私渡活动突出的状况，“陆上打、岸上堵、口岸查、海上截”，加强船舶、港澳口管理，严密沿海一线管控，开展重点路段、港澳口、重点海域巡查，加大口岸证照查验力度。
  1995年，沿海各边防支队根据省厅《关于换发新版〈出海船民证〉的通知》，本着“服务开放、方便群众、加强管理、确保安全”的原则，完成《出海船民证》、《临时出海船民证》换发新版和出海船舶、人员的边防证件年度审验工作。全省应审船只5万多艘，渔船民16万多人，年审率分别达到93％和92％。
  1996—1998年，各地公安边防部门继续以船舶管理为重点，加大边防治安管理和安全防范工作力度。全省船管工作实现人口和船舶档案规范化管理，部分单位实现人口、船舶档案微机管理。
  1999年，各地公安边防部门以贯彻落实《管理条例》为契机，开展为期3个月的船管专项清理整顿，全省恢复352个船管站，增设68个警务区和83个船管站，将沿海大部分船舶纳入管理视线，有效堵塞管理漏洞。2月，沿海各边防支队开展取缔“三无”船舶专项行动，查扣“三无”船舶和从事偷私渡活动及非法电炸鱼等船只百余艘，缴获一批炸药、雷管等爆炸物品。
  2000—2003年，各级边防部门贯彻执行公安部《沿海船舶边防治安管理规定》及《管理条例》，落实船舶管理制度，规范船管站建设，突出重点区域巡查管防。2002年9月20日，参加在厦门召开的第二次全国海防会议的代表，现场观摩该市曾厝垵边防派出所和下何船管站。下何船舶管理站设在何厝村，面对小金门，最近距离仅5250米。设站以来，10年累计检查登记进出港船舶2.3万多航次，协助边防派出所查获偷渡案件34起，查处治安案件120多起，参与抢险救助35起，挽回经济损失50多万元。2002年底，该站安装使用船舶自动监控管理系统，有效提高了管控能力。
  2003年，为维护沿海地区港澳口、码头治安秩序，全省公安边防部队开展清湾专项行动。在7月11日起第一周的集中统一行动中，检查各类出海船舶1.1万艘次2.3万人次，查处违章船舶600多艘，涉嫌走私、偷渡及其他违法船舶37艘。行动期间，公安边防部队根据管辖区域和职能分工，加强沟通协作，完善联防、联勤、联动工作机制。
  2004年，根据统一要求，各边防支队集中开展对全省沿海船舶、渔船民的年审工作，年审率均达90％以上。是年，省公安边防总队制定《关于警民共建“平安辖区（口岸）”的实施方案》，建立同省海洋与渔业局等相关职能部门的协作机制，构筑由沿海渔船民、群防群治组织参与的治安防控网络。同时，多次组织开展缉枪治爆、打黑除恶、缉毒等各类专项斗争，开展海上治安清查、打击走私和清理“三无”铁壳船、违规违法船舶等专项行动。
  2005年，省公安边防总队和省海洋与渔业局在漳州、泉州及福州、宁德的部分县市开展共建船管站试点工作，并联合下发《关于加强渔业船舶管理共建沿海乡镇船舶管理站工作意见的通知》。各地公安边防和海洋与渔业部门配合，共同研究制定共建的具体措施，形成工作合力。至年底，全省有站址的船管站共229个，占总数的57.4％。由于福建省沿海渔业经济的发展，小型渔业船舶数量成倍增长，原来的船管站已不适应。各地公安边防部门与相关部门协调，采取“村民自筹资金，警民相互联姻”的形式共建船管站，方便沿海渔船民办理进出港申报签证手续。
  二、靠泊台轮管理
  1990年以来，沿海各地边防工作站依据公安部《台湾渔船停泊点边防治安管理办法》和《福建省闽台近洋渔工劳务合作办法》，对已开放的台轮停泊点和闽台近洋渔工劳务输出开展治安管理等项工作。1993年，对来靠台轮和台湾居民信息实行微机管理。1995年，省公安边防总队下发《关于停泊点台湾船舶规范管理的规定》，全面规范台轮来靠、检查监护、证件签发等，做好服务工作。
  1999年5月，经国务院批准，厦门市同安区大嶝镇成立全国第一个对台小额商品免税市场。6年中，接待海内外游客达150万人次。公安边防部门检查监护来靠的台轮300多航次。
  2001年4月，省公安边防总队下发《台轮停泊点及闽台近洋渔工劳务输出规范化管理试点工作实施方案》，并在宁德公安边防支队沙埕边防工作站开展试点。该站围绕“放宽、简化、方便、服务”的原则，从提供优质服务入手，推出改变停泊方式、简化办证手续、缩短办证时间等措施，服务闽台经贸。省公安边防总队及时总结推广该试点工作经验。全省各边防工作站根据统一部署，对来靠台轮台胞实行电脑联网管理，同时，本着“服务对台开放，促进两岸‘三通’”的原则，对来靠台轮进一步简化手续，实行全天候值班制度，接受报警、求助、办事、咨询；公布办事指南，公开收费标准，接受监督，管理人员按照台轮管理工作制度和有关规定，不断提高服务质量和防控能力。
  2003年11月17日凌晨，一艘航行在石狮市永宁附近海域的台轮因机器故障失去动力，遂发出求救信号。永宁边防派出所获悉后，立即通过专用电台呼叫在失事台轮附近作业的渔船前往出事海域救助，同时边防官兵迅速出海营救。8时06分，终于将遇险台轮拖回梅林码头，该船船员全部获救。随后，官兵们将获救船员妥善安置，并联系维修人员对损坏的台轮进行抢修。
  2004年8月3日，省公安边防总队南青屿边防工作站执勤战士，在对申请离岸的“福茂36号”台轮进行例行检查时，发现船长神色慌张，正待询问时其纵身跳海，边防官兵随即在海中将其擒获，并打捞出其丢入海中的2包冰毒（1000克）。根据该船长供述，边防官兵从该轮和其在福清市东翰镇的住所缴获18包冰毒。
  2005年，各边防工作站坚持以“服务台胞，促进闽台贸易”为出发点，做好台轮的来靠检查、监护工作，使其来时舒心，走时满意。
  1990—2005年，全省沿海各台轮停泊点共泊靠台轮15万多艘次，接待台湾居民近58万人次，其中贸易台轮占来靠台轮总数的1/4，边防官兵为台轮台胞做好事约两万件，抢救遇险台轮426艘次、956人次，挽回经济损失4000多万元。在此期间，查处部分台湾居民涉嫌偷私渡、贩毒、贩枪、走私等违法犯罪案件400多起。
  三、边境治安管理
  1990—1995年，各级公安边防部门按照“什么问题突出就重点解决什么问题”的原则，适时开展反偷渡、打击走私、扫黄等专项斗争，有重点地组织开展治安会战，严厉打击贩卖毒品、枪支和情报资料以及海上抢劫、强买强卖等违法犯罪活动，实施沿海地区农村社会治安整治工作。1995年7月，福州市公安边防支队破获一起贩毒贩枪大案，缴获军用手枪8支、冰毒5000克。11月，罗源县公安边防大队破获一起冒充边防官兵在海上抢劫的案件，当场抓获犯罪嫌疑人，缴获假边防工作证、船舶检查证、手铐等作案工具和罪证。经不间断地严打整治，加强治安管理和防范工作，沿海地区和海上治安基本稳定。公安边防部门不断探索边境治安管理的有效方法，建立、完善“打击、防范、管理、建设”的多种措施，推进社会治安综合治理。
