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(一）下级政府决算审计
  对下级政府的决算审计，是中华人民共和国成立后福建省审计机关的一项重要职责，通过决算审计达到维护国家政令统一，严格执行上下级财政利益分配政策，规范预算管理，强化预算约束的目标。决算审计的主要内容是对下级政府财政收支活动真实性、合规性、效益性进行审计监督。
  1986年，为了打开福建省财政审计工作局面，根据国家审计署的工作部署，福建省审计局颁发《关于开展财政决算审计的通知》，决定于1986年上半年对部分地市、县市区政府的1985年度财政总决算进行审计。省审计局副局长温海树带队到江西、安徽等省学习财政决算审计经验，收集了大量的资料。省审计局设计了财政决算审计实施方案与审计调查表，确定了审计时间、审计范围、审计重点和采用“上审下”的审计方式，并决定首先在漳州市开展决算审计试点。省审计局副局长黄时强会同当时来闽检查工作的审计署综合司主要领导，带领省审计局5名审计人员和福州、三明、莆田、泉州、建阳、龙岩6个地市的7名审计人员组成决算审计试审小组，对漳州市1985年度财政决算（以本级为主）进行审计。通过近一个月的审计，省审计局肯定了漳州市财政积极组织收入，严格控制支出，为本市经济建设发展所做的成绩。审计发现的主要问题有：财政收支不平衡；部分罚没款收入未及时入库；决算支出数不实；往来挂账数额偏大；财政周转金管理不规范。审计提出五点建议：严肃决算编审纪律，健全财政内控和监督制度，统筹安排财力，搞好财政综合平衡，加强财政周转金管理。这次试点审计培训了财政审计人员，探索了财政审计的路子，为全省开展财政决算审计打下基础。
  同年，根据审计署《关于开展财政决算审计的通知》要求，福建省审计局决定对全省9个地市及其下属16个县（区）进行决算审计。6月，省审计局对龙岩地区本级决算开展审计，查出虚列支出等违纪问题金额2152.15万元。在书面征求龙岩地区财政局意见的同时，省审计局领导会同省财政厅，多次与地区财政部门有关人员核实，在取得基本一致意见后于10月11日正式送达审计结论与决定。但是，这次审计的工作结果未遂人意，因为查出的问题在8月全国财政审计工作座谈会上引起审计署财政司的重视，在未充分征求政府领导与被审计单位意见和审计结论决定未下达之前，通报到有关新闻单位。10月18日、19日，中央人民广播电台、中央电视台、人民日报社等单位，分别发表《龙岩地区财政局弄虚作假惊人》、《严重违反财经纪律》等新闻报导。10月26日，省政府办公厅转来龙岩地区行署10月24日发出的特别传真电报。11月1日，省审计局请示省政府责成龙岩地区行署对龙岩地区财政问题作出检查。此后，省审计局先后收到省委书记陈光毅、省长胡平、省人大常委会主任胡宏对龙岩行署传真电报的批示，并于11月19日再次向省政府及有关领导作了报告。由于此通报到新闻单位，致使审计、被审计单位双方各持己见，矛盾尖锐。在龙岩地区财政局的要求下，国家审计署于12月29日至1987年1月10日对此进行了复审，于3月下了复审结论。除个别内容调整和文字上降调处理外，基本上维持了原审计结论和决定。为此,省长胡平、副省长王一士专门召开会议。省政府办公厅发出《急阅件》，王一士批示：“有争论的问题要商量，不要匆忙下结论。”省审计局[1986]134号文表示“关于要求省政府责成龙岩地区行署对龙岩地区财政问题作出检查的报告欠妥，造成不好的后果，省审计局要认真研究，总结经验教训。”
  1987年，在总结1986年工作经验的基础上，福建省审计局仍按25%的覆盖面，开展对宁德、建阳两地区的27个县、市的决算审计。虽然方法要求基本与1986年相同，但在延伸上有一定的面，地市一级一般都延伸30个左右预算单位。审计查出的主要问题有：个别执行单位坐支罚没款收入，行政事业单位预算包干结余不上缴财政，财政拨付专款不及时，部分预算单位专款使用不规范。
