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1987年后，福建省各级人民法院开始审理公民、法人或者其他组织不服卫生行政部门在医疗预防、卫生防疫监督监测、药政管理和食品卫生监督管理中实施的具体行政行为而向法院起诉的案件。人民法院主要依据《中华人民共和国食品卫生法》、《中华人民共和国药品管理法》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》、《中华人民共和国急性传染病管理条例》、《公共场所卫生管理条例》和《福建省食品商贩和城乡集市贸易食品卫生管理办法》等行政法律法规，并参照有关的卫生行政规章’依法进行裁判。如福安县上白石供销社驻外批零部不服福安县卫生防疫站以无卫生许可证经营食品罐头对其行政处罚案。案经福安县人民法院审理认为，原告委托郑明松代购食糖，受托人郑明松却擅自以原告名义与青阳象山罐头厂签订购买荔枝罐头合同，并自己经营销售，引起纠纷。被告认定原告无卫生许可证、从业人员无健康合格证经营各种食品，违反了《食品卫生法》的规定，具有可罚性，但处罚畸重，一审判决变更原罚款1000元为罚款500元。原告不服一审判决提出上诉。宁德地区中级人民法院审理认为：上诉人的委托代理人郑明松以委托人名义经营食品，擅自变更协议的特定物，并自行销售经营，属于超越代理权的代理，其法律责任不能由委托人承担。被上诉人县卫生防疫站在认定受罚主体错误的情况下，对上诉人作出行政处罚，其具体行政行为违法。原判认定事实不清，证据不足，变更判决不当。二审法院终审判决：撤销原判，撤销福安县卫生防疫站的行政处罚决定。
  人民法院受理的卫生行政案件中，多数是属于卫生行政部门查处违法行医和经营药品以及生产、销售伪劣药品的案件。如林福忠不服武平县卫生局行政处罚案。林福忠未经卫生机关审批许可，在十方镇开店经销中西药品。经县卫生局多次教育制止，不听禁止。县卫生局于1987年11月5日查封了其价值2459.37元的药品，并查出其中的伪劣药品，随后作出没收违法经营的全部药品的决定。林福忠不服，提起诉讼。武平县人民法院审理认为：林福忠在未取得《药品经营企业许可证》，又未取得药学人员技术证书，也没有符合要求的场所、设备仓储设施等条件的情况下，经营药品并出售伪劣药品，违反了《药品管理法》的有关规定。武平县卫生局依据《药品管理法》规定，对林福忠作出行政处罚，认定事实清楚，证据充分，适用法律正确，判决维持武平县卫生局的行政处罚决定。林福忠不服，提出上诉。龙岩地区中级人民法院审理认定，原审判决正确，林福忠上诉无理，乃驳回上诉，维持原判。
  据统计，1987～1995年，全省共受理卫生行政案件133件，审结129件。其中维持34件，撤销26件，变更9件，限期履行法定职责1件，撤诉53件，驳回起诉3件，其他处理3件。