  1996年，各地公安边防部门在落实各项管防措施的同时，加强边防派出所（工作站）业务建设，广泛开展模范执法、文明执勤活动，妥善处理一批海上渔事和沿海滩涂纠纷。11月，东山县杏林镇后林村雇佣前楼镇下西坑及诏安林头等村的16艘渔船到东山与云霄海上交会处的五屿附近生产，与云霄县礁尾村浅海承包者发生冲突，林头村渔船被礁尾村铁壳船上的人用手炮炸沉，船上14名船员全部落水，死亡1人。事件发生后，当地政府和公安机关迅速赶到现场平息事态并妥善处理善后工作。
  1997—1998年，各地公安边防部门开展以反偷私渡为重点的专项打击整治行动，以“破大案、追逃犯、挖团伙”为主线，重点打击带有黑社会性质的犯罪团伙和流氓恶势力，不断开展扫黄禁赌、禁毒等工作。同时，开展创建沿海地区“安全文明村居”和“安全文明港澳口”活动，推进群防群治队伍和安全防范网络建设，落实军、警、民联防措施。全省公安边防部门深化勤务机制改革，沿海边防派出所逐步把工作重心转移到管理、防范方面，加强基层基础建设。1998年，宁德市公安边防支队三都边防派出所根据辖区养殖业迅猛发展，海上治安问题凸显的现状，将警务前移，在案件多发的青山养殖区创建全国第一个海上警务区，建立集管理、防范、打击、服务为一体的海上治安管理新模式，探索总结出“经济发展到哪里，保障工作就跟进到哪里；治安热点在哪里，管理工作就跟进到哪里；人民需要在哪里，服务工作就跟进到哪里”的“三个跟进”和一套创建海上平安社区、确保辖区安全、服务地方经济社会发展的工作经验。
  2000年，按照公安部“逐步实行全线边防管理，减少失控”的要求，沿海边防支队陆续新组建8个边防派出所和27个边防工作站，将沿海船舶、港澳口全部纳入边防管理。沿海公安边防部队贯彻全省边境管理工作会议精神，按照“巩固、充实、完善、提高”的原则，围绕公安部和省厅进一步加强公安派出所基础工作的意见和规划，采取以点带线、以线带面的方法，全面推动基层业务基础建设工作。各边防派出所（工作站）深入开展创建“安全文明港澳口”、“安全文明村居”活动，指导治保会、联防队、护村队、船管站等群防群治组织，加强沿海管控和海面巡查纠处力度，并实行受理案件、报警求助、办事流程卡制度，推行办事指南卡、民警去向牌等警务公开措施，增强工作透明度，不断提升执法为民的能力和水平。
  2001年，各边防派出所按照省公安边防总队《公安边防派出所责任区警官“辖区通”活动量化考评标准（试行）》，组织开展“辖区通”工作，落实警官下责任区工作制度。责任区警官结合日常工作深入辖区走访调查，了解和掌握辖区实有人口、港澳口、码头、地形地貌、重点部位等基本情况，促进管防工作落实。同时，规范全省边防派出所（工作站）警务服务大厅建设，设立便民服务台，方便群众办事。
  2002年，各边防派出所结合开展安全社区和无毒害社区工作，按照公安部《公安派出所执法执勤工作规范》的要求，落实责任制，规范社区警务运作机制和基础台账。责任区民警以警务室为依托，开展经常性工作，密切警政警民关系。厦门市公安边防支队曾厝垵边防派出所警务前移，服务靠前，在厦门大学学生公寓设立社区警务工作室，为厦门大学师生营造良好的治安环境。
  2003年，全省公安边防部队深入推广学习宁德三都边防派出所“践行‘三个代表’、坚持‘三个跟进’”的先进典型经验，并根据统一部署，开展“立警为公、执法为民”教育整顿活动。年内，全省边防派出所的警务服务厅公开服务承诺制度，设置办事明白台、预约民警台、便民服务台，提供各类表格的填写范本，并将群众想知、需知、常遇到的事项录入触摸屏计算机，供群众随时查询。同时，在各警务区建立永久性公开栏、服务指南，设立投诉、举报电话和意见箱、监督台，发放警民联系卡，为群众提供各种服务。各边防派出所普遍推行警务区警长负责制，实行“一区多警”模式。
  2004年，全省公安边防部队深入开展“人民满意派出所”活动，进一步延伸为民服务内容，提高服务水平。同时，落实《公安边防派出所工作规范》，规范实有人口、治安管理、执法办案、业务基础台账等基础工作，完善警务服务厅、治安案件公开调解裁决室、候问室、警务公开栏、警务室（区）等硬件设施。推广泉州边防支队警务区警长负责制的经验，通过开展评选百名“辖区通”警官和“十名边防派出所好所长、好教导员”等活动，及组织警务区警官参加岗位培训，提升业务素质。为加大边防派出所保障力度，省公安边防总队为全省一、二级边防派出所统一配发防弹衣等警用装备，解决基层边防派出所警用装备和个人防护器材短缺问题。
  2005年，在深入开展边防派出所等级评定、“辖区通”以及边防、行政派出所“结对子”、学讲当地方言等活动的同时，根据统一部署，全省边防派出所从7月开始集中开展为期一年的“三访四见”[访贫问苦、访疾问难、访外（外来人员）问弱（弱势群体）；人民群众对边防民警看见、敢见、愿见、想见]活动。活动期间，走访辖区及驻地孤寡老人、残疾人、贫困户、下岗职工等弱势群体（家庭）4.4万多人（户）；走访外来务工人员12万多人、出租屋1万多处；走访有人居住的山头、岛屿、林区和其他生产作业点、养殖点等场所4000多处；走访监管对象上千人；访查了解群众困难近2000个，其中涉及边防管理的280个问题全部得到妥善解决。通过开展“三访四见”活动，入室盗窃、抢劫等可防性案件得到遏制，偷渡、贩毒等跨境违法犯罪现象减少，涉外事件减少，人民群众的安余感增强。《人民公安报》等新闻媒体，专版报道福建省公安边防总队“三访四见”活动的经验。是年夏秋季，“海棠”、“泰利”、“龙王”等台风陆续在福建登陆，公安边防部队官兵全力奋战在抗击台风一线，开展台风防御、抢险救灾和灾后重建工作，帮助转移渔船民、海上养殖人员及低洼地带、危房、易滑坡地区群众3.4万人，加固渔排、养殖网箱1万多个，组织1.2万艘船只返港避风，抢救遇险群众1000多人，挽回经济损失5500多万元。
  年内，各边防派出所以“规范执法行为、促进执法公正”活动为载体，以建设“平安辖区”为主线，深入开展集中打击赌博、收枪治爆、整治街面违法犯罪“百日大会战”和“禁毒人民战争”等专项行动，大力整治社会治安秩序，解决治安突出问题。是年，全省有127个边防派出所上等级，其中8个所被公安部评为一级所，28个所被省厅评为二级所，91个所评为三级所。
  第二节 边防检查
  20世纪90年代，各公安边防检查站依据《中华人民共和国出境入境边防检查条例》及相关规定，对出入境人员及交通运输工具实施边防检查。边检站工作人员实行现役制。1998年7月，根据国务院关于在北京等九城市实行边防检查职业化改革试点方案的批复精神，中华人民共和国厦门出入境边防检查总站成立，隶属公安部，下辖高崎、厦门两个出入境边防检查站（厦门边检站2001年更名为东渡边检站），现役警官均转为职业制警察，两站担负厦门海空口岸出入境人员、交通运输工具的检查及“厦金直航”出入境边防检查任务。其他边检站不变，仍为现役制。2005年，全省公安边防检查站检查出入境人员270多万人次。
  一、海港口岸检查