  1988年，福建省审计局对泉州、三明两地市进行决算审计。鉴于财政决算报表的几次修订与财政决算的调整，省审计局重新拟订审计实施方案，修改审计调查表格，压缩、新增一些内容，形成新的一套7份表格，减轻了被审计单位填表的工作量，方便了审计工作的实施。各地市在审计范围上也做了拓展的尝试。厦门市审计局受厦门市人民代表大会常务委员会的委托，对厦门市财政局的决算进行同级审计，取得较好的效果。当年财政决算审计查出的问题虽然比较多，但由于当时的经济形势是“绿灯跑着走，红灯绕道走”，又处于企业厂长经理“松绑放权”的热潮之中，审计查出的问题基本上没有得到妥善处理。
  1989年是按25%的审计面进行第一轮审计的最后一年，除厦门未安排外，省审计局对福州、莆田两市进行决算审计。当年，省审计局把贯彻中共十三届三中全会关于治理经济环境，整顿经济秩序，深化企业改革的方针摆在各项工作的首位，坚持突出重点，开拓审计深度，不仅审计财政收支是否真实合法，还对财政、税收政策执行的可行性、合法性进行审计。全省共纠正违纪资金6849万元，上缴财政1640万元。此外，有的县审计局还根据乡镇政府已成立并进入正常运转的情况开展乡镇政府财政决算审计试点工作。，
  1990年，福建省财政决算审计进入第二轮，审计覆盖面提高到50%，实行两年一审制度。当年省审计局审计了漳州、龙岩、三明、南平4个地市，在审计方法上要求抓住重点，注意延伸，审计人员由原来的十几个人减少到4～5人，审计时间由原来的一个月左右压缩到8～12天。根据国家审计署下达的《关于做好财政审计结论和决定监督执行工作的通知》，省审计局针对个别地市执行财政审计结论不够严肃认真的现象，对全省提出5条要求，抓好财政审计结论决定的落实。同年2月，省审计局成立重大审计事项审理制度，把地市财政决算审计正式列入会审范围，以加强对财政审计业务的管理。当年全省审计机关对42个地市县的财政决算及税收管理进行审计，查出不合规金额1.24亿元，调增了各级财政收入1000万元，并指出财税管理中的薄弱环节。
  同年，福建省审计局首次接受国家审计署的委托，对江西省本级财政决算进行就地审计。这是福建省审计局第一次开展省级财政审计，审计成果受到审计署的好评。
  1991年，福建省审计局根据审计署提出的“积极发展，逐步提高”的审计工作方针，确立了“突出重点，注重效果，体现特色”的审计业务指导思想，贯穿于财政审计的全过程。当年继续实行两年一审的普遍审计制度，全省完成了38个地市、县市的决算审计，共查出违纪金额18178.72万元，可增加财政收入8523.98万元，减少财政支出332.82万元，其他处理9320.92万元。查出的主要问题有：地方政府和财政部门在财政税收管理和政策执行上越权；应收未收，截留、隐瞒和转移财政收入；违规擅退国家金库收入；罚没收入组织入库和管理不力。本次财政决算审计的主要特点是：（1)对象改变。根据《中华人民共和国审计条例》（以下简称《审计条例》），财政决算审计对象由下级财政部门改为地方一级政府，树立地方政府接受审计监督的法制观念；（2)委托试审。根据泉州市审计工作的需要，将泉州市本级财政决算审计工作委托泉州市审计局试审，取得了一定的经验和教训，探索同级审计的路子。
  1992年，福建省审计机关认真学习中共中央2号文件，深刻领会邓小平南巡讲话精神，结合本省实际情况加强和改进财政审计工作，把财政决算审计的重点放在强化预算刚性、提高财政预算宏观调控能力、促进预算管理上。全省仍按50%的覆盖面，完成对漳州、三明、泉州、龙岩4地市及38个县政府的财政决算审计，共查出违纪金额11692.04万元，其中应上缴财政531.83万元。审计发现的主要问题有：应缴预算收入未及时解缴入库（包括国有企业欠缴承包利润、滞留占压应缴预算收入）违规退库，国有土地使用权有偿出让金未纳入财政预算管理，财政预算外资金欠缴“两金”（预算调节基金和能源交通建设基金）现象严重，税务部门超提、多提各项代征代扣手续费。
