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自然资源行政案件，包括土地、林业、地矿、渔业、水利等行政案件。80年代中期，全国人大常委会和国务院先后颁布施行《中华人民共和国土地管理法》（下称《土地管理法》）、《森林法》、《中华人民共和国渔业法》（下称《渔业法》）、《中华人民共和国矿产资源法》（下称《矿产资源法》）、《中华人民共和国水法》（下称《水法》）以及相配套的有关行政法规以后，人民政府及其行政主管部门在自然资源保护和开发利用的监督管理中，实施的行政处罚等行政行为，公民、法人和其他组织不服，可以向人民法院提起诉讼。这既包括行政处罚等案件，还包括相当数量的行政处理案件，即政府或其行政主管部门根据法律法规的授权，对全民所有制单位、集体所有制单位、个人等平等主体相互之间的资源所有权和使用权权属纠纷、侵权赔偿、损害赔偿、强制性补偿等争议依法作出行政裁决的案件。1985～1995年，全省共受理此类案件1555件，占全部行政案件数的31.07％，仅次于公安行政案件。其中，土地行政案件最多，共1002件，占自然资源案件的64.44％；林业行政案件417件，占26.82％；地矿行政案件％件，占5.79％；渔业行政案件40件、占2.57％；水利行政案件6件，占0.38％。
  一、土地行政案件
  1987年1月《土地管理法》实施后，福建省各级人民法院开始审理公民、法人或者其他组织不服各级人民政府及其土地管理部门在土地资源合理开发利用、保护耕地的监督管理以及解决公民、组织平等主体之间土地所有权、使用权纠纷过程中作出的具体行政行为而起诉的案件。土地行政案件数量居各类行政案件第二位。人民法院主要依据《土地管理法》及其实施条例、《中华人民共和国城市房地产管理法》、《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》和《福建省土地管理实施办法》、《福建省基本农田保护条例》等土地行政法律法规，并参照《划拨使用权管理暂行办法》、《福建省开发耕地管理办法》等有关行政规章，依法进行裁判。
  人民法院受理土地行政案件初期，大部分案件与建筑房屋有关，据抽查审结的103件统计，属于非法占地建房的44件；在建房中引起土地使用权争执的25件；吊销建房用地使用证的16件；建房多占地的7件；非法买卖、转让土地建房的6件；占用承包耕地或自留地建房的5件。如董政雅不服长乐县金峰镇政府土地行政处罚案。1987年3月，董政雅将全家的自留地非法卖给董官印作建房用地，约定售价9600元，已收取4600元。董官印以胞弟董敦惠名义，把该自留地假报为杂地申请建房，骗取镇政府的批准。以后董政雅认识到自己的行为违法，拒收余款，引起争执。镇政府作出处理决定：1.没收董政雅非法卖地所得9600元，并处非法所得50％罚款（后变更为没收4600元，罚款9200元）；2.董官印、董敦惠建房审批手续注销。3.争执地收归村委会。原告不服，向法院提起诉讼。长乐县人民法院审理认为：被告处理决定没收非法所得和注销董官印等建房批准手续，合法正确，予以维持；董政雅认识到买卖自留地是违法行为后，要求中止，因此可予以从轻处罚，变更罚款9200元为4600元；根据法律责任自负原则，对“争执地收归村委会”变更为“董政雅本人份额的自留地收归村委会”。被告金峰镇政府与第三人董官印、董敦惠提出上诉。二审法院审理认为，原判认定事实清楚，适用法律基本正确，但判决将董政雅的自留地收归村委会，缺乏法律依据，二审判决予以撤销，其余各项维持原判。
  在土地管理行政处罚案件中，有的因有关行政部门之间职权划分不明确而引起争议。如漳平市五一林场依据龙岩地区林业局批准的森林经营方案，于1991年8月8日在其经营范围内的林地营建护林哨所。涵梅村委会认为林场未经用地申请审批擅自建哨所的行为，侵犯了其土地所有权，遂逐级上报市土地局，请求检查处理。市土地局委托芦芝乡政府及乡土地管理站派员强行制止。乡政府依《土地管理法》及省土地管理实施办法的规定，书面通知林场停建听候处理。林场申述理由后，乡政府未予采纳，并于8月22日组织人员强行拆除正在营建的护林哨所。林场向法院起诉。诉讼过程中，林业部门和土地部门各自坚持己见。漳平市人民法院审理认为，林场根据经主管部门批准的《森林经营方案》，营建直接为林业生产服务的护林哨所，符合《森林法》及其实施细则的特别规定，被告市土地局的具体行政行为主要证据不足，适用法律错误，程序违法。判决：（一）撤销被告的具体行政行为；（二）被告赔偿原告经济损失4500元。市土地局提出上诉。二审法院经审理判决驳回上诉，维持原判。