  1990—1991年，福建省口岸偷渡活动较突出。各海港边检站证件检查实行双人验证，对航行日本航线的国际航行船舶，实施船体全方位检查和船员集中点验，对在港外轮实施武装监护。1991年2月，时值海湾战争期间，由30个国家的学者、记者组成的联合国“海上丝绸之路”考察队乘阿曼苏丹国王提供的“和平号”考察船抵达泉州后渚港，对泉州进行为期5天的考察活动。泉州边检站官兵对船舶实行24小时梯口武装监护，确保安全。
  1992—1993年，为适应改革开放的需要，海港边检站对入出境船舶、员工的检查、监护、管理和有关规章制度进行改革，采取随到随检、边航行边检查等措施，缩短船舶检查时间。为方便船舶入出境装卸货物，对不同国籍的船只监管实行巡视、监管和监护三种形式，方便船方和货主。1993年12月，泉州港恢复客轮通航香港，泉州边检站担负出入境边防检查之责。
  1994年，各海港边检站对出入境船舶，实行岸上办理边防检查手续和分水域检查相结合的办法。外轮监护方式也相应调整，对在锚地待泊的外轮实施巡逻巡视，对停靠专业码头作业的外轮实施监管，对在锚地作业的外轮实施监护。
  1995年，根据国务院相继颁布的《国际航行船舶进出中华人民共和国口岸检查办法》和《中华人民共和国出境入境边防检查条例》，各边检站结合口岸实际，制定船舶进出港边防检查办法，规定登轮检查范围，对在港的出入境船舶进行定期或不定期的巡逻巡视，及时发现、纠正和处理船舶违规违章事件，堵塞管理漏洞。
  1996—1997年，为方便船舶入出境，各海港边检站规范检查、监护、办案等各项具体勤务程序。对出口日本的集装箱实施自查报告制度，对航行日本航线的船舶实施船体检查。同时，加强对停靠二类口岸和专业（货主）码头作业生产的船舶的检查管理，防范和打击口岸的偷渡活动，保证船舶安全生产和有序进出。
  1998年，各海港边检站根据省公安边防总队《改进边防检查工作六项措施》，对入出境船舶查验各个环节均作出明确规定，使检查程序清楚，工作权限明确，并向社会公开服务承诺，全天候服务，船舶检查手续随到随检。
  1999年，各边检站贯彻执行《出入境边防检查行政处罚程序规定（试行）》、《出入境边防检查港口巡查工作执勤规范》，严格各项业务，查处违法违规行为。6月，根据国家外经贸部等六部门下发的紧急通知精神，省公安边防总队和厦门出入境边防检查总站联合发出通知，规范本省对台远洋渔轮渔工劳务检查管理工作。
  2000年，各海港边检站依照公安部的业务规范要求，把业务规范化建设和“为人民服务、树边检新风”活动有机结合，先后制定实施《登轮检查勤务规范》、《外轮监护勤务规范》、《办案程序规范》等勤务制度，并深化检查制度改革，对口岸的巡视巡查，由每天上下午各一次，变为每天四次；开展“信得过船舶”评选活动，获得“信得过船舶”的，优先办理入出境手续，创造“快捷、高效、有序”的通关环境。4月，亚洲最大的邮轮“狮子星号”首航厦门。为提高验放速度，设置10条通道，采取“先查后录、先放后办”的方式进行检查，历时70分钟，查验旅客和员工近3000人次。7月，经批准，厦门边检站查验持用《港澳同胞回乡证》随“狮子星号”邮轮入出厦门口岸的旅客，参照持用《香港居民来往内地通行证》的检查方法，不再在《回乡证》上加盖出入境验讫章，而是加盖在经核准的船方提供的旅客名单上。如有旅客因特殊原因要求离船搭乘其他交通运输工具出境的，则按正常程序办理入境手续。
  2001年，各海港边检站根据国务院办公厅《关于进一步提高口岸工作效率的通知》，在严格登轮检查审批手续，规范船体检查条件、程序的基础上，将登轮检查比例由20％降至10％，控制检查时间，保证在船方预报起航时间前完成船体检查工作。
  2002—2003年，为适应对外交流不断扩大、建设“大通关”的需要，福建公安边检部门配套出台《代理报检工作规范》，实行代理资格证培训管理制度。各海港边检站在港区建立边检执勤岗亭与巡视巡查值班室，派驻警力全天候值班，加大巡视巡查密度，并建立港区视频监控系统。随着边检监管措施的完善，边检监管区域内的违规事件由原每年近100起200人次，降至2003年的18起31人次。
  2004年3月，台湾当局公布大陆地区居民进入台湾地区许可办法，允许大陆船员因航运任务在台湾地区登、离船，出入台湾的有关手续由台湾航运公司或外国船公司在台湾的代理负责办理。为方便大陆船员赴台登船工作，边防检查站经批准对经港澳赴台登船从事航运工作的大陆船员，参照赴香港或途经香港登船的做法，凭海员证和海员出境证明为其办理出境边防检查手续。是年，各海港边检站以开展“争创执法为民窗口、争当执法为民标兵”（合称“双争”）活动为主线，不断推出勤务改革新举措。福州边检站为适应口岸应急救援体系建设的需要，推出“绿色通道”服务，急事急办、特事特办。年内及时救助遇险船舶和受伤患病的入出境人员30多次。
  2005年5月，公安部出入境管理局发出通知，进一步放宽境外船员登陆住宿限制。6月，各海港边检站开始签发新版船员登陆证和台湾船员登陆证，外国籍船员凭船员登陆证、台湾船员凭加注“准予登陆住宿”的台湾船员登陆证登陆住宿。船舶在港期间，持证船员可随时登陆，在船舶停靠地区活动，船舶离港前必须返船。8月，根据公安部出入境管理局《关于进一步加强港口边防检查工作有关问题的通知》，各海港边检站加强和规范港口边防检查管理工作。加大登船检查及证件核查力度；视情实施船体检查；重点抽查来自偷渡高发区和运往日韩欧美等航线的集装箱，对铅封损坏、箱体有可疑补丁等集装箱开箱检查。10月，各海港边检站正式在海港口岸对办证、查验窗口实行七天工作制和全天候值班制度，为码头公司、船舶营运企业、代理公司等企业提供便利。
  二、空港口岸检查
  1990—1993年，福建省空港口岸的航班和客流量不断增加，机场边检站在出境检查中采用双岗检查法，在第一岗检查后，只加盖责任代号章，由增设的复验台复验后，再加盖边防检查验讫章。现场设立持用中国普通护照出境旅客的专用通道。各机场边检站印发《劳务人员出国须知》手册，对劳务人员采取业务部门把关、统一验放的做法，取消初验关，改双人验证为单人验证；简化对港澳同胞的查验手续，由查验“三证”（回乡证、回港证、身份证）改为查验回乡证，提高现场通关速度。
  1994-1995年，空港边检站针对较突出的偷渡活动，组织一线执勤人员学习如何鉴别真伪护照签证、验讫章、钢印，提高检查员识别假证照能力，把好人证相符关。对查控工作采取微机查控和手工查控相结合的方法，加强内部制约机制，完善案件审理工作。1995年破获“5·23”重大偷渡案，查获偷渡集团伪造的国内外印章17种34枚和伪造的护照和签证20本。
  1997年6月，福州长乐国际机场建成通航，义序边防检查站移至该机场，改称福州机场边防检查站。机场勤务现场按国际标准设置出、入、过境通道和验证台、工作室；在联检区公开边检工作标准，设立触摸式电脑，提供边检知识咨询。检查员挂牌上岗，接受群众监督。