  同年，福建省审计机关统一部署，开展乡镇财政收支审计，全省对540个乡镇财政决算进行审计，审计植盖面达45%。通过乡级财政审计发现了预算管理上存在的普遍性、倾向性问题，查出违纪金额1185.33万元，其中应上缴上级财政448.66万元。延伸审计了490个乡镇直属的基层站所，查出违纪金额1163.77万元，其中应上缴财政收入776.70万元，挪用财政专项奖金59.77万元，请客送礼159.80万元，滥发奖金实物167.50万元。
  1993年，根据福建省人民政府1992年10月10日明传电报的要求，省审计局决定对1992年度财政净结余出现赤字的地市县进行决算审计。全省23个地市县（其中地市4个：三明、厦门、莆田、宁德）共查出有问题金额18880万元，处理后可减少赤字规模5266万元。当年审计工作中，为配合《预算管理条例》的实施，试行了复式预算的审计方法，将财政一揽子预算收支按复式预算进行分类划分、分别进行经常性和建设性预算收支的平衡审核，基本上认定了赤字的性质。审计发现“赤字无害论”、“赤字有助于超前建设”和“赤字有实惠”的思想在一定范围内有市场，这也从另一个侧面反映了现行财政体制上的弊端。
  1994年是分税制财政新体制实施的第一年，税务机关为配合财政体制改革，分设了国家税务局和地方税务局，划分国家税种、地方税种和共享税种。税收实行分别征管，分别入库。新的分税制财政体制规定：以1993年的财政收支作为地方的基数，同时要注意保护地方的经济利益。由于受地方利益的驱使，各地1993年度的财政决算在真实性方面引起审计部门的重视。当年安排的4个地市（福州、南平、泉州、龙岩）的50个县市的决算审计以核实基数为重点。审计发现各地采用边收边支、清理死欠、征收过头税等方法扩大1993年收支基数问题，及时提出核实和纠正的办法，为分税制改革措施的实施创造条件。
  1995年，由于《审计法》的颁布，财政审计的中心转向本级预算执行情况审计。福建省审计厅为做好本级预算执行情况审计，做了大量的审前工作。当年的财政决算审计，省审计厅只安排漳州和三明两市，发现的主要问题有：违反中央对财税部门的要求，大量调度库款参与商业性金融活动；挤占省级财政收入；财政周转金管理、使用不规范；税务部门违规提退。审计厅依法提出处理意见，两个地市都进行纠正和整改。针对审计发现的问题，省审计厅专题向省政府汇报，省政府办公厅《今日要讯》以要事专报形式予以登载。
  (二）本级预算执行情况审计
  中华人民共和国成立后的福建省审计机关，对本级预算执行情况进行审计，是根据《审计法》第四、十六、十七条的规定组织开展的一种财政审计。审计的内容包括预算收入执行审计、预算支出执行审计、财政收支平衡情况审计、上下级财政结算情况审计、其他财政收支审计等。审计涉及的部门包括财政、税务、金库、国有资产管理局以及其他预算执行单位。
  1992年，中共十四大召开，中共中央提出建立和完善社会主义市场经济，必须加强和改善国家对国民经济的宏观调控。由于财政收入与经济发展不同步增长，财政收入占国民收入的比重和中央财政收入占全部财政收入的比重大幅度下降，严重制约财税部门宏观调控能力的发挥。为此必须进一步加强和改进财政审计监督工作，严肃财经纪律，维护国家政令统一，促进地方政府和财税部门加强管理，理顺分配关系，保证社会主义市场经济的健康发展。为贯彻落实十四大精神，加强和改进财政审计工作，1993年，福建省审计局提出在搞好财政决算审计的同时，适当选择部分地市开展预算执行情况审计，并列入当年指导性项目计划，要求各级审计机关将其作为财政审计的一项重要内容，一次重要尝试。同时，省审计局对预算执行情况审计拟定方案：重点审计内容，包括年初预算编制的合规性、科学性，财政预算执行情况，预算支出的执行情况，预算收支的执行结果及其分析；审计要求，包括坚持“上审下”原则，审当年的原则，对审计发现的问题只下意见书不作硬性处理。
  1993年10月，福建省审计局在对福州、南平两个地市1992年度本级财政决算进行审计的同时，对其1993年度1～9月预算执行情况进行首次试审。本次试审在全国亦属超前。试审发现在预算编制、预算执行、预算调整、预算管理等方面存在的问题，引起当地政府的高度重视，达到试审预期目的。
