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萩芦溪位于东经119°00′～119°12′，北纬25°38′～25°29′之间，为福建沿海中部主要河流之一。上游有二源，西源出自仙游县东北部山地；北源与永泰县交界，流经庄边乡，于白沙乡的宝阳汇合，再经白沙、萩芦，接纳三叉河，在江口镇注入兴化湾，流向台湾海峡。流域还包括仙游县和福清市各一小部分，总面积709平方千米。
  （一）水系与河道
  水系排列具有羽状特征，地势西北高，东南低，大部处在海拔100米以上高程，以望江山1083.4米为最高。
  主河长60千米，，中上游为中低山地，是戴云山脉蜿蜒而东的支脉，岩层由中生界火山岩组成，河道平均坡降为25.9‰。属山溪性河流。菽芦乡以下为下游，河道较开阔，水流平缓，坡降最小为5.8‰，属兴化平原，河口与福清市交界。
  （二）径流与泥沙
  本流域面积占莆田县北部山地之大部，气候温暖潮湿，雨量充沛，最大降水区在新县乡与福清市交界处。中上游年平均降雨量在1600～1800毫米之间，多年平均径流深都在850毫米以上。全年大于10毫米的降水日数，一般为42～48天。平水年径流量约6.25亿立方米；十年一遇干旱年径流量为3.68亿立方米。
  本流域地下水一般为裂隙潜水，局部地带由于构造原因，可形成承压水。单泉流量一般为0.002～0.744升/秒，年补给量约2000多万立方米。
  萩芦溪上游植被覆盖好，河流含沙量小，污染源少，水质较好。1971年，建“外渡引水工程”，把萩芦溪水引入东圳水库，年可补充水量约2亿立方米。
  （三）水力资源与水利建设
  萩芦溪的水力资源较少，理论蕴藏量1.59万千瓦，天然落差790米，可能开发装机容量6300千瓦。建有水电站4座，总装机容量为4420千瓦。1974年，在支流三叉河上兴建一座中型水库——东方红水库（总库容2170万立方米）。
  莆田县水利建设历史悠久。早在宋太平兴国二年（977年），在萩芦溪干流兴建南安陂，至宋嘉祐二年（1057年）在南安陂上游兴建太平陂。1950年，对这两座古陂进行整修扩建。
  中华人民共和国成立后，本流域兴建了许多水利工程，大多是以灌溉为主，结合防洪、发电、养殖。已建中、小型水库20余座，总库容约2700万立方米，可灌溉耕地面积0.47万公顷。