  1998年，公安部出入境管理局下发《出入境边防检查旅客检查规范（试行）》。翌年，机场边检站改革执勤现场勤务，实行站科组3级值班制、入出境验讫章3级4人（即科长、组长、内勤、检查员）管理制度。检查一名旅客时间一般在45秒钟以内。根据工作需要，边防检查站有权对旅客及其携带的行李物品和枪支弹药进行检查。做好防范偷渡和敌对分子闯关的工作，维护口岸正常的入出境秩序。
  2000年，机场边检站制定并实施《旅检现场执勤规范》，进一步简化有关查验手续，方便旅客出入境。是年，福州机场边检站设立审核小组（2002年更名为伪假证照识别中心），负责处理旅检现场发现的问题和甄别鉴定各现役空港边检站移交的证照。另外，还组建了由女警官组成的“女子旅检科'该科在工作中不断推陈出新，在旅检现场设立礼遇应急通道，为老、弱、病、残和重要宾客提供便利，遇有特殊重大活动，根据有关要求，增设专用“绿色通道”；在联检大厅内设置“便民服务箱”；在旅检工作中承诺“三必帮，两确保”（年迈行动不便的必帮、不清楚办事程序的必帮、遇到困难急事的必帮；确保旅客满意、确保航班正点）服务，成为机场“窗口”建设的优秀典型，获“国门女警一枝花”的赞誉和“全国青年文明号”等荣誉与嘉奖。
  2001年，各机场边检站根据上级通知，对乘坐国际航班过境中国城市的外国旅客的检查办法进行调整，并执行改版后的前往港澳通行证（单程证）、往来港澳通行证（双程证）查验及签注。
  2002年1月，香港特别行政区终审法院对“香港居民在内地所生子女在港居留权案”作出判决，劝导在港滞留的数千名此类人员尽快返回内地，并为自愿返回内地的18岁以上和18岁以下在港逾期滞留人员分别签发身份证明函。同期，公安部出入境管理局发布消息，凡在2002年1月11日至3月31日（即宽限期）内，自愿返回内地的在港滞留人员，内地口岸边防检查机关免予处罚。边防检查站在宽限期内，对持有香港入境事务处签发的身份证明函的入境人员，收存身份证明函，准其入境。是年，各空港边检站根据公安部对出入境管理工作施行的改革措施，机场执勤现场开设中国内地公民入境专用通道，不再查验首次出境旅客的首次出境登记卡，机场边检站对持用港澳同胞回乡证的旅客，免填入出境登记卡，其港澳同胞回乡证上也不加盖入出境验讫章。
  2003年，空港边检站结合“立警为公、执法为民”教育活动，制定便民、利民20项措施，更好地为旅客出入境提供服务。7月，经批准，对持因公往来香港澳门特别行政区通行证或往来港澳通行证，并办妥两次或多次往返有效签注的中国内地居民，边防检查站只查验其签注有效期，对超出每次在港澳停留期限的，不再进行处罚；如其签注过期，仍按持用无效证件进行处罚。
  2004年，福州机场边检站伪假证照识别中心开通远程鉴定系统，当年鉴定护照证件100多本，从中查获伪假证照20多本。
  2005年5月，第七届中国（福州）海峡两岸经贸交易会期间，福州机场边检站以“擦亮窗口，迎接海交会”为口号，优先为参会台湾居民办理入出境手续和提供力所能及的帮助。为促进泉州海、空港口岸对外开放格局形成，方便海外华侨、港澳台同胞的探亲旅游和外商投资贸易，泉州和晋江两市政府多方推动开放泉州晋江机场航空口岸。至2005年，晋江机场三次临时开放，由泉州边检站承担境外临时包机航线边防检查任务，相继完成香港和马尼拉两条包机航线及泉州国际友好城市——日本浦添市代表团应邀来泉访问团、世界晋江籍侨领包机访问团等团体的入境包机检查任务。
  三、闽台直航检查
  1996年8月，交通部颁布《台湾海峡两岸间航运管理办法》，批准福州、厦门为两岸直航的试点口岸。福州、厦门边检站制定《两岸直航船舶边防检查管理办法》，在现行的边防检查管理办法基础上，对两岸直航船舶的边防检查管理遵循“同等优先，适当放宽”原则，采取岸上办理船舶出入境手续或登轮抽查的办法，实施巡视巡查管理，为两岸试点直航营造宽松的口岸环境。
  1997年4月19日，福建省外贸中心船务公司挂方便旗的“华荣”轮首次直航台湾高雄港，启动福州、厦门港至高雄港的双向试点直航。航线为福州一厦门一高雄，直航船舶为每周定班轮或每周双班轮。至2000年，直航船舶增加至9艘，入出境近3000航次，船舶国籍主要为巴拿马、圣文森特、塞浦路斯、安提瓜等，船员中大陆外派船员占总数的70％，外籍船员占25％，台湾船员占5％。福州、厦门边检站对直航船舶的检查管理主要参照外轮检查、监护方式进行。
  2001年1月，福建省沿海地区与台湾地区金门、马祖、澎湖开展海上直接往来，指定福州马尾客运站、莆田湄洲客运码头、厦门和平码头为闽台直航客运口岸，福州港、漳州港、厦门港为闽台直航货运口岸。2001年1月2日，台湾“台马”轮载“马祖一马尾一湄洲平安进香团”507名旅客从马祖直航福州马尾港，这是海峡两岸隔绝50多年后，“两马”之间的首次客轮直航。同日，金门县县长带领200名金门人士乘坐“太武号”、“浯江号”轮抵达厦门观光旅游。自此，闽台海上直航线路正式开通。为圆满完成直航检查任务，福州、厦门、莆田边检站按照有关要求和直航检查“个案审批，团进团出”的特点，研究制定《关于对中国台湾籍客货轮的边防检查监管工作方案》和“两马”、“两门”直航船舶及旅客检查工作方案等。直航客轮入境后，先办理员工出入境手续，再由导检员引导旅客进入检查现场，进行边防检查。1月，福州马尾经济文化交流合作中心与马祖地区代表签订《福州马尾——马祖关于加强民间交流与合作的协议》（简称“两马协议”），建立在“一个中国”原则基础上的民间交流与合作正式启动。2月，“马祖水部尚书府平安民俗文化交流团”搭乘马祖客轮“顺风号”直航马尾，这是“两马协议”签订后第一个直航祖国大陆的旅游观光团。清明节前后，马祖乡亲通过直航来榕祭祖扫墓形成高潮。这期间，检查“两马”直航船舶16航次。5—6月，“马祖各界参加2001福州海峡科技成果交易会招商团”来福州参加招商月，“闽台青年共迎奥运自行车骑行活动”在福州至厦门间进行。之后，一些进香团、中学老师观摩团、医疗防疫参访团、餐饮业研习观摩团等，相继来福州开展交流活动。8月，福州马尾经济文化交流合作中心赴马祖考察团，乘闽江航运公司“曙光号”客轮直航马祖，开展交流考察活动。福州边检站针对海峡两岸交往的首个高峰，根据各航班人员的不同特点，采取灵活措施，优化通关环境，便利两岸人员交往。
  2002年5月，莆田市有关部门与台湾金门妈祖祖庙协商举行“妈祖金身巡安金门”活动。7日，108名金门香客抵莆田湄洲岛，湄洲岛、金门首次实现两地旅客乘船直接往来。莆田边检站预作准备，在现场设置导检员，为台胞提供热情、便捷的服务。6月，泉州港（不含围头港区）被批准为对台通航口岸，泉州开通直航金门货运航线，出入境检查工作由泉州边检站负责。是年，因缺水，马祖运水船“金航一号”直航马尾运输淡水。马尾“长安109号”、“明德1号”货轮分别运载“金门博览会”福州参展商品、千吨河沙先后首次从马尾直航金门、马祖，实现马尾一马祖53年来首次货运直航。福州边检站特事特办，快速办毕边检手续。7月，“两马”客运每周二、五两班相对固定航班，不再严格要求“团进团出”，货运直航则全部改为只审批船舶，不再审批航次。7—8月，泉州市组织开展泉州天后宫妈祖直航澎湖会香活动。年底，厦门东渡边检站在执行“厦金”直航客轮旅客检查中，连续查获6起台湾届民持伪造“多次入出境签注”出入境的案件，对入境人员处罚后让其随原船退返，对出境人员处罚款后放行。