  1994年，根据《审计条例》和《国家预算管理条例》的规定，福建省审计局决定对漳州市1994年本级财政预算执行情况进行审计。审计分两个阶段进行。第一阶段于7月进点，主要对预算编制情况进行审计。8月，福建省审计局下达《关于漳州市1994年本级财政预算编制审计意见书》，肯定漳州市预算安排体现了“一要吃饭，二要建设，统筹兼顾，保证重点”的方针，坚持了量力而行、尽力而为、收支平衡的编制原则，同时也指出在预算执行中应予调整的问题：（1)本级预算未按复式预算编制，无法科学、全面地考核、分析财政资金的流向和流量；（2)市本级预算收入计划比市税务局的工商税收计划任务数少654万元，希望加以调整；（3)支出计划编排上留下工资改革等资金缺口，收入预算中尚未调整因省集中罚没收入20%而减少财力660万元，这样给当年预算平衡造成较大压力；（4)企业挖潜改造支出，简易建筑费支出占预算总支出比重偏高；（5)年度预备费安排超比例。第二阶段于11月进点，对漳州市本级1994年1～10月份预算执行情况进行审计。1995年2月下达审计意见书，指出财政预备费使用不规范，预算调整未按法定程序办理，部分应作为预算内的收入挂在预算外，财政周转金沉淀呆账较多等问题。
  1994年10月28日至11月1日，为了贯彻实施《审计法》关于开展同级财政预算执行审计的有关规定，审计署在厦门市召开全国财政审计工作座谈会。郭振乾审计长出席会议并作了重要讲话。会议就财政审计的指导原则、主要任务、审计范围、报告内容及具体操作方法进行广泛的讨论，并基本达成共识。主要内容是：（1)审计机关对国家财政收支管理进行审计监督，有利于促进和完善国家预算管理体制和监督制约机制；（2)财政收支审计是对本级年度预算执行情况及其他财政收支进行审计监督，也是对下级政府预算执行结果和决算以及其他财政收支进行审计监督；（3)审计范围包括国家预算执行机关，参与组织预算的执行机构，财政有偿使用资金、预算外资金、基金的管理部门等。本次会议，对福建省开展本级预算执行审计具有重要的指导意义。
  同年底，为圆满完成1995年的本级预算执行审计工作，福建省审计厅召开地市局长研讨会，省审计厅财政处在会上介绍了“预算执行情况审计要点”和“其他财政收支审计要点”。同年，省审计厅还举办两期培训班，讲授“财政预算执行情况审计”和“其他财政收支审计”课程。
  1995年1月21～22日，福建省审计工作会议在福州召开，陈丽群副厅长传达了全国审计工作会议精神，庄表峰副厅长对财政审计工作作了专题发言。2月13日，根据《审计法》的规定，省审计厅制定了7个操作性的规范性文件，其中之一是《福建省财政审计工作规范》，至此财政预算执行情况审计的有关配套制度已基本趋于完善。5月，为了做好福建省预算执行和其他财政收支的审计监督工作，省审计厅根据《审计法》和国务院《中央预算执行情况审计监督试行办法》，结合本省实际情况，拟定《福建省地方预算执行情况审计监督试行办法》送审稿，共有十五条内容，对审计目的、原则、主要内容、审计方法、两个报告的规范要求、报送时间等都做了具体规定。8月16日，以省政府第30号令正式发布施行《福建省地方预算执行情况审计监督试行办法》，为开展本级预算执行审计提供操作性很强的法规依据。
  8月29日至9月3日，华东地区第九次审计工作座谈会在武夷山市召开。会议的主要议题是交流和研讨本级财政预算执行情况审计的有关情况和问题。会议达成如下共识：关于开展审计的指导思想问题，关于统一思想问题，关于审计面和审计质量，关于分阶段审计及相关事项如何处理问题，关于审计机关代表政府向人大常委会提交工作报告的时间问题，关于国税审计问题，关于上级审计机关对下级政府财政决算审计的重点内容问题，关于上级审计机关审计下级政府预算执行情况与下级审计机关审计本级预算执行情况的关系如何处理问题。
