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1935年底，闽西南军政委员会从中共中央设在上海的联络站得到党中央“关于开展抗日反蒋统一战线”的指示，并通过闽粤边特委与党中央在香港的党组织及华南抗日总会取得联系，从送来的报刊上看到《八一宣言》和《陕北苏区党代表大会号召联合抗日吿全国人民书》。1936年1月1日，闽西南军政委员会在上杭双髻山召开第二次会议，确定在全闽西实行抗日反蒋统一战线的方针政策；选举邓子恢、谭震林为军政委员会副主席。1月5日，闽西南军政委员会作出《关于目前新的形势与新的任务的决议》，决定在斗争中实行一系列新的政策：（1）对于各阶层、各党派，包括地主、富农、国民党人士在内，只要他们有爱国之心，赞成抗日反蒋，对其过去所为，既往不咎，并对其主动团结；对一般地主、富农不再没收其财产。（2）对国民党军队，包括中央军、保安团，只要他们对红军停止“清剿”，停止摧残群众，红军也不进攻他们。（3）对于国民党地方基层组织及武装，红军采取争取方针；（4）对于商人、手工业主，采取坚决保护自由贸易、公平买卖的政策。闽西南军政委员会还决定将红军改称为“中国工农红军闽西南抗日讨蒋军”，各县游击队统称为抗日讨蒋游击队或义勇军。
  6月，广东、广西军阀陈济棠、李宗仁、白崇禧等打出“抗日反蒋”旗号，并以北上保卫华北地区为名进兵湖南，发动了“西南事变”。闽西南军政委员会过高估计“西南事变”的意义，采取“局部反攻”的策略。不久，蒋介石收买广东陈济棠部，广西李宗仁、白崇禧也委曲求全，与蒋重归于好。驻闽粤军由“抗日反蒋”一下子变为加强“剿共”，闽西南军政委员会未曾料及形势变化，结果使部队遭到一定损失。11月，闽西南军政委员会总结经验教训，作出《关于在西南事变中我们工作的检查与目前紧急任务的决议》，决定在打破粤军“清剿”的同时，继续对粤军加强抗日宣传，开展统战工作。
  1937年2、3月间，闽西南军政委员会从国民党的报刊中获悉“西安事变”及中共中央向国民党五届三中全会提出“国共合作，一致抗日”的消息。4月，通过闽粤边特委又得到《关于抗日救亡形势与民主共和国的决议》及中共南临委3月5日给闽粤边特委的信，从而得知党中央已从“抗日反蒋”转为“联蒋抗日”。4月25日，闽西南军政委员会在永定召开常委扩大会，决定在闽西推动国民党抗日，建立抗日民族统一战线。会后，闽西南军政委员会发出《为停止内战，对内和平，一致抗日的指示》，制定《闽西南人民抗日救国纲领》，并发出《三致粤军公函》，进行促进国共和谈的工作。5月，闽西南军政委员会派魏金水为代表与粤军一五七师吴琪营长首次会谈。接着，派谢育才为代表与粤军一五七师师长黄涛直接谈判。7月上旬，又派出谢育才、邓子恢前往龙岩，与一五七师四六九旅旅长练惕生和第六行政公署专员张策安继续谈判。7月29日，双方终于在龙岩达成谈判协议，闽西地区第二次国共合作局面初告形成。
  根据1937年7月29日的谈判协议，闽西红军游击队于8月30日、9月4日，分别集中于龙岩的白沙、平和的芦溪点编，经点编后，共有1100余人，编为3个支队。
  红军点编之后，国民党闽西当局制造事端，企图把红军改编为“保安团”。闽西南军政委员会坚持中共中央关于国共合作的原则立场，断然拒绝国民党的要求，把红军游击队定名为“闽西人民抗日义勇军第一支队”。
  这期间，前往延安向中共中央报告工作的方方回到闽西。10月9日至15日，闽西南军政委员会在龙岩县白沙乡南卓村召开闽粤赣边第一次临时党代表会议，会议传达了方方在延安汇报工作时毛泽东对闽西南游击战争的评价：“你们三年的苦斗有很大的功绩。”给与会人员很大鼓舞。会议遵照党中央的决定，撤销闽西南军政委员会，成立中共闽粤赣边省委员会，张鼎丞为书记。
  1937年10月2日，中共中央与国民党政府达成协议，决定将南方八省的红军游击队改编为陆军新编第四军。12月下旬，新四军军部在汉口成立，以叶挺为军长，项英为副军长。
  1938年1月6日，新四军军部移驻南昌，并命令闽西、闽粤边、闽赣红军游击队改编为新四军第二支队，由张鼎丞任二支队司令员，谭震林任副司令员，罗忠毅任参谋长，王集成任政治部主任，邓子恢调任军政治部副主任。
  1938年2月，闽西红军游击队、闽粤边区的红三团和闽赣边区的汀瑞游击队相继到达龙岩白土，部队进行改编，成立二支队司令部，下辖第三、第四两个团，三团团长黄火星，副团长邱金声，全团1400余人；四团团长卢胜，副团长周桂生，全团1300余人。3月1日，张鼎丞、邓子恢、谭震林等人率领二支队离开白土，北上皖南抗日。