  2003年春节期间，闽台直航实施“一票通”，由旅行社召集全国各地台胞组团，经由马祖、金门中转往返台湾本岛。福州、东渡边检站针对旅客流量大、时限紧的特点，周密组织实施，确保节日期间回乡台湾居民较快通关。4月8日，因受“非典”疫情影响，闽台两岸客货运停航。7月中下旬，“厦金”、“两马”相继恢复直航。11月，“两马”客运直航增至每周一、三、五三班。
  2004年，随着两岸经贸文化交流不断扩大，福建省居民赴金门旅游成行，闽台直航口岸通关环境逐步优化，通过“两马”、“厦金”两岸直航往来人员迅速增多。福州边检站改善旅检现场通关条件，制作告示牌、公告牌、标识牌，同时抓好旅检窗口建设，推出“绿色通道”，开设便民台，提供法律咨询，并在旅检现场设立“需扶助人员通道”，为其提供优先检查便利。经批准，2004年底至2005年，从宁德市城澳港区运载毛角石直航马祖，入出境检查任务由宁德边检站负责。
  从2005年1月开始，福州、厦门出入境管理部门在闽台直航旅检现场正式为入境台湾居民办理“落地办证和签注”。为应对旅客流量的迅速增长，边检部门协调有关部门，完成旅检现场改建工程，增设查验通道，合理区分客流，加强现场疏导，确保旅客快速通关。4月和6月，先后发生两起台湾居民贴身藏毒通过“厦金”航线返回金门被台湾警方查获的案件。为此，厦门市公安局与厦门出入境边防检查总站共同研究加强“厦金”海上客运航线出入境旅客检查事宜。8月，东渡边检站查获一名携带毒品欲经“厦金”航线出境的犯罪嫌疑人。年内，福州边检站顺利完成第七届“海交会”等两岸交流的边检任务，推出以“4S”（安全一Safety、微笑－Smile、速度－Speed、诚意－Sincerity）为主要内容的服务措施，厦门东渡边检站营造宽松、便捷的通关环境，获得两岸各界人士的称赞。
  第三节 海上治安管理
  1982年6月30日，福建省成立海上公安巡逻大队。1985年，改称为武警福建省总队海巡支队。1988年，福建省恢复武警边防总队体制后，改称海警支队，归属省公安边防总队领导。1996年初，扩建为三个支队。海警部队成立后，与各边防支队相互配合，严格海上治安管理，履行堵截偷渡、缉私缉毒、维护海上治安、保卫沿海人民生命财产安全和维护领海主权等职能，在打击海上走私、偷渡、抢劫等违法犯罪活动和开展海上抢险救灾等方面发挥重要作用。
  一、执勤执法
  随着海洋经济的迅速发展，海上治安问题增多。1990年，海警支队加强海上治安管理，破获1起假币案，收缴假人民币240万元。1992年4月，海警支队破获1起毒品走私案件，缴获海洛因4799克，“五四”式手枪1支。10月，根据省政府关于开展集中整治沿海社会治安专项行动的通知，严查“三无”船舶。1993年，先后两次开展以反偷私渡和整顿海上治安秩序为主要内容的海上统一行动。
  1994年3月，海警支队三大队进驻厦门，担负起福建省南部海区的公安边防保卫任务。7月，海警支队在闽江口黄歧附近海域查获一艘“三无”铁壳船，破获1起海上抢劫大案，抓获持枪抢劫犯罪嫌疑人26名，缴获全自动步枪2支、子弹56发。1996年12月，福建公安边防部队海警船艇首次在公海与日本海上保安厅交接中方偷渡船只和偷渡人员。1997年5月，海警一支队在闽江口川石海域守候近20小时，截获“浙台渔19号”轮，缉获“双狮地球牌”海洛因7箱175千克。
  为适应新形势下的海上治安管理任务，建立海陆结合、力量集中、反应迅速、处置及时的快速反应机制，1997年8月，海警一支队借鉴“漳州110”的经验，结合边防海警部队海上执勤特点，开通“海上治安报警服务台”（即“海上110”）。之后，海警二、三支队相继开通“海上110”。
  1998年，福建省海警部队先后开展查处“三无”铁壳船、打击走私等专项行动。2月22日凌晨，海警一支队“海上110”接到香港“水晶号”油轮在闽江口遭持枪分子劫持的报警后，迅速派遣巡逻艇出击，将歹徒全部截获。
  1999年，福建省海警部队根据统一部署开展打击走私小额成品油、打击走私“橄榄船”和反偷渡专项行动。6月，海警二支队在石狮沙堤湾截获一艘名为“黑金刚”的铁壳船。这是福建省海警部队首次使用14.5毫米机枪火力，在海上截获的高速橄榄形走私船只。同月，海警一支队在福安查获一艘国内最大马力（8部主机、9600马力）的走私“橄榄船”。7月，海警三支队在厦漳东旋东南附近海域缉获一艘走私“橄榄船”，查获走私“555”牌香烟1300多件，案值500万元。此系福建公安边防部队在打击“橄榄船”行动中首次人赃俱获的成功战例。8月，海警三支队“海上110”官兵在辖区浅滩海域截获“闽连渔0036号”偷渡船、偷渡人员173名。
  2000—2002年，福建省海警部队严厉打击偷私渡、毒品走私、贩卖假币等活动。2000年7—8月，海警三支队连续查获2起毒品案件，分别缴获摇头丸1131粒和冰毒13630克。2002年5月，海警一支队“海上110”在闽江水域查获16个集装箱货柜的走私进口汽车配件及割顶小汽车，案值120多万元。年内，截获偷渡船2艘、偷渡人员57人。
  “海上110”开通后，海警部队启动以快制胜，维护海上治安、打击海上违法犯罪活动的快速反应机制，逐步形成接警、指挥、处警一体化、多功能的快速反应体系。“海上110”开通至2003年7月，福建省海警部队“海上110”报警服务台累计接出警1000多次，处置各类海上治安案件300多起，查获走私案件530多起，查获偷私渡案件31起，破获贩毒案件和海上抢劫案件10多起，缴获赃款赃物折值1亿多元；救助海上遇险船只195艘，营救遇险船员2589人，挽回直接经济损失1.22亿元。为更有效地打击海上违法犯罪活动和满足渔船民求助服务的需要，福建省海警部队相继加入地方110社会联动网络，与地方20多个涉海部门建立联勤联动关系，签订打击走私、偷渡、海上搜救、医疗救护、保护航标、保护海洋渔业秩序等十多项工作协议，形成执法合力，对海上治安实行综合治理，并完善船艇巡逻待机、联合执法等制度，从而提升“海上110”打击违法犯罪活动和服务社会的效率。
  2003年，福建海警部队加强海上巡逻防控，并与地方联动，及时制止、打击违法犯罪活动。9月，海警一支队“海上110”在闽江快安水域制止两艘运沙船员发生冲突的事件，经过海警官兵与当地水上派出所联动，使两艘运沙船的纠纷得到妥善处理。10月，海警一支队与福州公安边防支队联动，破获闽江口海上系列抢劫案，摧毁连江县琯头镇川石村重大海上系列抢劫团伙。海警一支队与福州公安边防支队和地方公安部门共同研究打击、防范闽江口海域抢劫犯罪的措施，每天派出两艘船艇在闽江口附近海域巡逻待机。