  10月，福建省审计厅组织21个审计小组共75人，分两阶段对省本级1995年预算执行情况进行审计。事前，省审计厅制定了《福建省本级1995年度预算执行审计总方案》，经省政府审定同意实施。《总方案》确定的审计对象为省财政厅（含国有资产管理局、省级地方金库）、省地方税务局、省计委、省经贸委等16个部门，还确定对省公安厅、省检察院、省法院和地市公安机关办案补助费的拨付和使用情况，省级农业投入情况，省退休养老保险基金的管理使用情况，全省公路养路费的征收和管理使用情况，省级外债和偿债基金情况进行专项审计和审计调查。审计面达一级预算单位数的30%，资金量达预算资金的50%。省审计厅将本次预算执行审计结果分成以下六个内容向省政府作了汇报：本级预算执行情况，预算执行情况评价，.预算执行和预算管理存在的主要问题，1994年度财政信用资金审计调查情况，预算外资金审计和专项审计（调查）情况，对审计查出的问题及处理意见和加强预算管理的建议。此次审计，省审计厅财政处主要承担省财政厅、省地方税务局、省国有资产管理局、省地方金库的审计任务，发现的主要的问题有：（1)预算批复不及时，待分配指标数额偏大；（2)收入监交力度不足，部分收入退库不规范；（3)支出方面化预算内为预算外，行政经费超预算，预算资金不按规定用途使用，公费医疗超支严重；（4)预算管理存在不足之处，调度库款用于其他用途，増设追加周转金未按规定程序报批，财政厅机关经费开支水平偏高，会计基础薄弱；（5)财政信用资金存在逾期沉淀资金量大，部分来源不合规，部分投向超出限定扶持方向，存款利息和占用费分配不规范，以信用资金垫付本部门基建费等；(6)预算外专项资金管理方面存在部分融通借出资金未经省政府批准，违规开户，利息未转增本金等现象。
  (三）税收审计
  税收审计是审计机关依据《审计法》对各个税种的开征、缓征与停征、税目的增减和税率的调整、税款的征收与缴纳、税收的减免与提退以及税收计划执行情况的审计监督。
  1986年，福建省审计局开展税收审计试点。当时，税收审计只作为决算审计的一个延伸，审计内容只有减免税、以税还贷两个项目，对税务部门不发审计通知书，不下审计结论和决定，即不当作一个单独的审计对象。通过试审，省审计局认为：税务部门是一个独立的政府职能部门，承担着绝大部分的财政收入的组织征收任务，其审计内容亦很丰富，仅作为一个延伸审计单位，不利于审计结论与决定的落实。为此，省审计局和福州市审计局联合在长乐县税务_专项开展税收审计试点工作。通过对减免税、以税代贷、税款征收、集贸市场税收提成、代征代扣手续费的提取等项目的试审，初步了解了税务部门完成税收计划、执行税收政策的依据和存在的问题：随意变通曲解税收征收政策造成税款流失；新开口子减免税，越权违规减免税；对企业以税还贷审查不严造成企业侵占国家税款，各项手续费、集贸市场税款提退比较混乱。
  1987年，为了促进税收制度改革，加强税收管理，福建省审计局专门部署税收审计工作，决定对全省14个税收单位（其中地市级2个，县级12个）开展税收审计，由省审计局与泉州市、莆田市审计局联合实施。审计方法采用财政决算“上审下”和同级审同级的方法，并适当延伸到上下年度和有关联的企事业单位。
  1988年，福建省审计局决定把税务部门作为一个独立的审计对象，单独发审计通知书，采用与财政决算审计同步进行的方式，对泉州市、三明市税务局的税收计划完成、税收政策执行情况进行重点审计。对审计发现的越权违规减免税收、违反程序以税还贷、违规退库问题，省审计局单独做出审计结论和决定送两市税务局，责成其限期纠正。
  1989年，为配合完成第一轮财政决算审计任务，福建省税收审计除结合当年财政决算审计外，还对福州、莆田及未正式审计过的漳州、龙岩、南平、宁德4个地市进行审计。审计的主要内容有三个部分：税收计划完成情况，税收政策执行情况，各项提成和退税情况。通过审计发现的主要问题有：越权违规减免税20.44万元，违反程序以税还贷6.79万元，扩大范围、提高比例、多提集贸分成和代扣手续费、多发奖金等44.80万元。审计建议：规范各种减免税行为，减少随意性、盲目性；以税还贷是国家扶持国有企业的特殊政策，税务部门应严格执行国家规定，不得违反程序扩大范围；严格遵循现行提退制度。
