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秘书长办公会议制度于1993年6月设立。1998年1月，省九届人大常委会党组通过了《福建省人大常委会秘书长办公会议规则》。秘书长办公会议由秘书长、副秘书长，以及专门委员会、工作机构、办事机构主要负责人和党组确定的人员组成，秘书长或委托副秘书长主持召开。
  秘书长办公会议受常委会党组和主任会议委托，协调、处理常委会机关重要的日常工作。主要是承办常委会党组和主任会议交办的事项；商议提出常委会会议建议议题，协调会议有关准备工作；讨论常委会的重要文稿；计划、协调有关视察、执法检查、调查研究、外出考察学习等重大活动；组织专题学习，通报情况，研讨工作；听取机关经费使用情况的报告等。
  秘书长办公会议的议题、召开时间、列席人员等，由秘书长或委托副秘书长确定。每次常委会会议结束一周内，安排一次秘书长办公会议，商议提出下一次常委会会议建议议题。秘书长办公会议的会务工作由办公厅秘书处负责，议定的事项由相关的会议组成人员负责督办。
  省九、十届人大期间，分别召开了40次和31次秘书长办公会议。