  随着改革的深入和经济建设的发展，土地行政案件中出现成片开发利用土地时非法转让、买卖土地的案件。如莆田市经济开发总公司经有关部门审批，征用城厢区33亩土地交由市解困住宅合作社建设“兴安小区”。但此后开发公司、合作社擅自把土地分割转让省税务学校、市新华书店以及莆田县第二中学、民政局等建房。莆田市土地管理局检查发现后，于1995年8月30日对开发公司、合作社作出罚款33万元的决定，引起诉讼。莆田市中级人民法院审理认为被告的处罚并无不当，判决维持市土地管理局的行政处罚决定。
  由于土地资源的利用水平越来越高，带给人们的利益也越来越大，加之历史上遗留的问题，因此土地所有权、使用权纠纷日益增多。如德化县赤水镇小铭村民委员会不服德化县人民政府土地权属争议处理决定案。这起涉及历史久远和带有宗族矛盾的群众性土地权属纠纷，多年来因小铭村与铭爱村在行政体制上的多次分合，两村为耕地反复发生冲突，矛盾时有激化。双方为此不断发生群众性斗殴。县政府在反复调解未能达成协议的情况下，于1994年3月25日作出处理决定：（一）两村的耕地以“四固定”（指对劳动、土地、耕畜、农具必须固定给生产小队使用）基础上的“查田造册”和长期经营管理情况作为事实依据，按原管辖范围确权：小铭村耕地379.98亩，铭爱村耕地1217.44亩。（二）原小铭村村民郑满的耕地1.39亩，“查田造册”时未划拨，鉴于1990年小铭村修公路、建学校占用铭爱村部分耕地，现以此作为互补，不再调整。小铭村委会不服，向法院提起诉讼。原告认为，自1957年成立高级农业社以来，所有的耕地、财产均统一经营管理，两村多次分合，耕地从未明确划分，都是共同管理、共同耕作、共同分配，应属共同共有财产。因此，应当适用《民法通则》的有关原则和具体规定，按照当时两村的耕地和人口合理分割。德化县人民法院审理认为，本案原告小铭村与第三人铭爱村在农业集体化以后，两村的体制虽然多次变动，但耕地仍以所属生产队为单位耕作和管理，基本稳定。县政府根据“四固定”基础上的“查田造册”和长期经营管理情况作为确权根据，于法有据。小铭村委会对县政府认定的事实有异议，未能提出证据佐证，对耕地要求作为共同共有财产按人口重新分配的主张，缺乏法律依据，理由不能成立。法院判决维持县政府的处理决定。原告提出上诉。泉州市中级人民法院经审理判决：驳回上诉，维持原判。
  土地行政案件中，也有少量公民或法人诉主管行政机关不履行法定职责的案件。如陈定、洪友顺、姚嘉应诉共同被告厦门市土地局、房地产管理局不给予办理土地使用权证和房屋所有权证案。案经厦门市鼓浪屿区人民法院一审、厦门市中级人民法院二审认为：被告接受原告申请颁发“两证”后，认真进行审查和实地勘察，因该房界址和权属确有争议，不具备发证条件。因此，一、二审均判决：驳回三原告的诉讼请求。
  据统计，1982～1995年，全省共受理各类土地行政案件1002件，审结991件。其中，维持267件，撤销260件，变更20件，限期履行法定职责3件，撤诉365件，驳回起诉46件，其他处理30件。
  二、林业行政案件
  1985年1月《森林法》实施后，福建省各级人民法院开始审理公民、法人或者其他组织不服人民政府及其林业主管部门在造林、营林和木材市场监督管理、野生动物和森林植物保护、森林防火、林产工业行政管理以及解决国有单位、集体组织、个人等平等主体相互之间山林所有权、使用权纠纷过程中实施的具体行政行为而起诉的案件。林业行政案件数量也较多，居各类行政案件的第三位。人民法院主要依据《森林法》及其实施细则、《中华人民共和国野生动物保护法》、《关于开展全民义务植树运动的实施办法》和《福建省森林法实施办法》、《福建省林木林地权属争议处理办法》等林业行政法律法规，进行裁判。