  1990年，福建省税收审计与财政决算审计同时进入第二轮审计阶段。当年省审计局结合财政决算审计对三明、南平、漳州、龙岩4个税务局进行税收审计，审计覆盖面和审计范围不断扩展，同安县审计局还对建筑税的征收管理情况进行专项审计。
  同年，福建省审计局接受国家审计署的委托，在开展对江西省财政决算审计的同时，也对江西省税务局进行税收审计。
  1991年，根据国家审计署的指示精神和财政审计规范化的要求，福建省财政审计的对象改为下一级地方政府，税收审计改变以往给税务局发审计通知书，并下审计结论和决定的作法，决定并入财政决算审计范围，即审计财政决算的同时进行税收审计，审计通知书、审计结论与决定发给地方一级政府，税务部门和财政部门一样仅作为一个抄送和执行的单位。这种作法既有利于政府督促财税部门配合审计工作，又有利于政府了解审计结论与决定的内容及落实情况。
  1993年，为了贯彻中共中央、国务院关于加强宏观调控的决定和全国人民代表大会通过和颁布的《中华人民共和国税收征收管理法》，福建省审计机关对部分县市税收征管情况进行审计。审计发现的问题有：税务登记户数少于工商登记户数，纳税申报不及时不规范，税务票证管理不严密，基层税务干部队伍素质不高，国家税法执法不严。针对审计发现的问题，省审计局进行综合、汇总、归纳，向省政府提交《关于我省税收征管情况的综合报告》。
  1994年和1995年，福建省审计机关的税收审计结合在决算审计中进行。
  (四）预算外资金审计
  1987年，福建省审计局开始对财政预算外资金进行审计。当时主要是在开展财政决算审计，查财政预算内资金的完整性的同时检查预算外资金。审计内容有：是否存在将应纳入预算内的收入挂在预算外的现象，应纳入预算内的企业利润是否及时足额上缴。1989年、1990年，省审计局分别对泉州、三明、莆田、福州4个地市的财政预算外资金进行审计，查出的问题有：周转金资金来源不当，管理不够合理；财政部门预算收入未及时上缴能源交通基金；福州市的城市基础配套费未纳入财政预算资金管理。本次审计，达到摸清预算外资金、核实周转金规模、协调财政预算内外资金的关系的目的。
  1992～1995年，福建省审计机关对预算外资金的审计结合在决算审计和本级预算执行情况审计中进行。
  (五）财务收支审计
  1988年，福建省审计局对泉州、三明两市的财政局、税务局的机关经费进行财务收支审计。鉴于当时机关经费的财务基础工作比较薄弱，查出的问题及意见未写入审计报告，只做口头反馈。
  同年，福建省审计局对福建财会管理干部学院、省集美财政专科学校、省税务学校进行财务收支审计。在核实部分经费收支情况和人员基数的基础上，调减部分支出，提出划清资金渠道，严格单位内控制度，加强财务管理的审计建议，得到被审单位的认可。
  1989年，福建省审计局在对福州、莆田、南平、宁德、漳州、龙岩6个税务局开展税收审计的同时，对税务机关经费的财务收支进行审计，主要查出税务机关违规购买专控商品14.68万元，多发奖金应补交奖金税4.60万元。
  1990年，福建省审计局对省财政厅、省税务局的机关经费进行财务收支审计，并将审计对象延伸到省财政厅所属的工会、劳动服务公司、招待所。查出省税务局以拨作支金额25.50万元，省财政厅未清理往来款50万元，劳动服务公司预提费用列作支出等问题。
  1991年，福建省审计局与省税务局配合，开展全省税务系统经费财务收支情况审计。省审计局统一制定审计方案和审计表格，划定违纪问题的处理界限，在了解汇总全省税务系统经费财务收支的规模、状况的同时，发现一些带普遍性、倾向性的问题，主要有：违规购买控购商品，违规多提、超提各项税收提成，奖金、福利和各项接待费开支偏大。此次审计把过去单一的微观的财务收支审计资料汇总成宏观的系统的审计资料，促使全省税务系统纠正和制止违纪违规现象，规范财务核算制度。