  2004年7月，海警二支队联合福州、泉州边防支队协同破获走私冰毒大案，缴获冰毒56.18千克。11月，海警三支队与厦门海事、港务、救助、120、公安机关和驻厦部队等12个单位，联合举行厦金海域处置海上突发事件演练和海陆空立体医疗急救演练。
  2005年，福建省海警部队加大与海事、渔政、水政、航标等海上职能部门的联合执法力度，年内共开展联合执法50多次，特别是对非法采沙、破坏航标和电炸鱼等开展专项打击整治行动，海上治安日趋稳定。6月，平潭碗樵海域发现“碗礁一号”古沉船和大量文物，引起附近部分渔民私自打捞和哄抢。为保护国家文物，海警一支队及福州公安边防支队配合当地党委、政府在辖区各村张贴通告，劝阻、制止渔民进入警戒区，并查获私自打捞和贩运沉船文物案件10多起，查扣私捞文物1188件，查获一批涉案船只和人员。此后，在其周边的宁德、莆田等地附近海域也陆续出现渔民非法打捞海底古瓷器的现象，海警二支队及宁德边防支队及时对非法打捞活动进行查处。11月，海警二支队在莆田湄洲湾盘屿附近海域，连续查获5起非法打捞海底古瓷器案件，缴获古瓷器2263件。
  二、救助服务
  随着改革开放的发展和台轮停泊点的建立，台轮、外轮、远洋货轮在福建省海域往来频繁，海难事故也有所增加，海警官兵奋力抢险救灾，保护群众生命财产安全。1998年1月23日，台轮“日盛号”因机器故障失去动力，只能在海上漂泊，船上人员陷入险境，海警一支队“海上110”官兵在8、9级大风的恶劣条件下，冒着生命危险，跳上“日盛号”轮船营救，船上人员安全获救，台轮被拖到港口抢修。
  1999年1月，海警一支队“海上110”官兵在福州闽江口七星礁附近海域，成功营救出因触礁被困于一艘马耳他籍万吨轮上的23名中外籍船员。4月，“闽江110”报警服务船挂牌成立，“海上110”服务范围向内江内河延伸。5月，福鼎籍“鼎航30号”货船在南日海域触礁倾覆，“海上110”官兵及时赶赴事发地，救出9名遇险船员。
  2000年4月，海警一支队“海上110”官兵在宁德七星列岛附近海域营救“闽霞渔1458号”失火渔船及船上的9名船员，挽回直接经济损失300多万元。7月，海警二支队在湄洲岛附近海域救助300多名因船只触礁遇险的泉州惠安籍香客（多为妇女、儿童）。2003年2月22日晚，海警三支队“海上110”指挥中心接到报警，东山海域作业的一艘渔船上有9名船员误食河豚中毒，生命垂危，支队立即启动与当地120急救服务联动机制，带领120急救人员一同出海救助，解救中毒船员。2004年2月14日，福州马尾一码头附近江面一艘近千吨的“鸿通168号”运砂船发生火灾。海警官兵冒着生命危险，将两枚已被烤得发烫的液化气罐扔进江里，经过海警官兵和港监、海事部门人员两个多小时的共同努力，大火被扑灭，11名船员化险为夷。4月13日，福州“永德胜168号”货轮在闽江金牌门水域触礁，货舱进水，13名船员生命堪忧，经海警官兵及时抢救，船员和货船安全脱险。
  为加强与各县市的联系，2003年9月至2004年7月，各海警支队将16艘船艇冠取地方名，如“武夷山号”、“石狮号”、“连江号”、“海沧号”等。福建是台风多发区，海警部队主动与省气象台签订气象信息服务协议，及时掌握海上气象和台风动向，在台风来临之前，为辖区渔船民和渔排提供相关信息。
  为探索海上治安管防新机制，提高执法办案效率，实现管理服务窗口前移，2004年5月，海警一支队在海警35011艇开展全国第一个“海上巡逻执法艇”建设试点。执勤船艇履行派出所的部分职能，发挥船艇灵活机动、快速反应的特点，初步建立“执勤到哪里，执法到哪里，服务就跟进到哪里”的新型执法服务模式。为让一些危重病人和受伤船员能及时得到救治，该支队“海上110”率先组建首支海上医疗救护队，为每艘“海上110”巡逻艇培训三名医疗救护队队员，配备急救包、氧气瓶和急救药品，并完善船艇流动药箱建设，派出军医上渔排巡诊，定期提供免费体检。海警部队与地方联动单位的联勤联动，建立信息共享、优势互补、协同配合，集接警、指挥、出警、处警一体化的服务平台，实现由“单警种作战”向“多部门协同联动”、“单一型管理”向“全方位服务”的转变。
  2005年，福建省连续遭受强台风袭击，群众生命财产安全受到严重威胁，福建省海警“海上110”官兵全力投入驻地抢险救灾。8月，因受台风“珊瑚”影响，厦门市海沧区东埔村、东瑶村内积水平均1米多深，低洼处达3米多深，许多群众被洪水围困。接到求助电话后，海警三支队官兵立即展开救援行动。经过近5个小时的奋力营救，130多名被洪水围困的群众全部转移到安全地带。第19号强台风“龙王”于10月2日登陆福建，滞留时间长，危害严重。当日22时许，海警第一支队接到福州市鼓山镇洋里中下村群众被洪水围困，部分房屋开始坍塌的求助电话，即派出抢险救灾突击队迅速赶到受灾地点。绝大部分群众被安全疏散后已是3日凌晨2时许，这时，海警官兵听到微弱的呼救声，即寻声而去，发现两位老人在一栋土木结构的二楼呼救。官兵迅速冲进危房，当将老人背出不到十米，危房即全部坍塌。在抗击强台风“龙王”期间，海警一支队官兵连续六天不间断抢险救灾，转移、营救群众800多人。
  建立“海上110”联动系统，使福建省海警部队的勤务机制得以创新，服务内涵不断拓展，管控能力稳步提升。2003年8月至2005年12月，福建省海警部队“海上110”报警服务台接处警200多次，妥善调解处理海上纠纷十多起，抢救海上遇险船只30多艘，抢救遇险人员1200多人，为国家和渔船民挽回经济损失4500多万元并查处偷私渡、走私等各类案件500多起，总案值1亿多元。
  第四节 反偷私渡
  福建历史上许多群众为生活所迫背井离乡“下南洋”，早年一些民众到美国、日本等国谋生，海外华侨、华人众多。改革开放后，部分沿海地区群众急于求富，偷私渡活动时有发生。20世纪80年代末，福建省沿海部分地区偷私渡活动由初始的私渡去台湾，发展到偷渡韩国、日本、美国、新加坡，人数由一批几人、十几人，发展到几十人、上百人，偷私渡规模、范围越来越大，偷渡所及国家、地区越来越多，偷私渡手段越来越诡秘。全省沿海公安机关坚持不懈地开展反偷私渡斗争，采取各种措施，推进综合治理。
  1990年，各级公安边防部门按照公安部和省厅的统一部署，组织开展集中打击偷私渡专项行动。年内，接回、查处偷渡日本遣返人员4批1991人、私渡台湾地区遣返人员千余人。是年夏季，先后发生台湾当局以极不人道的方法将被遣返的25名私渡去台人员关在用铁钉密封的船舱内，并致其窒息死亡事件，以及台湾军舰撞沉被遣返渔船“闽平渔5202号”，致21人溺亡和失踪的事件。后两岸签署“金门协议”，遣返作业据此协议进行。