  在林业行政案件中，林政处罚案件主要是盗伐林木或乱伐滥伐林木尚未构成犯罪而受行政处罚的案件。如武平县中堡乡小岭村居民王旭文，于1990年12月11日在其自留山上砍伐了13株杉木。乡政府得到举报后，组织人员到王家检查，以其盗伐林木为由，决定没收全部杉木，并处罚款620元。因王旭文当时交不了罚款，检查人员将其家中的录音机、自行车、缝纫机、照相机等财物扣押。1991年1月5日，王旭文交款后，乡政府出具了罚款收据。王旭文不服，提起诉讼。武平县人民法院审理认为，被告对原告作出的行政处罚系超越职权的行为，依法应予撤销，并应返还查扣财物，赔偿经济损失。诉讼期间，被告主动撤销了对原告的处罚，并如数返还查扣的财物。原告申请撤诉，法院依法裁定准予原告撤诉。
  在林业行政案件中，林政处理案件主要是山林权属纠纷较多，这类案件纠纷时间长，矛盾较深，往往是经过多年多次的调解处理未果，有的甚至发生群众性宗族械斗和流血死人事件。如同安县五显镇军村村委会不服同安县人民政府关于山林权属纠纷处理决定案。五显镇军村村委会与大同镇顶溪头村村委会因乌牛头山73亩山林权属发生纠纷，曾多次调解未果。1991年6月19日，同安县人民政府作出处理决定：（一）确认和维护政府颁发的土地证和山林权证合法有效，1982年政府对山林确权发证所界定的62亩山权林权属顶溪头村所有；（二）叶天补代军村村委会申报的同字第41693号土地房产所有权证中“猴石山脚”的山权因该证载明被“注销”，已没有法律效力，军村不拥有该山林的所有权；（三）诉争山林中11亩山坡地因双方均无产权证，归属国有。鉴于地理位置、现状和有利于经营管理的原则，由顶溪头村依法申报获准后使用。军村村委会不服，提起诉讼。同安县人民法院审理认为：县政府的处理决定事实清楚，程序合法，适用法律正确。判决维持了县政府的处理决定。军村村委会提出上诉。厦门市中级人民法院经审理作出终审判决：驳回上诉，维持原判。
  据统计，1985～1995年，全省共受理林业行政案件417件，审结405件。其中维持的80件，撤销的123件，变更的16件，限期履行法定职责的1件，撤诉的164件，驳回起诉的13件，其他处理的8件。
  三、地矿行政案件
  1988年《矿产资源法》实施后，福建省各级人民法院开始审理公民、法人或者其他组织不服人民政府及其矿产资源主管部门在地质勘查管理、矿产资源管理、矿产开发监督管理和地质环境保护等过程中实施的具体行政行为而起诉的案件。地矿行政案件中，主要涉及行政机关查处无证采矿，或者超越批准的矿区范围采矿，或者买卖出租及其他形式转让矿产资源，以及在征收矿产资源补偿费中引起行政争议的案件，同时也有少量行政机关裁决平等主体之间采矿权属纠纷而引起行政争议的案件。人民法院主要依据《矿产资源法》及其实施条例、《矿产资源勘查登记管理暂行办法》、《矿产资源监督管理暂行办法》、《矿产资源补偿费征收管理规定》和《福建省开办乡镇集体矿山企业和个体采矿管理办法》等地矿行政法律法规，并参照《地质勘查市场管理暂行办法》等有关的行政规章，依法进行裁判。
  人民法院在作撤销判决的案件中，除具体行政行为主要证据不足，适用法律法规错误，行政程序违法之外，相当部分是因为超越职权被判决撤销的。如漳平市拱桥煤矿不服漳平市矿产资源管理委员会以无证采矿对其行政处罚案。拱桥煤矿在采矿许可证限定的采矿范围之外，开挖煤硐采煤。市矿管委在市人民政府委托授权对该案查处之后，经过调查认定原告违反《福建省开办乡镇集体矿山企业和个体采矿管理办法》之规定，于1995年6月27日作出责令拱桥煤矿立即停止开采的处罚决定，并随后组织人员炸毁煤硐。拱桥煤矿不服，向法院提起诉讼。漳平市人民法院审理认为，漳平市政府委托授权市矿管委查处该案，没有法律法规依据，依法判决撤销被告漳平市矿管委的行政处罚决定。
  据统计，1988～1995年，全省共受理地矿行政案件90件，审结88件。其中：维持26件，撤销16件，变更2件，撤诉37件，驳回起诉6件，其他处理的1件。
  四、渔业行政案件