  1994年，福建省审计局再次对省财政厅、省税务局所属的集美财政专科学校和省税务学校开展财务收支审计，并注意延伸到校办的有关单位，发现部分抵支收入未入账、往来挂账未及时清理等问题，引起两校领导的高度重视。集美财政专科学校和省税务学校对审计发现的问题进行清理，提出整改措施和改进意见。集美财政专科学校还专门上报清理情况。
  1995年，根据《审计法》的要求，福建省审计厅在进行本级财政预算执行情况审计的同时，开展同级财政税务财务收支审计。审计查出的机关违规经费问题，统一汇入本级预算执行情况审计结果报告，一并报到省政府。
  (六）专项审计和审计调查
  财政专项审计和审计调查是审计机关对社会热点问题，政府关注的焦点问题，预算活动中带普遍性、倾向性问题，财政管理活动中的深层次问题所开展的一种审计监督和调查。
  1987年，为了扩大税收审计的影响，探索税收审计的路子，省审计局决定当年开展全省范围内的1986年税务部门集贸市场税收分成情况专项审计和1985～1986年减免税、以税还贷情况审计调查。集贸市场税收情况专项审计，摸清该项收支的规模，发现全省有56个税务局提高分成比例（由30%提高到40%),多提分成金额484.61万元。省审计局关于集贸市场税收情况审计报告引起财政部、税务总局的重视，批转专项审计报告通知福建省税务局予以纠正。减免税、以税还贷的审计调查报告，为配合全国开展清理减免税活动提供可靠的资料，及时反映和剖析福建省税收政策方面存在的问题，为政府和上级主管部门合理运用税收经济杠杆进行宏观调控起了促进作用。
  1990年，福建省审计局部署全省审计机关开展对乡镇财政收支情况的专项审计。由于审计内容、范围全省未能统一汇总，不能形成综合报告上报，影响了审计成果的发挥。
  1991年，根据国家审计署《关于对财政重点问题进行审计和审计调查的通知》，福建省审计机关开展对财政部门预算外各种专项基金情况和税务部门用越权违规减免税解决企业资金不足问题的两项审计调查。通过基金情况调查，基本摸清财政部门掌管的各项基金规模、种类、来源、使用方向、管理监督办法和存在的主要问题。审计提出进一步建立健全基金管理制度，最大限度地发挥财政预算基金、资金的积极作用的建议，得到审计署有关部门的肯定。减免税情况审计调查，发现了政策上乱开口子、减免不当、减免税管理环节薄弱等问题。
  同年，省审计局还开展财政专项周转金情况的审计调查，发现基金来源不当，周转金、占用费收支使用缺乏明确的管理规定，投放缺乏可行性研究，资金沉淀严重、回收率偏低等问题。
  1992年，根据国家审计署的工作部署，针对福建省1991年72个地市县有34个存在不同程度的赤字，赤字面达47.22%的情况，福建省审计局开展对全省34个赤字县财政的专项审计调查。审计调查摸清了累计赤字总额，了解了发生赤字的客观原因有：（1)赤字县市的经济基础都比较薄弱，国有企业效益低，竞争力不强，为财政提供的收入极为有限；（2)蔗糖政策调整，在很大程度上影响了莆田、漳州的财政收入；（3)机构庞大，冗员过多，财政负担沉重；（4)政策性増支，赤字地区财政无法自行消化。主观原因有：年终突击拨款，以拨作支问题较普遍；违规退库，冲击财政收入；税务征管力度不够，偷漏欠税现象严重，财政组织监缴未进一步加强；地方政府自觉接受预算约束的意识不强。审计发现赤字县市存在的主要问题有：企业潜亏严重；政府负债高；生产性支出萎缩，导致经济运行的恶性循环；专款未能及时拨付到位，影响事业发展。审计建议：发展生产，注重效益；转换机制，扭亏增盈；精减机构，裁减冗员；树立勤俭办实事的作风；给赤字县市更优惠的政策；增强预算约束的刚性。省政府对此做了专门批示，要求有关部门研究解决赤字问题的措施和对策。
  同年，福建省审计机关还对全省3个地市的39个县市1987～1991年的各项税收情况进行审计调查，弄清了税收方面的来源、结构、规模、去向，了解了税收分成的特性，分析了存在问题的主要原因。审计提出加强税收分成管理的建议有：必须改变现行税务部门自批自退税收分成的作法，引入约束机制；重新明确集贸市场税收提成范围；继续执行代征代扣手续费使用余额交回国库的规定；制定一个完善的税收分成管理使用办法。