  1991年，公安边防部门坚持打防结合，狠抓各项防范措施的落实，取缔一批运载私渡人员的“黑船”和未经批准的造船厂家。同时，集中力量对偷私渡重点地区进行综合治理，有效遏制偷私渡活动的蔓延。对出海船舶重新编号发证，清理整顿并增设船管站，落实船只进出港验证等制度。3月中旬至4月上旬，平潭县公安边防部门查获准备偷渡去台和私自上台轮当劳工的案件78起217人，私渡人员涉及闽、粤、浙等省的19个县市。4－7月，福州市在沿海地区开展“闽海行动”，抓获“蛇头”28名，查获偷私渡案件28起230人、偷渡船9艘。11月，长乐市潭头边防派出所查获一起预谋偷渡美国案件，抓获组织者和偷渡人员188名。年内，全省破获偷私渡案件173起1190人，接回并查处偷渡日本遣返人员3批1134人、私渡台湾遣返人员26批4099人。
  1992年，各级公安边防部门贯彻全省反偷渡工作会议和全国海防管理工作座谈会精神，参与集中整治沿海地区社会治安专项行动，开展反偷私渡宣传教育，公布典型案例，制作纪实片《血泪偷渡梦》，发表《告在逃组织者、运送者一封信》，召开群众会和偷私渡人员亲属会765场，发动群众检举揭发，敦促偷私渡人员投案自首。同时，组织开展以“挖团伙、打蛇头、端窝点、追逃犯”为主要内容的反偷私渡专项斗争。是年，全省查获偷私渡案件122起1803人；接回并查处偷私渡遣返人员22批3933人。
  1993年，沿海部分地区偷私渡活动回升，出现成批乘船偷私渡的情况，公安边防部门贯彻全国反偷私渡座谈会精神，严格落实反偷私渡工作责任制，抓住打击重点，强化重点治理，全力追捕偷私渡组织者、运送者。4月15日，宁德公安边防支队福鼎海上缉私队在福鼎沙埕海面查获一起偷渡案，抓获企图偷渡美国的人员142人，抓获“蛇头”1人。12月13日，连江县公安边防大队在晓澳长沙澳口查获一起偷渡案，截获企图偷渡美国的人员135人。年内，全省查获偷私渡案件86起1408人；抓获包括境内外的偷私渡组织者、运送者362人；接收、接回并查处偷私渡遣返人员36批8325人。
  1994年，全国人大常委会《关于严惩组织、运送他人偷越国（边）境犯罪的补充规定》颁布实施后，全省各级公安边防部门抓住有利时机广泛开展宣传教育，加大打击力度，形成舆论声势和震慑威力。同时，加强与粤、浙等省公安边防部门的协作，联手打击异地偷渡活动。4月，漳州市公安边防支队在国道324线木棉收费站，截获福州地区企图偷渡美国人员19人，并在广东公安边防部门的配合下，又在广东汕头、惠东等地抓获200名偷渡人员。6月，福州市公安边防支队在国道104线罗源境内截获企图到浙江沿海偷渡美国的偷渡人员13名，并在浙江苍南公安边防部门配合下，在苍南钱库又抓获偷渡人员69名。
  1995年，沿海偷私渡活动有所抬头。异地乘船偷渡活动增多，全国11个沿海省区除个别省外均发现福建偷渡人员，以长乐、连江、福清、平潭为多。境外组织者利用台轮来靠运载私渡台湾人员案件也屡有发生。针对偷渡活动的特点，公安边防部门对重点部位开展昼夜巡逻，重点监控，严格船舶检查，并与驻军及相关部门联系，提高海上防控能力。11月，连江县公安边防大队在连江东洛海面查获一起偷渡案，截获企图偷渡日本人员130人。年内，接回并查处偷私渡遣返人员12批1986人。
  1996年，各级公安边防部门把反偷私渡工作作为一项中心任务来抓，对在逃组织者、运送者实行挂牌督办，落实追捕责任制，遏制偷私渡活动上升的势头。同时，加强各地市及邻省间的协作配合，联手打击异地偷私渡活动。1月1日，泉州市公安边防支队在莆田鹭鸶岛海域破获一起企图偷渡日本的案件，截获运送偷渡人员的船只“闽祥205号”，抓获偷渡人员50名。1月25日，福州市公安边防支队与上海市公安边防部门联手破获一起跨省偷渡案，分别在福州火车站、上海火车站、上海长安大厦等地抓获企图偷渡日本的人员80名。4月17日，福州机场边检站在对福州至香港505航班旅客实施检查时，抓获6名组织偷越国（边）境团伙犯罪嫌疑人，缴获各种伪假章印模25枚及一些伪假护照、证件。1997年，各级公安边防部门根据迎香港回归工作需要，接连开展两次反偷渡专项斗争，有效预防偷渡人员南下粤、港。两年中，查获偷私渡案件301起、4499人，抓获组织者、运送者617人。
  1998年开始，省委书记、省长在与各地市党政一把手签订社会治安综合治理工作责任书时，将反偷渡工作列为维护社会稳定的一项重要内容，实行“一票否决制”。各级党委、政府和各有关部门层层签订责任书，落实反偷渡工作措施。福州、莆田等沿海重点地区和有关职能部门强化领导责任制，落实党委政府统一领导、职能部门各担责任、政法机关为主负责的条块结合的工作机制。但由于国际“人蛇”集团操纵、地理人缘、历史渊源、港澳口众多及工作力度不够等多方面原因，沿海偷私渡活动屡禁不止，通过西南边境经越、老、柬等国绕道至美国、英国的增多。
  1999年，沿海部分地区成批乘船偷渡活动一度出现回潮。9月，中共中央办公厅、国务院办公厅联合下发《关于采取有力措施坚决制止大规模成批偷渡活动的通知》，对反偷渡工作提出明确要求，作出具体部署。省委省政府和省厅均召开会议，部署反偷渡工作。公安边防总队、支队、派出所层层签订反偷渡工作责任书，抓责任落实，着力在“抓‘蛇头’、打现行、严惩处”上下工夫。全省各级党委、政府贯彻落实中央部署，推进反偷渡工作综合治理。宁德市公安边防支队破获“福安轮”特大组织偷渡日本案件，涉案人员达160人。年内，公安机关查获偷渡案件123起1972人，其中百人以上偷渡案件4起；抓获组织者、运送者568名；接收查处遣返人员4048名，以福州沿海县市为多。偷渡活动在成批乘船集体越境受到遏制后，异地偷渡、合法出境转道第三国偷渡及采取假护照、假签证等形式零星出境又趋突出。是年，山东公安边防部门查获一起201人闽籍人员特大偷渡案。
  2000年6月19日，英国多佛尔港发生50多名闽籍偷渡人员在封闭式蔬菜冷冻运输车中室息死亡的惨案。公安机关立即开展调查。查明“6·19”事件系原籍长乐等地已入籍欧洲国家的犯罪嫌疑人组成的国际“人蛇”（组织偷渡）集团所为。慑于福建沿海地区连续开展打击成批乘船偷渡活动和海陆查堵，以及对公民申请因私出境护照限制的放宽，其变换手法，改变途径，均以劳务、旅行、探亲、贸易等为名，办理出国护照和签证，合法从外省市出境，到达签证国后再绕道集体偷渡英国等目的国。公安机关全力追捕犯罪嫌疑人，并进一步加强沿海管防，深入开展反偷渡专项行动，全面清理整顿出入境中介机构。各级公安边防部门强化口岸出入境边防检查，在管防相对薄弱的沿海一线增设68个警务区和83个船管站，针对偷渡活动的地域特点，实行划块治理，强化人口、船舶管理和陆上巡查、海上巡逻、口岸查验等工作措施，加强宣传教育，遏制偷渡活动回潮。是年，仍有300多名偷渡组织者、运送者在逃。年内，全省沿海没有发生大的海上偷渡案件。