  1986年7月《渔业法》实施后，福建省各级人民法院开始审理公民、法人或者其他组织不服渔业行政管理部门在行使水产资源开发利用、繁殖保护、渔业水域生态环境、渔业管理与渔政渔港监督以及解决平等主体之间纠纷等职权中作出的具体行政行为而起诉的案件。渔业行政案件中，主要涉及渔政部门查处未依法取得捕捞许可证擅自进行捕捞，违反关于禁渔区、禁渔期的规定进行捕捞，使用禁用的渔具、捕捞方法进行捕捞，违法炸鱼、毒鱼，以及偷捕他人养殖的水产品、破坏他人养殖水体、养殖设施等而引起行政争议的案件。人民法院主要依据《渔业法》及其实施细则和《福建省实施〈渔业法>办法》，并参照《福建省重要水生动物苗种亲体管理规定》等有关的行政规章，依法进行裁判。如陈乃信、陈信祥不服霞浦县渔政管理站以无证捕捞对其行政处罚案。1991年7月，福安市湾坞乡浮溪村渔民陈乃信、陈信祥无捕捞许可证在禁渔区、禁渔期实施捕捞生产，霞浦县渔政管理站在海上执勤人员查扣了他们的渔船。被告根据《福建省实施<渔业法>办法》的规定，分别对原告陈乃信、陈祖兴（实为陈信祥）作出各处没收渔船一条、罚款2000元的行政处罚。两原告不服，向法院提起诉讼。鉴于《渔业法》对无证捕捞没有规定没收渔船，而省地方性法规——《福建省实施<渔业法>办法》规定情节严重的可以没收渔船，一审法院对如何适用无把握便逐级层报。经最高人民法院研究并征得全国人大法工委和国务院法制局意见后，作出了司法解释，认为福建省地方性法规的上述条款之规定，与《渔业法》的规定不一致，人民法院审理案件应当执行《渔业法》的规定。据此，霞浦县人民法院依法判决：维持被告分别对原告陈乃信、陈信祥各处罚款2000元；撤销被告对两原告各处没收渔船一条的处罚；被告赔偿两原告因渔船被扣而造成的生产损失各500元；赔偿陈乃信渔船损坏2300元，陈信祥渔船损坏1530元。被告提出上诉。宁德地区中级人民法院审理认为，原判对被处罚主体的认定错误（认定陈祖兴实为陈信祥），事实不清，审判程序不当，裁定撤销原判，发回重审。霞浦县人民法院重审期间，被告认为其依据省实施《渔业法》办法中“可以没收渔船”的规定，超越《渔业法》的有关处罚规定，决定撤销对两原告没收渔船的处罚；两原告对各处以2000元罚款不再持异议；对行政侵权赔偿，双方达成协议：被告分别赔偿陈乃信5250元、陈信祥3450元。案件以两原告申请撤诉，法院准予原告撤诉结案。
  据统计，1986年7月至1995年底，全省共受理渔业行政案件40件，全部审结。其中：维持9件，撤销12件，变更1件，撤诉7件，驳回起诉5件，其他处理的6件。
  五、水利行政案件
  1990年12月后，福建省各级人民法院开始审理少量公民、法人或者其他组织不服政府及其水利行政主管部门在水资源保护、管理和综合开发利用、防洪、灌溉、供水、发电工程监督管理以及处理水事纠纷等过程中实施的具体行政行为而起诉的案件。人民法院主要依据《水法》、《中华人民共和国河道管理条例》、《中华人民共和国防汛条例》和《福建省实施〈水法>办法》，并参照有关的行政规章，依法进行裁判。如浦城县交通工程队诉浦城县水利电力局不履行法定职责和行政侵权赔偿案。原告认为，经县矿管、港航、水土保持等部门批准，并报省地质矿产局核准颁发了《采矿许可证》，取得在南浦溪自马莲河至新亭止河段采砂权，有效期三年。嗣后又领取了营业执照，办理了税务登记，一切审批手续齐全，进行河道采砂完全合法。《水法》颁布后，原告根据被告的通知要求，补办了申请审批手续，但被告借口影响行洪、水工程安全，不作出批准或不批准的决定，却将原告采砂范围的河段批给两个体户采砂，被告的不作为和作为的行政行为违法，并构成行政侵权，应当赔偿损失。被告认为，《水法》实施后，按照《水法》规定，并依据水利部、财政部、国家物价局《河道采砂收费管理办法》的有关规定，水利部门作为河道的主管部门，批准河道采砂属于其职权，有权进行调整，在河道采砂只需水利部门审批发证。案经浦城县人民法院审理认为，原告经有关机关批准，采砂合法；被告在《水法》施行后有权调整原告的采砂范围，判决：被告没有构成行政侵权行为，不负赔偿责任。原告、第三人县矿管站提出上诉。南平地区中级人民法院审理认为，工程队在《水法》实施前，经有关行政部门批准、核发的采砂许可证合法有效；《水法》实施后，工程队依法申请补办审批手续，县水利局认定影响行洪、水工程安全的事实证据不足，不能成立。县水利局未作出批准或不批准的决定，又将工程队具有合法采砂权的河段批准给第三人采砂，违反了《矿产资源法》的有关规定，构成行政侵权。二审法院终审判决：撤销原判，改判县水利局构成行政侵权，赔偿工程队直接经济损失1086.6元。
  据统计，1990年12月至1995年底，全省共受理水利行政案件6件，全部审结。其中：维持4件，撤销1件，撤诉1件。