  1993年，为配合财政决算审计，福建省审计机关开展对厦门、三明、宁德、莆田、福州、南平6个地市财政信用资金的专项审计。审计发现的主要问题有：一是存在苗头性问题，主要包括：（1)财政信用资金委托金融机构用于纯属商业性经营活动；（2)违反国家利率政策，将财政信用资金用于高利放贷；（3)利用财政信用资金参与房地产投资；（4)以发行企业债券和向企业借贷形式，扩充财政信用资金规模；（5)以财政手段融通企业间借贷，干扰国家的金融秩序；（6)利用财政信用资金调度，扩大赤字规模。二是存在普遍性、倾向性问题，主要包括：（1)投向较为混乱，超出扶持范围；（2)逾期沉淀较为严重，回收率偏低；（3)利用信用资金投资入股，其收益没有纳入财政预算，在财政“体外循环”，形成“第三”财政；（4)部分财政信用资金的来源不合理。审计建议：（1)信用资金的投向应体现国家产业政策，体现“保证重点，兼顾一般”的原则，树立“效益信用”的观念；（2)引进金融管理机制，借鉴金融部门的贷款管理制度，建立一套完整、规范的财政信用管理制度、财务核算制度和内部控制制度；（3)省对地市县财政信用资金规模、预算增补比例和条件应做出相应规定，防止失度发展，分散财力；（4)对赤字地区的信用资金和预算资金应统筹结合安排，特别是经营性、效益性项目安排；（5)国家应制定利用财政信用资金投资参股的规章制度，对财政信用资金投资收益应纳入财政预算管理，杜绝财政资金的“体外循环”；(6)占用费使用分配不当，应与财政机关经费、福利脱钩，建议实行“收支两条线”管理办法，收取的占用费全额转增周转金基金，必要的业务费开支由预算安排核拨。福建省人民政府对该调查报告作了专门批示，要求省财政厅组织力量对照存在的问题限期整改。
  1994年，为配合部分乡镇领导、街道办事处主任离任，福建省审计机关开展对388个乡镇预算外资金收支合规性的专项审计。审计发现的问题有：（1)部分农业专款未及时拨付到位，存在挤占、挪用现象；（2)计划生育收费没有纳入财政管理，用于发放奖金、补贴、招待费等现象较普遍；（3)罚没收入未及时上缴财政，普遍存在截留、坐支现象；（4)虚增财政收入，扩大收支规模；（5)截留特产税收入；（6)总预算会计基础薄弱，未能发挥监督、核算职能。审计建议：（1)严格执行《福建省乡镇财政总预算会计制度》，重视加强乡镇企业财政管理、监督作用；（2)加强对计划生育收费管理和监督；（3)划清乡镇政府行政经费和乡镇财政预算资金界限；（4)加强农业发展资金管理，防止挤占、挪用；（5)抓好乡镇财源建设。省人民政府对该报告作了专门批示，要求省财政厅必须高度重视基层乡镇财政建设。
  1995年，根据省政府领导的要求，福建省审计机关开展对电力建设基金收支情况的专项审计调查。审计发现的问题有：（1)个别地方仍存在漏征现象，地方政府在国家规定之外擅自开征电力建设基金，且征收范围、标准各异；（2)电力建设基金贷款的回收不理想，逾期、沉淀现象较多，影响资金的正常周转；（3)存在电力建设基金挪用、截留、克扣现象；(4)电力建设基金周转时间长，程序复杂，影响资金的及时到位和效益的发挥。审计建议：(1)对各级库区办公室在使用管理库区补偿资金中出现的各种问题，应由各级政府采取措施，督促其限期整改；（2)应还未还省集资办的电力建设基金本息，建议省政府责成管理部门提出具体措施，定出偿还方案，落实到具体单位，促使逾期资金尽快清理收回；（3)减少资金的中间周转环节，简化运作程序，加速资金周转，使建设资金尽快及时拨付到位；（4)电力建设基金的使用方式应以投资参股方式为主，临时短期借贷为辅；（5)建议省政府统一规范和全面清理地方政府在国家规定之外擅自征收的电力建设基金，以体现政令一致。省政府对该报告作了专门批示，要求省电力局、省计委、省财政厅研究解决审计反映的问题，对省库区办系统存在的问题，省政府另行专题研究解决。