  2001年，省公安边防总队召开“严打”整治斗争工作会议，并下发《关于开展以打击偷私渡为重点的“严打”整治斗争的通知》。各地公安边防支队组织开展以“追捕‘蛇头’、打击现行、管好人口、看好船只、守住澳口”为主要内容的反偷渡综合治理、“百日大会战”等集中统一行动，重点打击带有黑社会性质的组织偷渡团伙。5月，全省公安边防部门抽调大批警力，配备专用车辆和设备，开展为期10个月的以追捕在逃“蛇头”为主要内容的专项行动，抓获偷渡组织者、运送者226名。各边防派出所加强渔船民的思想教育工作和船舶管理，建立健全治安联防组织，采取海上巡逻与陆地巡逻相结合的办法，不放过任何疑人疑船。福州沿海重点地区针对辖区海岸线长、港澳口复杂的特点，加强夜间海防巡逻和船只清港等防范措施。6月，公安边防部门在福州、长乐查获一伪造出境证件、组织偷渡的犯罪团伙，缴获大批假证照及制假设备。各级公安边防部门注重调动各方面力量，加强内外沟通联系和协作配合，形成“海上截、岸边堵、口岸查、陆上打”的打击、防范、管理、控制一体化网络，有效地打击偷私渡活动。10月，在公安部的指导和协调下，福建省警方与日本警方协作，海陆联合行动，破获一起特大乘船偷渡案，分别在日本千叶县附近海域和福州等地查获从浙江宁波出发的运送偷渡人员的船只、人员和日本接驳船只，抓获组织者、运送者和偷渡人员107人。是月，韩国警方查获一艘从宁波赴韩的偷渡船只，船上原有偷渡人员60名，其中25人因窒息死亡被组织者抛入海中。死难者中的22人和被韩国遣返的生还者中的24人均来自福州沿海地区。有些组织者和偷渡人员见海路被堵，便转而持伪造、变造的出入境证件从空港偷渡或藏匿在远洋轮集装箱中偷渡。
  2002年，各级公安机关和边防部门着力加强管理防范工作，进一步落实反偷私渡工作责任，建立偷渡人员信息库。边检部门加大证照查验力度，加强港区巡逻和对出入境集装箱货轮的检查监护，适时部署开展集装箱运输和管理专项治理活动，防范利用航行国际航线船舶和集装箱发生偷渡活动。5月，公安部在厦门召开反偷渡联合行动协作会议，协调加强沪、浙、闽、粤、桂、滇、琼7省市区公安机关打击偷渡活动的协作配合。福建公安机关开展以追捕在逃偷私渡组织、运送者为主的专项行动。12月，广州市公安局黄埔分局在黄埔区外运码头破获一起利用集装箱偷渡案，抓获22名（21名为闽籍）藏匿在集装箱内预谋偷渡日本的人员和8名涉嫌组织者、运送者。年内，全省查获现行偷渡案件228起1115人，抓获偷私渡组织、运送者469人，基本实现不从本省沿海港澳口和不利用本省船舶成批偷私渡的目标。是年，福建警方与应邀来访的加拿大、英国、日本等国外交、移民、警察等部门代表团就打击非法移民问题进行会谈，表明福建警方严厉打击非法移民活动的一贯立场，并介绍打击偷渡犯罪和非法移民工作的主要做法及取得的成效。
  2003年，全省公安边防部门开展“追‘蛇头’、挖团伙、打现行、清积案、堵源头”反偷渡专项行动和打击私渡台湾专项行动，全力侦破现行案件，缉捕和惩处组织者、运送者和偷渡犯罪团伙，集中整治重点地区。年内，破获“5·26”以俄罗斯、乌克兰为中转站企图偷渡欧洲案、“7·24”伪造新加坡签证案等一批大案；查获偷私渡案件279起1498人。期间，建立健全反偷渡工作长效机制和工作体系，确立打防并举、标本兼治、综合施策的工作方针，通过强化人口和重点场所、沿海和开放口岸以及海上的公开管理（巡逻、查验），将管防范围从沿海一线向内陆延伸，建立有纵深、有层次的三道立体防线；通过“三个管住”（管住人特别是重点可疑人，管住船特别是分散的小型船，管住点特别是容易发生偷渡的出海点），防范和堵截偷渡活动。期间，加大反偷渡宣传教育力度。全省公安机关共发放刊载有4个专版的“偷渡警示录”16万份，发放《致全省渔船民兄弟的一封信》和《致辖区群众的一封信》等宣传单及反偷渡宣传画近十万份，出动宣传车广播宣传和进行图片展示数百场次。8月26日，运载26名大陆女青年从福州沿海私渡去台的船只，在台湾苗栗外海遇台“海巡署”船艇追缉检查，台湾籍运送者为逃避查缉将26人推入海中，6人淹亡、20人获救（其中重伤2人）。媒体曝光后，省公安边防总队即侦查破案，抓获涉案人员18名（包括台湾籍4名）。查明该案系台湾籍与大陆平潭籍组织者共同组织策划实施，运送大陆女青年私渡台湾从事色情活动。省公安边防总队以此案为反面教材，通报所属部队认识反偷私渡工作的长期性、艰巨性和复杂性，坚持不懈投入反偷私渡的各项工作。全省公安边防部队随即开展为期一个月的打击私渡台湾活动专项行动，破获私渡台湾案件11起144人，查扣运送船舶6艘（其中台轮2艘）。各边防支队加强日常巡逻、设卡，强化辖区管理，进一步澄清船舶底数，加强对来靠台轮的检查、监护和管理。同时，进一步强化海警部队和公安边防支队的联勤联动机制，海警船艇在重点海域锚泊待机和巡逻，随时堵截盘查可疑船只。期间，福建公安边防总队与中央电视台新闻等频道合作推出5期反偷私渡专题节目，通过案例分析、偷私渡人员现身说法等形式，讲述偷渡人员的悲惨遭遇，揭露“蛇头”的骗术和罪行，阐明偷渡的违法性和危害性。
  2004年，全省公安边防部门根据国务院、公安部的统一部署，组织开展为期5个月以“追‘蛇头’、挖团伙、打现行、清积案、堵源头”为主要内容的反偷渡专项行动，采取组建“打蛇”专业队伍、挂牌督办、网上追逃、悬赏追捕等手段，有重点地追捕重大在逃组织者、运送者。年内有25名组织者、运送者投案自首。4月7日，慑于反偷渡“追逃”的强大声势，“十大蛇头”之一的陈某不堪长达五年的逃亡生涯，专程从上海返回福州并主动到省公安边防总队投案自首。是年，省公安边防总队下发《关于建立反偷渡长效工作机制的意见》，并先后组织三次全省集中统一行动，还分别在福州、泉州、厦门举办三次反偷渡海陆联合演练，提高边防官兵反偷渡联勤联动能力。
  2005年，针对偷渡活动跨地域、流动大的特点，全省各地区、各部门协作配合，发挥整体作战效能。全省公安机关形成以边防为主，各警种配合的协同办案机制，省内重大、跨地区的偷渡案件的侦破工作统一由省厅协调指挥，联手打击。全省公安边防部门把推进综合治理作为打击偷渡活动的治本之策，不断加大反偷渡宣传教育力度，坚持“教育群众、震慑犯罪”的工作方针，面向基层，面向群众，面向重点地区，开展有针对性、有声势、注重实效的反偷渡宣传教育，运用广播、电视、报纸和宣传车、宣传栏等，做好反偷渡宣传舆论工作；同时，依托边防拘留审查所，建立福建省反偷渡教育宣传基地，设立反偷渡宣传展示厅，配置多媒体演示设备，录制反偷渡教育片，印发宣传小册子，综合采用音、像、图、文等多种形式，形象生动地对群众和偷渡人员进行宣传教育。福清、平潭、连江等地群众纷纷表示：偷渡有损国家形象，害人害己，违法可耻，还是勤劳致富光荣。此外，通过走访在逃人员家属，宣传政策法规，规劝、敦促在逃人员投案自首。4月28日，在反偷渡宣传强大攻势下，一位在逃8年的女“蛇头”在家人陪同下，来到福清市公安边防大队投案自首。公安边防部门还配合外事部门严格把关，堵住利用因公出国非法移民的渠道；协同外经贸、工商、外事等部门联合对出国服务公司和中介机构进行全面清理整顿；协助教育、劳动、旅游等部门加强对外派劳务、旅游、自费出国留学人员的审批管理；会同民政部门加强涉外婚姻登记管理，加大对伪造婚姻证件和非法中介机构的打击力度；配合各级检察机关和法院，做好偷渡案件的起诉和审判工作。